vendredi 30 août 2013

Onco Seq du 30 août 2013

Projets CSER
Le National Human Genome Research Institute a dévoilé les résultats de la deuxième vague de son appel à projets Clinical Sequencing Exploratory Research, rapporte The Lancet (voir aussi cet article de Genome Web consacré à l’un des lauréats pour un projet sur les cancers rares).
HeLa
Sur son blog des NIH, Francis Collins décrit les détails de l’accord passé avec les descendants d’Henrietta Lacks sur l’accès aux données génomiques de la lignée cellulaire HeLa (voir aussi Nature). Michael Eisen fait part de ses réserves en qualifiant d'extrémiste la position des NIH (voir aussi ce billet de Patent Docs et celui-ci du blog DNA Science).
BGI
Forbes publie une longue enquête sur l’entreprise chinoise qui, à ce jour, affirme avoir séquencé 57 000 génomes humains (voir aussi Genome Web).
Life Tech
Dans un premier communiqué, Life Tech révèle la signature d’un partenariat avec Rain Tree Oncology Services pour sa clientèle de quelque 600 oncologues (voir aussi ce billet du blog d’Oncology Business Review).
Un second communiqué annonce le lancement d’une solution pour l’analyse des variations du nombre de copies de gènes au niveau de l’exon (voir aussi l’accord définitif des actionnaires de Life Tech pour son rachat par Thermo Fisher).
Illumina
Selon ce communiqué, de nouveaux kits sont disponibles pour les systèmes MiSeq.
Roche
Roche lance une nouvelle version de son logiciel GS FLX+ System.
Myriad
Selon Genome Web, Myriad Genetics a décidé d’avancer le lancement de son panel de gènes myRisk Hereditary Cancer tandis que Ambry Genetics a assigné Myriad en justice pour violation des lois antitrust et que Patent Docs s’intéresse à la création de la société Genome Liberty (voir aussi cet article de Genome Web sur une annonce de la société GeneDx).
X Prize
La fondation X Prize annule sa compétition qui offrait 10 millions $ à qui séquencerait le génome de 100 centenaires en 30 jours à un coût de 1 000 $ par génome, ce qui irrite George Church rapporte Science (voir aussi Genome Web).
23andMe
La société californienne a lancé sa première campagne de publicité à la télévision et, peu après, NBC News a diffusé un reportage sur l’expérience personnelle d’une journaliste médicale (voir aussi Genome Web).
L’auteur du blog MassGenomics, qui dirige un groupe de recherche d’analyse du génome humain à Washington University, explique pourquoi lui aussi est devenu un client de 23andMe.
Miscellanées techniques
  • MassGenomics dresse une liste des défis à relever avant de pouvoir exploiter tout le potentiel du NGS.
  • CoreGenomics décrit les perspectives offertes par les dernières annonces d’Illumina et Life Tech en matière de séquençage de l’ARN.
  • L’auteur du blog BitesizeBio, qui travaille chez Addgene, offre quelques conseils pour analyser proprement des résultats de séquençage.
  • Bio-IT World a interrogé un chercheur du Broad Institute à propos de la dernière version du logiciel en open source GenePattern.
Insolites
  • L’auteur du blog Mermaid’s Tale a identifié le péché originel du NGS!
  • L’auteur du blog opinionomics explique pourquoi, avec un brin d’ironie, “la bioinformatique ne s’enseigne pas, c’est un mode de vie”...
  • Nous avons tout faux”, déclare à Bio-IT World un chercheur après l’analyse du projet Assemblathon 2.
  • Genome Web s’intéresse au plus petit génome connu à ce jour, celui du micro-organisme Nasuia deltocephalinicola: 112 000 paires de bases et 137 gènes.
  • L’auteur du blog MassGenomics a consulté avec plaisir  un site qui déconstruit “les mythes de la génétique humaine”.
  • Un journaliste du New York Times a visité l’exposition sur le génome au Smithsonian.
  • Sur Bio-IT World, le directeur du projet de séquençage de la population des Iles Féroé fait la promotion de sa conférence annuelle les 19 et 20 septembre prochains.
Conférences, Congrès, Webinars...
Lu dans Nota Bene Cancer
Menée sur 7 042 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints de cancer, cette étude met en évidence une vingtaine de signatures, basées sur l'analyse de près de 5 millions de mutations somatiques, associées à des processus biologiques distincts
Nature, Vol. 500 (7463), pp. 415-421, 2013 (résumé)   
            
Lu ailleurs
British Journal of Cancer, sous presse, 2013
Genetics in Medicine, sous presse, 2013
Genetics in Medicine, sous presse, 2013
Proceedings of the National Academy of Sciences, sous presse, 2013
Proceedings of the National Academy of Sciences, sous presse, 2013