vendredi 6 septembre 2013

Onco Seq du 6 septembre 2013

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“Des centaines de bébés américains feront office de pionniers de la médecine génomique à travers un programme de 25 millions de dollars des National Institutes of Health visant à séquencer leur génome peu après la naissance”, rapporte Nature (voir aussi Science, Genome Web, The Scientist, Next Gen Seek et Harvard Medical School). Au Royaume-Uni, la PHG Foundation qualifie le projet de “radical” tandis que, dans le New Scientist, un éditorial plaide pour “le droit à l’ignorance génétique”.
Myriad
Dans un communiqué, Myriad Genetics annonce le lancement commercial de son nouveau test, myRisk Hereditary Cancer, basé sur l’analyse de 25 gènes de prédisposition à 8 types de cancer.
Parallèlement, dans le cadre d’une extension de sa collaboration avec AstraZeneca sur un test compagnon pour l’olaparib, Myriad a dévoilé son projet de construction d’un nouveau laboratoire (voir aussi Genome Web).

Illumina
  • L’auteur du blog CoreGenomics publie une illustration détaillant les différentes étapes de la préparation d’échantillons à l’aide des kits TruSeq d’Illumina.
  • L’auteur du blog Pathogens: Genes and Genomes analyse les nouveautés des kits MiSeq V3.
  • BIO-IT World relaie un communiqué d’Illumina sur la fourniture de machines HiSeq 2500 à la société Natera pour le diagnostic prénatal non invasif (voir aussi Genome Web).

Miscellanées
  • Genome Web analyse les perspectives de la société N of One, qui a récemment annoncé avoir interprété les données génomiques de plus de 4 000 tumeurs. Genome Web a également interrogé le dirigeant d’une société danoise, Exiqon, sur ses projets en matière de NGS dans le cancer colorectal.
  • Le projet Personal Genomes a dévoilé son nouveau site web.
  • Dans le Huffington Post, Robert Klitzman, de l’université Columbia, saisit l’occasion de l’actualité autour du génome de la lignée cellulaire HeLa pour élargir le débat sur le contrôle des données génomiques.
  • Le Journal of Medical Genetics publie une recension élogieuse d’un livre destiné aux cliniciens très occupés : The busy physician's guide to genetics, genomics and personalized medicine.
  • La société belge OncoDNA a signé un accord de collaboration avec une biobanque pour offrir aux médecins luxembourgeois l’accès à des tests basés sur le NGS dans le cancer du poumon (voir aussi Genome Web).
  • Selon Genome Web, la Cleveland Clinic a lancé une étude pour évaluer l’impact du NGS dans les soins du cancer à l’aide du test de Foundation Medicine.
  • Genome Web relaie l’annonce du Consortium WIN sur le financement, par l’Union européenne (3 millions d’euros), du projet WINTHER.
  • Le Wall Street Journal consacre un article à l’intérêt des techniques de séquençage lors de l’émergence d’un dangereux agent pathogène (voir aussi Genome Web).
  • Ewan Birney, directeur adjoint de l’Europan Bioinformatics Institute, partage ses réflexions sur l’innovation à la suite de son récent voyage en Californie...
  • Selon l’indice boursier de Genome Web, la valeur des actions des sociétés “omiques” a baissé en moyenne de 2% au mois d’août.

Conférences
NGS 2014, Oxford-UK, 31 mars-3 avril 2014

Lu dans Nota Bene Cancer
Menée sur 451 échantillons de tumeurs primitives et 298 échantillons métastatiques prélevés sur 513 patients atteints d'un mélanome de stade avancé en Italie, cette étude analyse la prévalence et la distribution des mutations des gènes BRAF et NRAS
Journal of Translational Medicine, Vol. 11 (1), pp. 202, 2013 (article en libre accès)
Menée sur des échantillons tumoraux prélevés sur 133 patients pédiatriques atteints d'un gliome de haut grade, puis in vitro et in vivo, cette étude met en évidence le rôle oncogénique joué par diverses mutations du gène PDGFRA
Cancer Research, sous presse, 2013 (résumé)

Menée sur 295 échantillons tumoraux fixés au formol et inclus en paraffine après prélèvement sur des patients atteints d'un mélanome métastatique, cette étude compare deux méthodes (Cobas 4800 et séquençage par technique de Sanger) pour l'identification des mutations V600 du gène BRAF
The Journal of molecular diagnostics : JMD, sous presse, 2013 (résumé)

Cet article passe en revue les travaux récents sur l'utilisation de données génomiques pour développer de nouveaux biomarqueurs de la réponse thérapeutique chez les patients atteints de cancer
Cancer, sous presse, 2013 (résumé)

Lu ailleurs
Genome Biology, 14:R93, 2013 (article en libre accès)

Genome Medicine, 5:77, 2013 (article en libre accès)
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