vendredi 18 octobre 2013

Onco-Seq du 18 octobre 2013

Roche
Genome Web relaie l'annonce faite par Roche de l'abandon de son activité de séquençage et du licenciement d'une centaine d'employés (voir aussi ce billet de PHG Foundation).

 Myriad
  • "Qui peut mettre en danger le monopole de Myriad sur les tests génétiques de cancer du sein", s'interroge Forbes (voir aussi Genome Web sur l'initiative juridique de Quest Diagnostics en la matière et, sur Patent Docs, cette analyse des problèmes posés par les bases de données spécifiques à une maladie).
  • Dans un communiqué, Myriad annonce la présentation d'une étude de validation de son test myPath™ Melanoma lors du congrès annuel des dermatologues américains.

 Questions techniques
  • L'auteur du blog CoreGenomics s'interroge sur les diverses façons de compter les fragments lus par une machine NGS et sur la quantification des bibliothèques NGS par BioAnalyser.
  • L'auteur du blog MassGenomics décrypte une étude qui, parue dans Nature, "illustre l'intérêt de travaux de séquençage à haut débit pour mener des études fonctionnelles".
  • Genome Web a interrogé les auteurs d'une étude qui, parue dans PLOS ONE, présente une technique appelée Sequencing Bead Array.
Annonces
  • La PHG Foundation relaie un appel à projets de Genomics England pour "évaluer la qualité des fournisseurs d'annotation et de WGS" (voir aussi ce long article de Genome Web sur Genomics England).
  • Genome Web consacre un article à la start-up américaine AllSeq qui, créée par les fondateurs d'une société danoise appelée BlueSeq, offre des outils en ligne pour "rapprocher les fournisseurs de services NGS et les équipes de recherche".
  • Genome Web révèle les projets de développement d'un panel de gènes du cancer par la société de services Genewiz.
  • BIO-IT World relaie le lancement, par OpenHelix, d'un ensemble de tutoriels dédiés à différents outils de génomique et bioinformatique.
  • Dans un communiqué, la société suisse Biocartis annonce la signature d'un partenariat avec un hôpital de Barcelone pour développer un test de mutations EGFR (voir aussi Genome Web).
  • Selon Genome Web, Illumina a acheté des licences aux universités de Washington et d'Alabama pour développer des techniques de séquençage à base de nanopores.

 Miscellanées
  •  Xconomy a interviewé le fondateur de Genia Technologies qui a l'ambition de devenir l'équivalent d'Apple dans le domaine du séquençage...
  • Sur son blog de l'EBI, Ewan Birney raconte une visite au CERN et se demande quelles leçons les biologistes pourraient tirer de l'expérience des physiciens des particules.
  • F@st Company publie un long portrait de Anne Wojcicki, la co-fondatrice de 23andMe (voir le regard critique de l'auteur du blog The DNA Exchange et, sur PatentDocs, l'analyse d'une réaction de spécialistes de bioéthique au brevet détenu par 23andMe -voir Onco-Seq du 4 octobre).
  • The Guardian s'est entretenu avec Craig Venter autour de son projet de "Convertisseur Biologique Numérique".
  • Sur Mendelspod, Dan Graur, professeur de biologie et biochimie à l'université de Houston, témoigne de sa colère envers "les techniciens et bricoleurs qui se déguisent en scientifiques" et ignorent les principes fondamentaux de l'évolution moléculaire et de génétique des populations.

 Conférences & Webinars

Lu dans Nota Bene Cancer
Menée dans le cadre du projet "The Cancer Genome Atlas" portant sur plus de 500 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un glioblastome, cette étude décrit le paysage des altérations génomiques somatiques en association avec des caractéristiques cliniques
The Somatic Genomic Landscape of Glioblastoma
Cell, Vol. 155 (2), pp. 462-477, 2013 (article en libre accès)

Lu ailleurs
A Clinically Validated Diagnostic Second-Generation Sequencing Assay for Detection of Hereditary BRCA1 and BRCA2 Mutations
The Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 15(6), pp. 796-809, 2013 (résumé)
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