vendredi 12 mai 2017

Onco-Seq du 12 mai 2017

Bioinformatique & Big Data
  • Selon Genome Web, les National Institutes of Health ont alloué 12 millions $ sur 3 ans au financement de projets d'analyse de données dans le cadre du programme TOPMed (Trans Omics for Precision Medicine).
  • Genome Web s'intéresse également au lancement, par le Sanger Institute, d'une base de données appelée COSMIC-3D "fournissant la structure tridimensionnelle des protéines présentant des mutations liées au cancer."
  • Selon Genome Web encore, le centre de calcul parallèle à l'université d'Edimbourg s'est doté de capacités permettant l'analyse de 8 000 à 10 000 génomes par an.
  • Le site Transforming Genetic Medicine Initiatve publie un article de vulgarisation sur le partage de données génomiques.
  • Sur son blog, Golden Helix propose une architecture détaillée pour concevoir l'infrastructure bioinformatique d'un laboratoire de tests cliniques (voir aussi cette annonce d'un partenariat avec la société Sentieon, qui "développe un ensemble d'outils d'analyse secondaire en bioinformatique").
  • Genetic Engineering & Biotechnology News résume les présentations faites lors d'une conférence qui s'est tenue à San Diego autour des technologies d'intelligence artificielle pour l'analyse des données génomiques en oncologie.

Oxford Nanopore Technologies (ONT)
  • La société britannique a réuni les utilisateurs de ses systèmes de séquençage pendant deux jours à Londres (jour 1 et jour 2): voir le résumé de Genome Web, les billets du blog Omics! Omics! (ici, ici et ici) et ceux du blog enseqlopedia (ici, ici, ici et ici).
  • Dans un communiqué, ONT a dévoilé le lancement de sa technologie 1D2 (séquençage d'un brin d'ADN, suivi par son complémentaire) qui "améliore la précision par rapport à la technologie 1D" (voir aussi cet article de Genome Web à propos de l'assemblage de grands génomes à l'aide du système MinION).
  • L'auteur du blog Omics! Omics! analyse en détails les revendications d'ONT dans "l'énigmatique plainte en propriété intellectuelle" déposée contre Pacific Biosciences.

Questions techniques
  • Wired consacre un long article à une équipe de Stanford qui a identifié un pourcentage non négligeable d'erreurs d'affectation des échantillons dans des expériences menées avec le système de séquençage HiSeq 4000 (voir aussi Genome Web et, sur le blog enseqlopedia, trois billets sur les solutions proposées par Illumina: ici, ici et ici).
  • Genome Web analyse les résultats de l'exercice 2016 d'évaluation des pratiques de tests NGS en matière de génétique constitutionnelle et somatique (European Molecular Genetics Quality Network).
  • "Faut-il mettre un terme aux confirmations de séquençage par la méthode de Sanger?", s'interroge l'auteur du blog MassGenomics.
  • "Quand même un séquençage du génome entier ne fournit pas de diagnostic": sous ce titre, MIT Technology Review publie une enquête sur la difficulté d'identifier les causes génétiques de maladies très rares.
  • GenoHub a mis à jour son manuel pour les débutants en NGS.

Annonces
  • Dans un communiqué, Roche a dévoilé le lancement de kits d'analyse de l'ADN tumoral circulant pour la recherche en oncologie, tandis que Cancer Genetics propose un "changement de paradigme" avec son test de biopsie liquide pour les patients atteints d'un cancer du poumon.
  • Dans ce domaine des biospies liquides, Forbes signale une levée de fonds par la société Guardant Health (350 millions $) pour contribuer à la réalisation d'un test sur 1 million de personnes au cours de trois prochaines années alors que, peu auparavant, GRAIL a dévoilé le lancement de son étude STRIVE visant l'inclusion de 120 000 femmes (voir aussi cet article de Genome Web passant en revue les technologies et le marché des biopsies liquides).
  • En communiquant sur ses résultats financiers trimestriels, Illumina a annoncé la vente de 135 systèmes NovaSeq (voir aussi Bio-IT World et Genome Web).
  • Dans un communiqué, Oxford Gene Technology a annoncé une évolution de son test NGS à base d'un panel de gènes, SureSeq myPanel, pour "permettre le séquençage de gènes difficiles" (voir Genome Web).

Miscellanées
  • Genome Web analyse les résultats de deux enquêtes menées auprès d'oncologues: dans la première, ils estiment que "les tests génomiques représentent une avancée importante, mais leur valeur est en-deçà des attentes"; dans la deuxième, ils déclarent "prescrire plus souvent une immunothérapie qu'une thérapie ciblée liée à un test NGS".
  • L'auteur du blog DNA Science analyse, du point de vue des patientes, la controverse née d'une étude comparant les variants BRCA1/2 de la base de données propriétaire de Myriad Genetics avec ceux de la base en accès publique ClinVar (voir aussi Genome Web et Science).
  • Sur Medium, un chercheur du Broad Institute s'interroge sur les risques réels de ré-identification des participants à une étude impliquant la constitution de bases de données génétiques.
  • L'auteur du blog Omics! Omics! explique pourquoi, à l'ère de la médecine de précision, "le recours aux lignées cellulaires HeLa n'a plus aucun sens".
  • Sur le site medGadget, un journaliste décrit avec force détails son expérience personnelle avec 23andMe.

Webinars

Lu dans Nota Bene Cancer
Menée initialement à partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 133 patientes atteintes d'un cancer de l'ovaire, puis sur deux cohortes indépendantes incluant 576 patientes, cette étude identifie des signatures génomiques, en lien avec des déficits de réparation de l'ADN, permettant de stratifier les cancers de l'ovaire en sept sous-types
Genomic consequences of aberrant DNA repair mechanisms stratify ovarian cancer histotypes
Nature Genetics, sous presse, 2017 (résumé) (voir Genome Web)

Menée en Australie à partir de 183 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints de différents sous-types de mélanome, cette étude de séquençage du génome entier identifie un ensemble de mutations spécifiques des localisations tumorales (peau, muqueuses, mains et pieds)
Whole-genome landscapes of major melanoma subtypes
Nature, sous presse, 2017 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 120 patients atteints d'un adénocarcinome de l'œsophage, cette étude de séquençage du génome entier compare les anomalies génomiques présentes dans les tumeurs avant une chimiothérapie (62 patients) et après (58 patients)
A comparative analysis of whole genome sequencing of oesophageal adenocarcinoma pre- and post-chemotherapy
Genome Research, sous presse, 2017 (article en libre accès)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 100 patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules de stade précoce, cette étude met en évidence une fréquente hétérogénéité intratumorale (mutations et anomalies du nombre de copies de gènes), puis évalue l'association entre une mesure de cette hétérogénéité et le risque de récidive ou de décès
Tracking the Evolution of Non–Small-Cell Lung Cancer
New England Journal of Medicine, sous presse, 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

A partir de quelque 100 000 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un cancer (plus de 100 types différents), cette étude analyse notamment la distribution du fardeau génétique tumoral en fonction de l'âge des patients et, pour environ 10% des cas de cancer de la peau, identifie des mutations somatiques dans la séquence promotrice du gène PMS2 en association avec un important fardeau génétique tumoral
Analysis of 100,000 human cancer genomes reveals the landscape of tumor mutational burden
Genome Medicine, Vol. 9 (1) , pp. 34, 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Menée à partir de données portant sur 65 057 patientes atteintes d'un cancer du sein (âge moyen au diagnostic : 48,5 ans), cette étude évalue l'association entre des variants génétiques (autres que BRCA1 et BRCA2) inclus dans des tests de prédisposition au cancer du sein et le risque de développer la maladie
Associations between cancer predisposition testing panel genes and breast cancer
JAMA Oncology, sous presse, 2017 (article en libre accès)
Multigene panel testing and breast cancer risk : Is it time to scale down ?
JAMA Oncology, sous presse, 2017 (éditorial en libre accès)

Cet article analyse les enjeux économiques associés à des tests de détection des mutations BRCA1/BRCA2 et d'autres gènes pour la prise en charge personnalisée des patientes atteintes d'un cancer du sein
The role of genetic testing in patients with breast cancer : A review
JAMA Surgery, sous presse, 2017 (résumé)

Menée aux Etats-Unis à partir d'une enquête auprès de 3 672 patientes atteintes d'un cancer du sein diagnostiqué entre 2014 et 2015 (taux de réponse : 68%), cette étude met en évidence des insuffisances au niveau de l'intégration des tests génétiques dans la prise de décision thérapeutique
Gaps in Incorporating Germline Genetic Testing Into Treatment Decision-Making for Early-Stage Breast Cancer
Journal of Clinical Oncology, sous presse, 2017 (article en libre accès)
Genetic Testing in Patients With Newly Diagnosed Breast Cancer : Room for Improvement
Journal of Clinical Oncology, sous presse, 2017 (éditorial en libre accès)

Lu ailleurs
Mutational landscape of metastatic cancer revealed from prospective clinical sequencing of 10,000 patients
Nature Medicine, sous presse, 2017 (résumé) (voir Genome Web et le communiqué du Memorial Sloan Kettering Cancer Center)

Addressing a patient-controlled approach for genomic data sharing
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Open sharing of genomic data: Who does it and why?
PLoS, 12(5): e017715, 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Improved imputation accuracy of rare and low-frequency variants using population-specific high-coverage WGS-based imputation reference panel
European Journal of Human Genetics, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Technical Validation of a Next-Generation Sequencing Assay for Detecting Clinically Relevant Levels of Breast Cancer–Related Single-Nucleotide Variants and Copy Number Variants Using Simulated Cell-Free DNA
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2017 (résumé)

Improving Mutation Screening in Patients with Colorectal Cancer Predisposition Using Next-Generation Sequencing
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2017 (résumé)

Making genomic medicine evidence-based and patient-centered: a structured review and landscape analysis of comparative effectiveness research

A novel molecular diagnostics platform for somatic and germline precision oncology
Molecular Genetics & Genomics Medicine, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Single-cell whole-genome analyses by Linear Amplification via Transposon Insertion (LIANTI)
Science, Vol. 356(6334), pp. 189-194, 2017 (résumé)

Nanopore sequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads
BioRxiv, 20 avril 2017 (article en libre accès)

Bisulfite-converted duplexes for the strand-specific detection and quantification of rare mutations
PNAS, sous presse, 2017 (résumé)

Oncodomains: A protein domain-centric framework for analyzing rare variants in tumor samples
PLoS Computational Biology, sous presse, 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Pan-cancer analysis of systematic batch effects on somatic sequence variations
BMC Bioinformatics, 18:211, 2017 (article en libre accès)

Segmentum: a tool for copy number analysis of cancer genomes
BMC Bioinformatics, 18:215, 2017 (article en libre accès)

Improving data workflow systems with cloud services and use of open data for bioinformatics research
Briefings in Bioinformatics, sous presse, 2017 (article en libre accès)

A mixture copula Bayesian network model for multimodal genomic data
Cancer informatics, sous presse, 2017 (résumé)