Après le coup de tonnerre provoqué par la lettre de la FDA à 23andMe la semaine dernière (voir Onco-Seq du 29 novembre), un nouvel événement est venu assombrir le ciel californien pour la société de génomique personnelle : une plainte en nom collectif a été déposé contre 23andMe pour "publicité mensongère" (voir Genome Web, GeneValues, PHG Foundation et, pour une analyse juridique, Patent Docs ainsi que Genomics Law Report ici et ici).
Dans un communiqué, 23andMe a ensuite annoncé qu'elle se conformait aux instructions de la FDA et que, si elle continuait à fournir à ses clients un accès aux données brutes, elle interrompait son service d'interprétation du génome (voir Forbes, NY Times, Nature). L'auteur du blog Gene Sherpas voit dans cet épisode le signe que, après une croissance désordonnée, 23andMe adopte enfin un comportement d'adulte en se conformant simplement aux lois de son pays. Parallèlement, sur e-patients.net, un client de 23andMe détaille "les sept raisons pour lesquelles il va renvoyer à l'expéditeur son kit de génomique personnelle" (pour d'autres points de vue très diversifiés, lire Genome Unzipped, Genomics Law Report, The Guardian, American Science, Del-Fi, Marginal Revolution, The DNA Exchange).
Myriad
Selon Genome Web, Myriad a déposé une nouvelle plainte en propriété intellectuelle, cette fois contre Laboratory Corporation of America, à propos de ses brevets BRCA1/2 (voir aussi Patent Docs pour les détails juridiques).
Annonces
- Genomics England lance un appel à projets, doté de 10 millions £, pour "développer des technologies d'interprétation des variants significatifs de l'ADN des patients du National health Service souffrant de maladies graves" (voir aussi Pharmafile, PHG Foundation, Genome Web)
- Claritas Genomics, une start-up issue de l'Hôpital pour enfants de Boston, annonce la signature d'un partenariat avec Cerner pour développer "une meilleure intégration des diagnostics à base de NGS en clinique" (voir aussi Bio-IT World et Genome Web).
- Genome Web relaie une déclaration d'un porte-parole de Oxford Nanopore Technologies sur la réponse des utilisateurs à leur programme d'accès privilégié au MinIon.
- Nanowerk signale une innovation chinoise en matière de séquençage à base de nanopores.
- Genome Web décrypte une étude, récemment parue dans PNAS, suggérant la possibilité de séquencer l'ARN du noyau d'une seule cellule.
- L'auteur du blog BitesizeBio se livre à "un tour rapide de la PCR quantitative".
- L'auteur du blog Next Gen Seek détaille une méthode numérique de prédiction et détection d'isoformes à l'aide d'un séquenceur PacBio.
Miscellanées
- Genome Web analyse l'impact, pour les laboratoires de diagnostic, de la décision récente de la FDA d'autoriser la mise sur le marché du système MiSeqDx d'Illumina.
- L'auteur du blog Pathogens: Genes and Genomes a dressé un catalogue des plus grands projets de séquençage génomique.
- L'auteur du blog CoreGenomics invite ses lecteurs à deviner les légendes d'un graphique sur les coûts du NGS (voir aussi ces infographies synthétiques sur la génomique des cancers, avec légendes...).
- Dans Forbes, la vice-présidente de SAP et "évangéliste du cloud computing" explique comment, selon elle, "le séquençage de l'ADN change la médecine" (voir aussi ce billet ironique de l'auteur du blog opiniomics sur les fréquents dialogues de sourds entre informaticiens et biologistes).
- Dans sa livraison du mois de décembre, NIH News in Health publie un article de vulgarisation sur la médecine personnalisée (voir aussi, sur Al Jazeera America, cet article sur le centre de "médecine individualisée" de la Mayo Clinic).
- Sur MedGadget, James Olson, le fondateur de Presage Biosciences, décrit ce qu'il entend par "oncologie de précision."
- Xconomy a identifié trois "sociétés destinées à durer" grâce à la vision de leurs fondateurs: Illumina, Genomic Health et Gilead.
- Sur le blog collectif American Science, un billet analyse la controverse déclenchée par un article appelant à ranger au magasin des accessoires le concept de "gène égoïste" popularisé par Richard Dawkins en 1976.
Lu dans Nota Bene Cancer
A partir de données issues d'analyses cytogénétiques menées sur 869 patients atteints d'une leucémie lymphocytaire chronique, cette étude française suggère que la perte d'un chromosome sexuel est une anomalie clonale contribuant au processus oncogénique
Sex chromosome loss may represent a disease-associated clonal population in chronic lymphocytic leukemia
Genes, Chromosomes and Cancer, sous presse, 2013 (résumé)
Menée sur 2 001 échantillons tumoraux prélevés sur des patients japonais atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules, cette étude analyse la fréquence des mutations du gène BRAF et leur association avec la survie dans cette population asiatique
Clinicopathological features of nonsmall cell lung carcinomas with BRAF mutations
Annals of Oncology, sous presse, 2013 (résumé)
Lu ailleurs
Computational optimisation of targeted DNA sequencing for cancer detection
Scientific Reports, sous presse, 2013 (article en libre accès)
Efficiency of whole genome amplification of Single Circulating Tumor Cells enriched by CellSearch and sorted by FACS
Genome Medicine, 5:106, 2013 (article en libre accès)
Cancer risk communication, predictive testing and management in France, Germany, the Netherlands and the UK: general practitioners' and breast surgeons' current practice and preferred practice responsibilities
Journal of Community Genetics, sous presse, 2013 (résumé)
