vendredi 26 juillet 2013

Onco-Seq du 26 juillet 2013

Étude de marché
Selon un rapport de BCC Research (4 630€),  le marché du NGS devrait atteindre 7,6 milliards de dollars à l’horizon 2018, soit un taux de croissance annuelle de 71 %...

Brevets
Sur le site Genetic Engineering & Biotechnology News, un article prévoit une myriade (!) de plaintes en propriété intellectuelle suite à la récente décision de la Cour Suprême tandis que, sur Mendelspod, le professeur Chris Mason décrit les objectifs de la société qu’il vient de fonder : Genome Liberty (voir aussi, dans JAMA, ces deux articles sur la brevetabilité des gènes- ici et ici- et, sur Bio-IT World, cet article sur “le prix des données libres”).

NIH
Sur son blog, Francis Collins fait la promotion du projet BD2K (Big Data to Knwoledge) qui prévoit d’investir 96 millions de dollars sur 4 ans pour financer des centres d’excellence en “Big Data” (voir aussi Genome Web). Parallèlement, les NIH ont également annoncé le soutien, à hauteur de 27 millions de dollars, de quatre projets sur le séquençage en clinique (voir Genome Web et ce billet du blog Next Gen Seek).

Illumina
Dans un communiqué, Illimuna annonce l’acquisition d’une société spécialisé en micro-fluidique, Advanced Liquid Logic (voir aussi Next Gen Seek, CoreGenomics et Xconomy). En deux billets (ici et ici), Genome Web décrypte les raisons d’une croissance spectaculaire (+23%) du chiffre d’affaires d’Illumina au 2ème trimestre 2013 (voir aussi ce communiqué d’Illumina relayant l’achat de plateformes MiSeq par la société HistoGenetics et l’analyse de Genome Web ainsi que ce communiqué de Beckman Coulter sur le lancement, en partenariat avec Illumina, d’une méthode automatisée de préparation d’échantillons pour le NGS).

Life Tech
Selon Genome Web, le PDG de Life Technologies pourrait recevoir une rémunération de 38,1 millions de dollars à la fin du processus de rachat par Thermo Fisher tandis que, toujours selon Genome Web, des sondages effectués auprès des utilisateurs de HiSeq et Ion Torrent Proton suggèrent que Life Tech pourrait rattraper son retard sur Illumina (voir aussi ce communiqué de Life Tech sur l’extension de sa ligne d’instruments qPCR).

Miscellanées
  • Le blog d’actualités de Nature consacre un billet aux résultats de la deuxième édition de l’Assemblathon.
  • En jouant avec le logiciel TopHat, l’auteur du blog Next Gen Seek a eu une bouffée de nostalgie sur l’analyse de données RNA-Seq...
  • Sur son blog DNA Science, la généticienne Ricky Lewis décrit pourquoi, selon elle, il est urgent de ralentir la course au séquençage du génome de tout un chacun (par contraste, lire cet article titré “Le Pouvoir de Savoir”, sur le blog de 23andMe).
  • Genome Web rapporte les résultats d’une expérience pédagogique décrite dans PLOS ONE: “les étudiants ayant choisi de subir un test de génomique personnelle ont une meilleure compréhension de la génétique que les autres”!
  • Le site medGadget signale le lancement, par la société Biomeme, d’un système transformant “un smartphone en un laboratoire low-cost pour une analyse rapide de l’ADN par qPCR.

Conférences

Lu dans Nota Bene Cancer
Cet article passe en revue les travaux récents en génomique et épigénomique des cancers du sein
Cancer Letters, sous presse, 2013 (résumé)

Cet article présente les premiers résultats du projet "Sanger Institute Mouse Genetics" qui vise à produire de façon systématique des lignées de modèles murins dans lesquels un gène a été invalidé et à identifier les phénotypes associés
Cell, Vol. 154 (2), pp. 452-464, 2013 (article en libre accès)

Cet article présente une analyse exhaustive des variants génomiques identifiés par séquençage de l'exome entier dans les lignées cellulaires NCI-60
Cancer Research, Vol. 73 (14), pp. 4372-4382, 2013 (résumé)

Ces trois articles analysent les enjeux éthiques associés à la découverte fortuite d'un risque de maladie lors d'un test de séquençage génomique
JAMA, Vol. 310 (4), pp. 367-368, 2013 (commentaire)
JAMA, Vol. 310 (4), pp. 369-370, 2013 (commentaire)
JAMA, Vol. 310 (4), pp. 365-366, 2013 (commentaire)

Menée par entretiens auprès de 29 patients atteints d'une tumeur solide de stade avancé et 14 médecins, cette étude analyse leurs attentes en matière de bénéfices associés à un séquençage de l'ADN des biopsies de tumeurs métastatiques
European Journal of Human Genetics, sous presse, 2013 (résumé)