tag:blogger.com,1999:blog-29073518304804896862024-03-05T23:23:46.886+01:00Onco-SeqCe bulletin de l'Institut National du Cancer s'intéresse à l'actualité des techniques de séquençage du génome et à leurs applications.
La publication des billets se fait sur un rythme hebdomadaire.
OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comBlogger165125tag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-87821622586106365022017-07-26T15:51:00.000+02:002017-07-26T15:51:39.027+02:00Onco-Seq du 26 juillet 2017Miscellanées
En France, les noms des deux premières plateformes du plan France Médecine Génomique 2025 ont été dévoilées : SeQOIA (Île-de-France) et AURAGEN (Auvergne-Rhône Alpes)
Au Royaume-Uni, le gouvernement est destinataire d'un rapport (pdf, 256 pages) appelant à "réaliser le rêve génomique" au sein du système national de santé, c'est-à-dire à "rendre lesOVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-15092830901578172882017-06-21T16:37:00.000+02:002017-06-21T16:37:00.841+02:00Onco-Seq du 21 juin 2017ASCO 2017
Parmi le flot d'informations issues du congrès annuel de l'ASCO:
Dans un premier communiqué, l'ASCO a détaillé les évolutions de son essai TAPUR (Targeted Agent and Profiling Utilization Registry), puis a fourni des informations sur deux nouveaux partenariats dans le cadre de cet essai, l'un avec Caris Life Sciences, l'autre avec Foundation Medicine (OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-78753162393888110392017-05-15T11:25:00.005+02:002017-05-15T11:25:57.931+02:00Onco Actu du 15 mai 2017
4.1 Dép., diag. & prono. - Prostate
Myriad Genetics' Prolaris® Test Accurately Predicts the 10-Year Risk of Metastases in Men Treated for Prostate Cancer [Myriad]
OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-331489614219724692017-05-12T14:43:00.001+02:002017-05-12T14:43:51.189+02:00Onco-Seq du 12 mai 2017Bioinformatique & Big Data
Selon Genome Web, les National Institutes of Health ont alloué 12 millions $ sur 3 ans au financement de projets d'analyse de données dans le cadre du programme TOPMed (Trans Omics for Precision Medicine).
Genome Web s'intéresse également au lancement, par le Sanger Institute, d'une base de données appelée COSMIC-3D "fournissant la structure tridimensionnelle des OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-11588539517170483142017-04-12T17:07:00.001+02:002017-04-12T17:07:37.442+02:00Onco-Seq du 12 avril 2017AACR 2017
La conférence annuelle de l'American Association for Cancer Research a été l'occasion de plusieurs annonces et événements :
Gustave Roussy a publié un communiqué pour relayer la présentation des résultats de l'essai MOSCATO et leur publication concomitante dans Cancer Discovery.
Charles Sawyer, président du comité de pilotage du projet de partage de données GENIE, a OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-54050743892164140492017-03-07T16:42:00.002+01:002017-03-07T16:42:41.469+01:00Onco-Seq du 7 mars 2017Bioinformatique & Big Data
Genome Web passe en revue les divers projets (Genomics Data Commons du NCI, GENIE de l'AACR, etc.) impliquant le partage de données dans le domaine de l'oncologie de précision (voir aussi, dans Nature, cet article d'opinion incitant les chercheurs à faire un plus grand usage des bases de données de séquences en accès public ou encore, sur Mendelspod, cet entretien OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-37836194434265174202017-02-09T15:24:00.001+01:002017-02-09T15:24:11.717+01:00Onco-Seq du 9 février 2017Bioinformatique & Big Data
"Si les chercheurs ont travaillé dur pour que les nouvelles lois européennes sur l'encadrement des données personnelles ne portent pas préjudice à la science, un dernier effort est encore nécessaire", affirme dans Nature le directeur général d'un réseau de biobanques en Europe.
Genome Web relaie l'annonce d'un partenariat entre une société de génomique personnelle,OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-13943860323769821682017-01-11T14:26:00.000+01:002017-01-11T14:26:21.755+01:00Onco-Seq du 11 janvier 2017 Illumina
"Illumina dévoile le successeur de son système HiSeq", rapporte l'auteur du blog Omics! Omics! en analysant les spécifications du nouveau système appelé... NovaSeq. L'auteur du blog opiniomics, qui s'est livré à un exercice similaire, en tire une conclusion radicale: "si vous possédez un HiSeq et que vous n'êtes pas déjà engagé dans le processus de son remplacement par OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-85030201274362392392016-12-19T10:39:00.000+01:002016-12-19T10:39:38.983+01:00Onco-Seq du 19 décembre 2016Bioinformatique & Big Data
Dans un long article, Genome Web s'intéresse au développement, par un groupe de travail de l'initiative Clinical Genome Resource des National Institutes of Health, de référentiels pour "faciliter l'échanger de données portant sur des variants somatiques".
Suite à l'annonce d'un partenariat entre IBM et Pfizer impliquant le système Watson dans la recherche en OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-58951850493214409342016-12-01T17:08:00.003+01:002016-12-01T17:08:44.312+01:00Onco-Seq du 1er décembre 2016Bioinformatique & Big Data
Dans un communiqué, le Broad Institute dévoile un partenariat avec Intel pour "intégrer des données génomiques de diverses sources et améliorer les capacités d'analyse de ces données" (voir aussi Genome Web et, sur le site de l'Ecole de santé publique à Harvard, cet article relatant "le séquençage d'un génome toutes les 12 minutes" par le Broad, ou encore, OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-27978927006329828262016-11-17T15:16:00.001+01:002016-11-17T15:16:36.211+01:00Onco-Seq du 17 novembreBioinformatique & Big Data
"Mayo Clinic et Ilumina ont dévoilé leurs projets de collaboration sur plusieurs logiciels de la suite BaseSpace", rapporte Bio-It World (voir aussi le communiqué d'Illumina).
FierceBiotech relaie un communiqué du Broad Institute à propos d'un projet, financé à hauteur de 50 millions $ sur 3 ans, utilisant le système d'intelligence artificielle Watson d'IBM pour OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-48952812354904305682016-11-07T12:16:00.000+01:002016-11-07T12:16:10.771+01:00Onco-Seq du 7 novembre 2016Bioinformatique & Big Data
"Guérir le cancer grâce aux Big Data?": dans un entretien à Fortune, le directeur du projet Cancer Moonshot lancé par le vice-président Joe Biden témoigne d'un certain scepticisme (voir aussi, sur le site de Fortune, cet article sur les raisons du partenariat entre Celgene et IBM autour du système d'intelligence artificielle Watson).
Dans un communiqué, la société OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-86680721230351565592016-10-26T15:09:00.000+02:002016-10-26T15:09:32.833+02:00Onco-Seq du 26 octobre 2016ASHG 2016
Le congrès annuel de l'American Society of Human Genetics (ASHG), qui s'est tenu à Vancouver, a été l'occasion de diverses annonces et présentations:
Le Broad Institute a dévoilé la base de données gnomAD (Genome Aggregation Database), qui contient des informations portant sur 126 216 exomes et 15 136 séquences de génome entier, rapporte Genome Web (voir aussi The Scientist).
De OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-37365171259511885172016-10-14T14:23:00.000+02:002016-10-14T14:23:08.875+02:00Onco-Seq du 14 octobre 2016Bioinformatique et Big Data
"Les chercheurs créent des graphes de génomes pour mieux comprendre la façon dont notre ADN influence notre vie", explique STAT dans un article pour lequel le journaliste Carl Zimmer a interrogé de nombreux acteurs du domaine; parallèlement, un vice-président de Seven Bridges, qui développe un logiciel propriétaire, décrit dans Tech Crunch pourquoi, selon OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-5227637769724382232016-09-29T17:11:00.002+02:002016-09-29T17:11:06.456+02:00Onco-Seq du 29 septembre 2016Bioinformatique et Big Data
Le site Bio-IT World a longuement interrogé le directeur des systèmes d'information du Broad Institute sur ses "grands projets", tandis que Front Line Genomics a interrogé le fondateur et patron de Edico Genome qui "développe le premier microprocesseur visant à analyser des données NGS à très haute vitesse."
Le blog de enlightenbio fait la promotion OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-81133622303505055902016-09-14T14:16:00.001+02:002016-09-14T14:16:13.840+02:00Onco-Seq du 14 septembre 2016Bioinformatique & Big Data
Sur son blog, le co-directeur de l'EMBL explique pourquoi "tout le monde gagne au partage de données cliniques" tandis que, sur STAT, la directrice d'une société canadienne spécialisée dans l'anonymisation des données affirme que "le partage de données personnelles de santé est toujours un exercice de gestion des risques."
Le gouvernement suisse a dévoilé le OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-3635721024181057802016-08-31T16:19:00.000+02:002016-08-31T16:19:54.395+02:00Onco-Seq du 31 août 2016Bioinformatique et Big Data
Le rôle important de Google dans le projet américain Precision Medicine Initiative se clarifie, explique Xconomy (voir aussi cet article de Genome Web à propos d'un partenariat entre Google et Stanford Medicine pour des services de génomique clinique).
"Watson en Asie": STAT relaie la signature d'un accord signé par IBM avec des hôpitaux chinois pour utiliser son OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-28364172663201364102016-08-02T16:42:00.000+02:002016-08-02T16:42:20.772+02:00Onco-Seq du 2 août 2016Bioinformatique & Big Data
Le blog de Stanford Medicine présente un outil en ligne qui offre aux patients atteints d'un cancer "une méthode facile d'utilisation pour partager leurs données de santé anonymisées" : CancerBase (voir aussi, sur le blog de DNAnexus, le résumé d'un workshop organisé à Stanford autour de la bioinformatique dans le "cloud").
Dans Nature Genetics, un OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-43039550108001340952016-07-08T12:28:00.002+02:002016-07-08T12:28:47.684+02:00Onco-Seq du 8 juillet 2016Amérique du Nord
Aux Etats-Unis, le vice-président Joe Biden a organisé un "Sommet" national pour dévoiler un ensemble d'actions associées au programme "Cancer Moonshot," dont l'un des thèmes majeurs concerne le partage de données:
"Le combustible de la fusée Biden, c'est du Big Data", explique notamment MIT Technology Review.
Les National Institutes of Health ont annoncé un accord OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-58110720268070530062016-06-23T15:50:00.000+02:002016-06-23T15:50:11.774+02:00Onco-Seq du 23 juin 20162025
Le rapport France Médecine Génomique 2025 a été remis par Yves Lévy, président d'Aviesan, au Premier ministre (voir Le Figaro, Le Point ou La Croix).
Bioinformatique & Big Data
Le 20 juin, un symposium consacré à la bioinformatique s'est tenu aux National Institutes of Health (voir la vidéo - 3h 22mn).
"Nos technologies pour produire des données en médecine génétique sont beaucoup OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-12992487965562732172016-06-15T15:18:00.004+02:002016-06-15T15:18:55.858+02:00Onco-Seq du 15 juin 2016ASCO 2016
A l'occasion de la visite du vice-président Joe Biden, les National Institutes of Health ont annoncé le lancement d'un "système unifié de données favorisant le partage de données génomiques et cliniques entre chercheurs": Genomic Data Commons (voir The Cancer Letter et Genome Web). Parallèlement, Bio-IT World signale la publication, dans Science, d'un article signé par OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-31782898379509159002016-06-02T16:39:00.002+02:002016-06-02T16:39:35.964+02:00Onco Seq du 2 juin 2016Oxford Nanopore
La semaine dernière, Oxford Nanopore Technologies a organisé une conférence à Londres au cours de laquelle son directeur technique, Clive Brown, a procédé à plusieurs annonces (la vidéo intégrale de son intervention est disponible ici). La plus spectaculaire concerne le lancement du SmidgION, un micro-séquenceur qui se branche sur un smartphone. L'auteur du blog Omics! Omics! OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-68297626530638119182016-05-23T16:47:00.000+02:002016-05-23T16:47:03.494+02:00Onco-Seq du 23 mai 2016Bioinformatique & Big Data
Sur son portail, l'International Cancer Genome Consortium a mis en ligne un nouvel ensemble de données.
Sur son blog, Ewan Birney, co-directeur de l'European Bioinformatics Institute, publie les deuxième et troisième parties d'une trilogie offrant des conseils pour le recueil et l'analyse de Big Data en biologie expérimentale.
"Comment convertir un fichier sous OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-47077279790579707962016-05-10T16:31:00.001+02:002016-05-10T16:31:11.319+02:00Onco Seq du 10 mai 2016Partage de données
Sur F1000 Research, l'ancien directeur de la rédaction du BMJ, Richard Smith, signe un article au titre provocateur : "Il est temps que le partage des données devienne une habitude - aucune des sept raisons invoquées n'est valide".
Parallèlement, STAT s'intéresse au lancement d'un prix (The Parasites Competition) visant à "distinguer des OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-2907351830480489686.post-71124619277154405752016-04-27T14:36:00.000+02:002016-04-27T14:36:51.882+02:00Onco-Seq du 27 avril 2016Bioinformatique & Big Data
Dans Science Translational Medicine, un groupe d'auteurs de l'université Stanford (Center fo Excellence in Regulatory Science & Innovation) et de DNAnexus publie un article qui, sous la forme d'une "roadmap pour l'informatique NGS", résume "les idées et les directions" proposées lors d'une série de réunions sur "l'identification d'actions clés à mener pour OVEhttp://www.blogger.com/profile/16701670533772026788noreply@blogger.com