jeudi 11 juillet 2013

Onco-Seq du 11 juillet 2013

Genomics England
A l’occasion du 65ème anniversaire du National Health Service, le ministre de la santé a dévoilé la fondation d’un organisme public qui, selon Cancer Research UK, “gérera des contrats avec des sociétés privées, des universités et des hôpitaux pour fournir des services de séquençage, de gestion et d’analyses de bases de données” (voir The Guardian, Genome Web, la satisfaction mitigée de PHG Foundation et le regard d’un spécialiste, l’auteur du blog Core Genomics).

Myriad
La décision de la Cour Suprême sur la brevetabilité des gènes a ouvert un nouveau terrain juridique (voir cette dernière analyse dans le New England Journal of Medicine, ce billet de Patent Docs et, sur un blog de Scientific American, ce billet sur la brevetabilité de l’ADN complémentaire) ): Myriad Genetics a déjà déposé plainte contre une société californienne, Ambry Genetics (voir Genome Web et Patent Docs), et une société texane, Gene by Gene (voir aussi  Genome Web et Patent Docs)

AmpliSeq
L’auteur du blog Next Generation Technologist livre une analyse élogieuse et détaillée du kit Ion AmpliSeq Exome.

Nanopores, semi-conducteurs ou....
L’auteur du blog Core Genomics se demande si le séquençage à base de semi-conducteurs a un avenir tandis que, selon Genome Web, Hitachi a signé un accord avec la société anglaise Base4 pour développer une machine à base de nanopores.
Parallèlement, Genome Web détaille le plan d’investissement, à hauteur de 7 millions de dollars, du National Human Genome Research Institute pour des projets de technologies révolutionnaires dans le séquençage.

Economie
  • L’auteur du blog Core Genomics analyse l’évolution future des coûts d’un séquençage NGS (voir aussi Genome Web).
  • Genome Web relaie les prévisions négatives d’un analyste boursier sur le cours des actions Illumina.
  • Selon Genome Web, au cours du premier semestre 2013, le rachat de Life Tech par Thermo Fisher a masqué un ralentissement des fusions-acquisitions dans les sociétés “-omiques”.
  • Le site ReportLinker signale une étude détaillée sur l’évolution du marché du NGS jusqu’en 2017 (3 720 $).

Big Data
Genome Web se fait l’écho d’un article d’opinion paru dans Nature appelant “la biologie à développer ses propres systèmes de gestion de grandes bases de données”.

Miscellanées
  • Genome Web relaie l’annonce d’un partenariat sur des projets de médecine personnalisée entre AstraZeneca et Sarah Cannon Research Institute, qui dispose notamment d’un panel ciblant 1000 hotspots de mutations dans 35 gènes.
  • L’auteur du blog opinionomics, qui s’apprête être évalué dans le cadre du système britannique REF, s’interroge sur la spécificité de l’évaluation en bioinformatique.
  • Genome Web rapporte la première naissance, par fécondation in vitro, d’un enfant suite à l’utilisation de NGS pour le choix pré-implantatoire de l’embryon (voir aussi The Guardian et  Reuters)
  • MIT News décrit le projet d’installation d’un séquenceur sur Mars.
  • La chaîne Genome TV de YouTube a mis en ligne une conférence (1h) sur l’intégration de la génomique dans les pratiques infirmières.

Conférences

Lu dans Nota Bene Cancer
Menée sur 747 échantillons tumoraux fixés au formol et inclus en paraffine après prélèvement sur des patients atteints d'un cancer colorectal, cette étude évalue les performances d'une méthode à base de microscopie en fluorescence pour mener une analyse à l'échelle de cellules uniques et révéler l'hétérogénéité tumorale
Proceedings of the National Academy of Sciences, sous presse, 2013 (article en libre accès)

Menée sur 16 paires d'échantillons fraîchement congelés ou fixés au formol et inclus en paraffine après prélèvement sur des patients atteints d'un adénocarcinome du poumon, cette étude évalue, en fonction du mode de conservation, les résultats d'une analyse génomique réalisée par un séquençage de prochaine génération
The Journal of molecular diagnostics : JMD, sous presse, 2013 (résumé)
            
Cet article passe en revue les multiples enjeux (éthiques, logistiques, scientifiques, informatiques et financiers) associés à la collection d'échantillons tumoraux permettant de tirer profit des techniques "omiques" de prochaine génération pour le traitement personnalisé des cancers
Nature Reviews Clinical Oncology, sous presse, 2013 (résumé)

Cet article passe en revue une décennie d'études sur le génome des cancers à partir de la publication de la séquence du génome humain
Genome Research, Vol. 23 (7), pp. 1054-1062, 2013 (résumé)

Cet article passe en revue les défis à relever pour traduire en clinique les résultats d'études ayant mis en évidence des altérations génomiques dans les cancers
Personalized Medicine, Vol. 10 (5), pp. 485-495, 2013 (résumé)

Lu ailleurs
Personalized Medicine, Vol. 10 (5), pp. 473-484, 2013 (résumé)

Genome Biology, Vol. 14(6), 2013 (article en libre accès)