vendredi 7 juin 2013

Onco-Seq du 7 juin 2013

ASCO
  • Dans le Daily News de l’ASCO 2013, un article s’intéresse à “la place de plus en plus importante prise par la génomique en clinique”.
  • Genome Web a assisté à une session animée par des membres du projet The Cancer Genome Atlas sur les stratégies visant à traduire leurs découvertes en clinique.
  • Genome Web relaie la présentation d’une étude génomique sur “la résistance aux thérapies anti EGFR dans le cancer du poumon” et analyse la présentation d’une étude sur “l’intérêt de souris “avatars” pour évaluer des traitements personnalisés sur une base génomique”.
  • Cancer Network s’intéresse à une étude espagnole qui rapporte l’intérêt d’un séquençage profond pour prédire une maladie résiduelle minimale chez des patients atteints d’un myélome multiple.

Prospective
Dans le Journal of the National Cancer Institute, un article d’actualité décrit “comment le NGS pourrait transformer les soins du cancer” tandis que le cabinet Biopharm Reports publie un rapport (2 235 €) sur l’évolution du marché mondial du séquençage (voir aussi, dans The Scientist, cet article d’opinion critiquant un rapport du Battelle Institute (pdf) sur les retombées économiques du projet Génome Humain). Parallèlement, Genome Web explique que, si les laboratoires pharmaceutiques ont décidé d’externaliser les ressources en NGS, ils n’ont pas l’intention de faire de même pour l’analyse des données (voir aussi cette annonce de la société Caris Life Sciences sur l’augmentation de ses capacités en NGS et cet article de Bio-IT World sur GeneInsight).

Alliance
Dans un communiqué, le Broad Institute décrit le lancement d’une alliance globale rassemblant plus de 70 organisations (dont l’INCa) pour faciliter le partage sécurisé de données génomiques et cliniques (télécharger le livre blanc). L’annonce est relayée par de nombreux médias : NY Times, Guardian, MIT Technology Review, Genome Web).

Big Data
  • Le NCI publie les résultats de son enquête auprès des chercheurs sur les besoins informatiques pour les projets génomiques de grande échelle.
  • Le site Mendespod livre un compte-rendu de la conférence “Big Data in Biomedicine” qui s’est récemment tenue à Stanford (voir aussi Genome Web).
  • Bio-IT World relaie le lancement d’une infrastructure de génomique clinique par Dell.

Génométhique

Formation
Dans Genetics in Medicine, une équipe néerlandaise rapporte les résultats d’une étude randomisée sur “l’efficacité d’une formation en oncogénétique pour les médecins généralistes”.

Miscellanées
  • 23andMe met en ligne une vidéo décrivant le parcours d’un échantillon de salive dans son laboratoire d’analyse.
  • Tim McDaniels, directeur scientifique d’Illumina, accorde un entretien audio sur “les montagnes russes de la génomique clinique”.
  • Genome Web relaie les résultats d’une étude de Thomson Reuters montrant que les chercheurs en génomique étaient en tête de liste des citations en 2012.
  • The Scientist se fait l’écho d’une décision de la Cour Suprême américaine autorisant la police à prélever, sur des suspects de crimes graves, des échantillons pour analyse ADN et à les archiver.
  • Forbes donne la parole à des scientifiques contredisant une artiste qui prétend créer des portraits à partir de l’ADN d’inconnus (voir Onco Seq du 17 mai).
  • DNA My Dog, une société canadienne, commercialise un test ADN pour les chiens récemment décédés.

Conférences
The Genomics of Common Diseases 2013, Oxford-UK, 7-10 septembre

Lu dans Nota Bene Cancer
Menée sur 31 échantillons de tissu normal, de néoplasie précoce et de carcinome prélevés sur 6 patientes atteintes d'un cancer du sein, cette étude de séquençage du génome entier met en évidence, pour chaque patiente, l'évolution des événements génomiques d'un stade à l'autre
Genome Research, sous presse, 2013 (résumé)

Menée à l'aide d'une technique de séquençage de prochaine génération sur des lignées cellulaires de cancer du poumon présentant des mutations du gène EGFR, cette étude met en évidence des altérations de l'ADN associées à la résistance à un inhibiteur de tyrosine kinase d'EGFR
Genome Research, sous presse, 2013 (résumé)

Cet article passe en revue les travaux récents sur la mise en évidence d'anomalies génomiques dans les leucémies lymphocytaires chroniques
Genome Medicine, Vol. 5 (5), pp. 47, 2013 (résumé)

Cet article présente des méthodes numériques permettant de découvrir et de mesurer des biais dans les données de séquençage fournies par les plateformes Illumina, Ion Torrent, Pacific Biosciences et Complete Genomics
Genome Biology, Vol. 14 (5), pp. R51, 2013 (article en libre accès)

Menée auprès de 12 groupes de patients ayant reçu les résultats d'un test génétique de prédisposition au cancer colorectal et par entretiens individuels avec 6 patients, cette étude analyse leurs préférences relatives à la communication de découvertes fortuites d'un risque lors d'un séquençage génomique
Genetics in Medicine, sous presse, 2013 (résumé)
Genetics in Medicine, sous presse, 2013 (commentaire en libre accès)