mercredi 3 juin 2015

Onco-Seq du 3 juin 2015

ASCO 2015

  • Cette année, parmi les 4 883 abstracts sélectionnés par les organisateurs du congrès de l'American Society of Clinical Oncology (ASCO), 517 contenaient le mot "sequencing" et 271 le sigle NGS (voir aussi cette analyse des cibles thérapeutiques les plus fréquemment mentionnées et, dans ASCO Daily News, ce résumé d'une session consacrée aux découverts fortuites de mutations constitutionnelles à partir d'une analyse NGS pratiquée chez des patients atteints d'un cancer).
  • Dans un communiqué, l'ASCO a annoncé le lancement du premier essai clinique de son histoire TAPUR (Targeted Agent and Profiling Utilization Registry - voir aussi Genome Web), tandis que le National Cancer Institute dévoilait le calendrier de son essai NCI-MATCH (voir aussi les articles de Genome Web, du Wall Street Journal, du Los Angeles Times, The Scientist et Reuters). Selon Bert Vogelstein, cité par Reuters, "il n'y a pas de preuves solides qu'en associant une mutation à une thérapie ciblée, on améliore les soins du patient. C'est encore une hypothèse, nous devons la vérifier" (voir aussi le compte-rendu d'une session consacrée aux réunions de concertation pluridisciplinaire et à l'analyse de données génomiques).
  • Alors que les immunothérapies ont dominé le congrès (voir par exemple Cancer Research UK ou Forbes), Richard Pazdur, responsable de l'oncologie à la FDA, a pointé l'absence actuelle de biomarqueur fiable pour prédire la réponse à ces traitements; parallèlement, Genome Web a interrogé le cofondateur de Personal Genome Diagnostics dont la technologie a été utilisée "dans la première étude qui fait appel à la génomique pour guider le choix d'une immunothérapie" (l'étude est publiée dans le New England Journal of Medicine).
  • Genome Web s'est intéressé à une présentation sur l'intérêt clinique de mutations dans un sous-type de cancer des voies biliaires (ici), à une session sur "les interactions entre 'mutanome' et immunome' dans certains cancers de l'ovaire et de l'endomètre" (ici) et, enfin, à deux présentations sur le rapport coût-efficacité d'un test NGS pour certains patients atteints d'un cancer métastatique (ici).
  • Foundation Medicine a publié 3 communiqués (iciici et ici) sur sa présence dans des abstracts (voir aussi les communiqués de Myriad Genetics et Genomic Health).

Controverses
  • Dans le New England Journal of Medicine (NEJM), les projets d'encadrement réglementaire des tests génomiques par la FDA font l'objet d'une analyse critique et d'une réponse de l'administration américaine (voir aussi Genome Web et ce billet du blog de Golden Helix).
  • Dans un autre article du NEJM portant sur les tests de susceptibilité au cancer du sein réalisés à base de panels de gènes, les auteurs écrivent notamment que "le fait qu'une technologie soit disponible ne signifie pas nécessairement qu'elle est appropriée ou souhaitable" (voir aussi Reuters).
  • Sur son blog, Steven Salzberg, professeur à l'école de médecine de Johns Hopkins, réagit à la lecture d'un dernier article du NEJM sur le programme ClinGen des National Institutes of Health : "l'effort massif de partage de données génétiques affiche sa puissance, mais souligne aussi notre ignorance" (voir aussi Associated Press).
  • Genome Web a repéré un article polémique, publié par un journaliste scientifique sur BuzzFeed, déplorant les promesses non tenues du projet Génome Humain (voir les regards de Theral Timpson sur Mendelspod et de l'auteur du blog Mike the Mad Biologist).
  • Paru dans le quotidien Kansas City Star, un autre article a attiré l'attention de Genome Web : "le séquençage du génome offre d'immenses promesses pour les enfants, mais soulève aussi de nombreuses questions".
  • "Le projet 100 000 Genomes  est un formidable gaspillage d'argent parce qu'il ne comporte aucune hypothèse, ils ne testent pas quelque chose", déclare un généticien dans le cadre d'un article du Guardian sur le siphonnage des budgets de recherche par les grands projets.

Questions techniques
  • A la lecture d'un article publié par une équipe d'Illumina, l'auteur du blog Core Genomics s'interroge dans un long billet sur l'éventuel développement d'un instrument qui viendrait compléter sa gamme par le bas afin de rentrer en compétition avec le système MinION d'Oxford Nanopore.
  • Genome Web a interrogé le responsable d'une équipe de recherche (Brown University) qui a publié, sur BioRxiv, une étude décrivant une méthode permettant d'augmenter la longueur des fragments d'ADN d'un MinION (voir aussi, sur le site du Genoscope, la vidéo d'une présentation faite à Londres chez Oxford Nanopore sur l'approche NaS).
  • Sur le blog de Golden Helix, ce billet analyse les enjeux associés à "la définition d'une base commune à partir de laquelle identifier des variants."
  • Le blog RNA-Seq met en ligne une vidéo (51 mn) présentant "l'état de l'art" en matière de RNA-Seq...

Bioinformatique & Big Data
  • "Un nouveau partenariat entre Varian et Flatiron signale un changement dans le marché de l'oncologie digitale", analyse le blog d'Oncology Business Review (voir le communiqué de presse).
  • Bio-IT World relaie un communiqué de presse de Quiagen sur "le lancement d'une plateforme de bioinformatique clinique pour le NGS".
  • "Analyser les données d'un système MinION sans infrastructure ou compétence en bioinformatique?": l'auteur du blog opiniomics s'y essaie...
  • Genome Web a longuement interviewé le nouveau directeur des centres d'informatique clinique à l'université de Californie à San Francisco.
  • Dans The Telegraph, le président de NHS England explique pourquoi, selon lui, "l'intelligence artificielle permettra d'améliorer et de personnaliser les soins" (pour un regard différent, voir ce billet du blog d'un professeur en bioinformatique).
  • L'auteur du blog Core Genomics a lu avec attention la deuxième édition d'un livre de référence sur l'informatique pour le NGS.
  • Sur le site de l'Ecole de médecine de Stanford, cet article délivre le message principal à retenir de la dernière conférence Big Data in Biomedicine : "réaliser les promesses de la santé de précision implique le partage de vastes bases de données médicales et comportementales."
  • "La diversité des sources de Big Data crée de gros défis en matière de sécurité", explique MIT Technology Review.
  • En lançant différentes API pour accéder à des données génomiques, la société BaseHealth a soulevé l'intérêt de Bio-IT World et Genome Web.

Annonces
  • Thermo Fisher révèle que sa plateforme NGS a été choisie par le National Cancer Institute pour mener son essai MATCH  lancé à l'occasion de l'ASCO (voir aussi Genome Web).
  • The Guardian relaie le lancement d'un essai européen pour "développer un test visant à détecter un risque de quatre types de cancer chez les femmes"
  • Bio-IT World s'intéresse au partenariat signé entre PacBio et RainDance pour l'assemblage des génomes tandis que Genome Web relaie un communiqué de Merck à propos d'un partenariat avec Nanostring sur l'immuno-oncologie.
  • La société israélienne Rosetta Genomics lance un nouveau test NGS à base d'un panel de gènes, OncoGxOne.
  • Dans un communiqué, l'American College of Medical Genetics and Genomics dévoile un nouveau site web pour la formation des professionnels de santé.

Miscellanées

  • Selon ce communiqué de Genomics England, 5 000 génomes entiers auront été séquencés d'ici août 2015 dans le cadre du projet 100 000 Genomes.
  • Forbes analyse l'annonce de la société Invitae qui propose ses tests génétiques à un prix unitaire de 475$ (voir aussi Bio-IT World et ce billet de Dr Len, le porte-parole de l'American Cancer Society, sur "la nouvelle frontière" des tests de laboratoire).
  • Sur son blog, le directeur de l'Office of Public Health Genomics (CDC) analyse les enjeux à court et à long terme de l'initiative Precision Medicine du président Obama.
  • Mendelspod a interrogé les organisateurs d'un festival baptisé "le Woodstock de la génomique" où toutes les stars du domaine sont à l'affiche (Boston-MA, 22 et 23 juin prochain).
  • A l'occasion de la publication de son index boursier mensuel, Genome Web signale la baisse spectaculaire du cours des actions de Foundation Medicine, Sequenom et Fluidigm au mois de mai.
  • "Toutes les autres sociétés opérant dans le domaine des biopsies liquides travaillent avec du sang. Nos dispositifs sont les seuls à analyser du sang et de l'urine", déclare un responsable de Trovagene interrogé par le blog AllSeq.
  • "La carte officielle du génome humain ne peut pas tout vous dire sur vos gènes. La théorie des graphes y parviendrait-elle?", s'interroge MIT Technology Review.
  • Aux Etats-Unis, le blog de la Maison Blanche publie une note sur l'usage des technologies d'édition du génome (voir Reuters et, sur le même sujet, cet entretien avec David Baltimore).
  • Selon le Washington Post, "le FBI a signalé aux laboratoires de police scientifique des erreurs dans les calculs d'analyse de l'ADN depuis 1999".

Webinars

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 150 patients atteints d'un cancer métastatique de la prostate résistant à la castration, cette étude identifie un ensemble d'anomalies génomiques plus fréquemment observées que dans les cancers primitifs de la prostate
Integrative Clinical Genomics of Advanced Prostate Cancer
Cell, Vol. 161 (5), pp. 1215-1228, 2015 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 74 patients atteints d'un cancer de la prostate (score de Gleason : 7), cette étude met en évidence une hétérogénéité génomique des tumeurs multifocales

Spatial genomic heterogeneity within localized, multifocal prostate cancer
Nature Genetics, sous presse, 2015 (résumé)

A partir d'échantillons de tissu tumoral et de tissu sain prélevés sur 92 patientes atteintes d'un cancer séreux de haut grade de l'ovaire résistant aux chimiothérapies, cette étude identifie un ensemble d'événements moléculaires associés à l'acquisition de la résistance thérapeutique

Whole–genome characterization of chemoresistant ovarian cancer
Nature, Vol. 521 (7553), pp. 489-494, 2015 (résumé) (voir Genome Web)

Cet article présente les caractéristiques d'un outil informatique appelé Zodiac permettant d'explorer les données produites par le projet "The Cancer Genome Atlas"

Zodiac: A Comprehensive Depiction of Genetic Interactions in Cancer by Integrating TCGA Data
Journal of the National Cancer Institute, Vol. 107 (8), 2015 (résumé)

Cet article passe en revue l'intérêt clinique des méthodes de séquençage à haut débit pour guider le choix d'un traitement chez des patientes atteintes d'un cancer du sein

Gene mutation profiling of breast cancers for clinical decision making: Drivers and passengers in the cart before the horse
JAMA Oncology, sous presse, 2015 (article en libre accès)

A partir d'échantillons sanguins prélevés à plusieurs étapes de la maladie sur 20 patientes atteintes d'un cancer primitif du sein, cette étude rétrospective évalue l'intérêt d'une méthode d'analyse de l'ADN tumoral circulant pour la détection précoce de la survenue de métastases

Serial monitoring of circulating tumor DNA in patients with primary breast cancer for detection of occult metastatic disease
EMBO Molecular Medicine, sous presse, 2015 (résumé)

Cet article passe en revue les données sur les performances des tests qui, à partir du séquençage d'un panel de gènes, visent à prédire un risque de cancer du sein

Gene-Panel Sequencing and the Prediction of Breast-Cancer Risk
New England Journal of Medicine, sous presse, 2015 (article en libre accès)
Curating the Way to Better Determinants of Genetic Risk
New England Journal of Medicine, sous presse, 2015 (éditorial en libre accès)

Menée au Centre de lutte contre le cancer MD Anderson (Texas) sur 2 000 patients atteints d'un cancer avancé, cette étude évalue la faisabilité d'un protocole impliquant une recherche systématique des mutations de gènes dans les tumeurs pour inclure les patients dans des essais de thérapies ciblées sur des anomalies identifiées

Feasibility of Large-Scale Genomic Testing to Facilitate Enrollment Onto Genomically Matched Clinical Trials
Journal of Clinical Oncology, sous presse, 2015 (résumé)

Lu ailleurs

Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing
Nature Biotechnology, sous presse, 2015 (résumé) (voir aussi ce billet du blog de PacBio et Genome Web)

Recent advances and current issues in single-cell sequencing of tumors
Cancer Letters, sous presse, 2015 (article en libre accès)

Rapid Detection of Rare Deleterious Variants by Next Generation Sequencing with Optional Microarray SNP Genotype Data

Huma Mutation, sous presse, 2015 (résumé)

The Evolving Role of the Laboratory Professional in the Age of Genome Sequencing

The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2015 (résumé)