lundi 2 février 2015

Onco-Seq du 2 février 2015


Obama (suite)
Vendredi dernier, le président Obama a tenu une conférence de presse à la Maison Blanche pour préciser le contenu du projet qu'il avait mentionné lors du discours sur l'Etat de l'Union (voir Onco-Seq du 26 janvier). Le communiqué de presse détaille la proposition de budget qui devra être approuvé par le Congrès : 

  • sur un total de 215 millions $ pour 2016, 130 millions seraient alloués aux NIH pour "développer une cohorte constituée d'un million de volontaires" et "établir les bases d'une nouvelle façon de mener des recherches à travers l'engagement des participants et un partage de données sur un mode responsable et ouvert"; 
  • le NCI serait doté de 70 millions $ pour "augmenter significativement les travaux sur l'identification des éléments génomiques impliqués dans les cancers et développer de nouvelles approches thérapeutiques"; 
  • la FDA recevrait 10 millions $ pour élaborer "une structure réglementaire nécessaire à l'innovation en médecine de précision et à la protection de la santé publique"; 
  • enfin, 5 millions $ iraient à l'ONC (Office of the National Coordinator for Health Information Technology) pour "développer des standards d'interopérabilité facilitant le partage sécurisé de données".

Le même jour, le New England Journal of Medicine publiait un article dans lequel les directeurs des deux principales institutions bénéficiaires, Francis Collins et Harold Varmus, affirment notamment que "cette initiative requiert de nouvelles ressources; celles-ci ne devraient pas entrer en compétition avec le soutien à des programmes existants, spécialement dans ce climat fiscal difficile". Selon Xconomy, "on ne sait pas encore quelle sera la réaction des Républicains, qui contrôlent le Sénat et la Chambre des représentants.

Selon un expert cité par Nature, "les montants avancés sont très insuffisants pour mener à bien un tel projet", tandis que, dans Science, un ancien chercheur du Broad Institute, aujourd'hui dans l'industrie, appelle à une certaine retenue: "si la cohorte d'un million de participants peut en effet identifier de nouvelles cibles thérapeutiques, il faudra ensuite travailler pendant 10 à 15 ans pour que ces découvertes débouchent sur de nouveaux traitements" (voir aussi Genome Web, NY Times, Bio-IT World et NPR, qui rappelle le projet islandais et deCODE genetics). interrogé par Reuters, Craig Venter, qui développe sur fonds privés un projet d'une ampleur similaire, estime que, en raison des questions de respect de la vie privée, la Maison Blanche "fait preuve de naïveté en espérant fusionner des cohortes existantes dans son projet de 1 million de génomes".

De son côté, l'American Association for Cancer Research applaudit l'initiative présidentielle qui, pour Forbes, est "une belle idée" en dépit d'un budget contraint. Dr Len, le porte-parole de l'American Cancer Society (ACS), est moins enthousiaste et se demande "comment nous allons nous adapter à ce déluge de connaissances, de traitements et de stratégies prédictives alors que, clairement, nous n'en sommes qu'aux toutes premières étapes" (voir cette position différente émise par le président de l'ACS Cancer Network). Dans le New York Times, un médecin anesthésiste avait publié un article d'opinion à la tonalité encore plus sceptique, il est immédiatement réfuté par l'auteur du blog du Jackson Lab... L'auteur du blog The Mermaid's Tale, lui, se place sur le plan  de la biologie pour s'insurger contre ce type de projets : "le génome des cellules sanguines n'est pas constitutionnel!"

Enfin, sur son blog des Centers for Disease Control and Prevention, le directeur de l'Office of Public Health Genomics insiste pour que "les enjeux de santé publique soient pris en compte très tôt dans le processus" (voir aussi cet argument du blog Simply Statistics). Quant au directeur scientifique de Genomics England, tout en accueillant favorablement l'initiative du président Obama, il ne manque pas de rappeler l'antériorité du programme anglais...

Projets de réformes
En marge du débat sur la médecine de précision, Nature décrit le projet de réformes de la recherche biomédicale développé par un comité de la Chambre des représentants (pdf). Selon Science, ce projet qui, par certains aspects, entre en conflit avec l'initiative présidentielle, comporte "des idées controversées pour les NIH"...
Par ailleurs, sur son blog, la Commissaire de la FDA décrit les différentes étapes du processus entamé pour définir un cadre réglementaire en matière de technologies NGS (voir aussi Genome Web, Genomics Law Report et Mendelspod).

Questions techniques
  • "Vous êtes-vous jamais demandé quelle quantité de votre ARN total est d'un réel intérêt?": pour répondre à cette question, l'auteur du blog Core Genomics a récupéré des informations d'un collègue bioinformaticien.
  • Quant à l'auteur du blog ACGT, il partage ses diapos d'une présentation récente sur l'art d'assembler les génomes.

Big Data & Bioinformatique
  • "Avec les études de Big Data, viennent de gros défis de réplication": sur Science News, un long article analyse ces défis à la lumière de travaux récents au Broad Institute notamment.
  • Genome Web relaie l'annonce d'une société autrichienne, Lexogen, qui cherche des participants pour tester sa "première solution pour le marché RNA-Seq", l'algorithme Mix2.
  • Golden Helix informe ses clients de la mise à jour de ses outils d'annotation des données génomiques.
  • Bio-IT World s'intéresse au lancement, par Appistry, d'une solution logicielle appelée CloudDx℠ Translational pour "mener des études de recherche translationnelle centrées sur le patient".
  • Le site du MIT publie le portrait d'un de ses nouveaux professeurs, Ernest Fraenkel, dont le sujet de prédilection est la modélisation numérique des interactions biologiques.

Résultats financiers
  • Dans un communiqué, Illumina révèle que, entre 2013 et 2014, son chiffre d'affaires du 4ème trimestre a augmenté de 32% (voir aussi Genome Web pour une analyse détaillée et, sur le blog de Genohub, ce billet sur les prix et performances des nouvelles plateformes HiSeq 3000, 4000, NextSeq 550 et HiSeq X5).
  • De son côté, Thermo Fisher affiche des résultats 2014 également à la hausse, qui reflètent notamment le rachat de Life Technologies (voir aussi Genome Web).

Annonces
  • Genome Web analyse l'annonce, par le Laboratory for Molecular Medicine à Cambridge-MA, du lancement d'un nouveau test à base du séquençage de l'exome mené sur une plateforme HiSeq.
  • Dans un communiqué, la société Syapse dévoile la signature d'un partenariat avec le réseau de centres de lutte contre le cancer Sarah Cannon pour développer "un service clinique d'oncologie de précision" (voir aussi Genome Web).
  • Genome Web s'intéresse aux développements d'une technologie de séquençage opto-électronique par une société basée à Taïwan, Personal Genomics Inc., une technologie qui devrait déboucher sur un génome à 1000$...
  • Dans un communiqué, deux universités californiennes lancent un projet ambitieux de cartographie des interactions à l'intérieur des cellules cancéreuses, Cancer Cell Map Initiative (voir Genome Web).

Miscellanées
  • PHG Foundation relaie l'annonce, par le ministre britannique des sciences de la vie, d'un investissement de 13,7 millions £ pour "la médecine stratifiée".
  • Genome Web s'intéresse aux sociétés qui, de plus en plus nombreuses, investissent dans le marché des biopsies liquides.
  • "Myriad jette l'éponge": l'auteur du blog Patent Docs analyse les derniers soubresauts des conflits en propriété intellectuelle autour des gènes BRCA1/2 (voir aussi Science, NY Times, Bio-IT World, Genome Web et cet entretien avec le PDG de Sophia Genetics).
  • Sur le blog de l'Institute for Cancer Research, ce billet résume un débat au cours duquel des lycéens étaient invités à formuler leurs préférences quant à l'intérêt de faire procéder au séquençage de leur propre génome.
  • "Les clients de 23andMe sont-ils des gogos ou des consommateurs éclairés": sur Techonomy, l'auteur de ce billet se situe clairement dans la deuxième catégorie.

Conférences

Webinar

Lu dans Nota Bene Cancer
Menée initialement à partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 8 patients ayant survécu plus de 10 ans après une résection d'un adénocarcinome canalaire du pancréas, puis sur une cohorte complémentaire de 27 patients, cette étude de séquençage de l'exome suggère que la présence de gènes fréquemment mutés (KRAS, TP53, SMAD4, CDKN2A, ...) ne permet pas d'expliquer la survie à très long terme de ces patients
Very long-term survival following resection for pancreatic cancer is not explained by commonly mutated genes: results of whole-exome sequencing analysis
Clinical Cancer Research, sous presse, 2015 (résumé)

Menée initialement à partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 7 patients pédiatriques atteints d'un cancer, puis sur une cohorte complémentaire de 44 patients pédiatriques atteints d'un cancer du rein traité par chimiothérapie, cette étude met en évidence une association entre la diversité génétique intratumorale et la survie des patients
Intratumoral genome diversity parallels progression and predicts outcome in pediatric cancer
Nature Communications, Vol. 6, 2015 (résumé) (voir Genome Web)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 37 patients atteints d'un cancer colorectal ayant développé une résistance au cetuximab, cette étude identifie des mutations du gène EGFR associées à l'émergence de la résistance thérapeutique
Emergence of multiple EGFR extracellular mutations during cetuximab treatment in colorectal cancer
Clinical Cancer Research, sous presse, 2015 (résumé)

Lu ailleurs

Comprehensive genomic characterization of head and neck squamous cell carcinomas
Nature, Vol. 517, pp. 576-582, 2015 (article en libre accès) (voir Genome Web)

NIH's genomic data sharing policy: timing and tradeoffs
Trends in Genetics, Vol. 31(2), pp. 55-57, 2015 (résumé)

How do students react to analyzing their own genomes in a whole-genome sequencing course?: outcomes of a longitudinal cohort study
Genetics in Medicine, sous presse, 2015 (article en libre accès)

Deterministic Identification of Specific Individuals from GWAS Results
Bioinformatics, sous presse, 2015 (résumé)

Next-generation sequencing-based genome diagnostics across clinical genetics centers: implementation choices and their effects
European Journal of Human Genetics, sous presse, 2015 (article en libre accès)

Large multiallelic copy number variations in humans
Nature Genetics, sous presse, 2015 (résumé) (voir Genome Web)

Pancancer analysis of DNA methylation-driven genes using MethylMix
Genome Biology, 16:17, 2015 (article en libre accès)

Next-Generation Sequencing of Duplication CNVs Reveals that Most Are Tandem and Some Create Fusion Genes at Breakpoints
The American Journal of Human Genetics, sous presse, 2015 (résumé)

Ploidy-Seq: inferring mutational chronology by sequencing polyploid tumor subpopulations
Genome Medicine, 7:6, 2015 (article en libre accès)

TagDust2: a generic method to extract reads from sequencing data
BMC Bioinformatics, 16:24, 2015 (article en libre accès)

RAMPART: a workflow management system for de novo genome assembly
Bioinformatics, sous presse, 2015 (article en libre accès)

Omics Pipe: A Community-based Framework for Reproducible Multi-Omics Data Analysis
Bioinformatics, sous presse, 2015 (résumé)