vendredi 21 juin 2013

Onco-Seq du 21 juin 2013

Brevetabilité
La décision de la Cour Suprême américaine continue de susciter de multiples analyses et commentaires (lire par exemple cette brève histoire des brevets de gènes sur le blog DNA Science). Le blog Patent Docs y voit une “victoire à la Pyrrhus” (voir aussi Genomics Law Report, The Scientist) tandis que Forbes décèle un sombre avenir pour l’industrie du diagnostic (voir aussi Wall Street Journal, The Guardian) et que Genome Web relaie les initiatives des concurrents de Myriad Genetics (voir aussi Bloomberg et ce communiqué de Pathway Genomics). Enfin, Genome Web signale le lancement de l’initiative Free the Data!


1000$
Dans un article de UT San Diego, Craig Venter et Eric Topol réagissant à un billet très énervé de l’auteur du blog opinionomics à propos du “mythe du génome à 1000$”.


Faux positifs
Dans un communiqué, le Broad Institute décrit les principaux éléments d’une nouvelle méthode, baptisée MutSigCV, pour réduire le taux de faux positifs dans l'identification de gènes impliqués dans la cancérogenèse (voir l’article paru dans Nature et les commentaires de Nature, de Genome Web et de The Scientist).


Longs fragments
L’auteur du blog In between the lines of code décrit une méthode mise en œuvre dans son centre norvégien pour obtenir de longs fragments d’ADN à l’aide de la plateforme BluePippin et d’une machine PacBio RS II .


Oxford Nanopore
Genome Web consacre un long article à une technologie, développée à Cambridge et dont Oxford Nanopore détient la licence, sur des structures hybrides d’origami ADN et de nanocapillaires de verre (voir aussi ce billet de CoreGenomics sur les longueurs de fragments annoncées par Oxford Nanopore et, dans Genome Web, cet article relatant les commentaires du PDG d’Oxford Nanopore sur les conditions de la rupture d’un partenariat avec Illumina).


deCODE
Science se fait l’écho d’une décision de  l’équivalent islandais de la CNIL, qui a refusé à la société deCODE le droit d’analyser ses données de génotypage de 280 000 personnes en lien avec leurs données médicales.


Université de Cologne
Selon Genome Web, l’Institut de Pathologie a développé un test dans le cancer du poumon en combinant la technologie Ion AmpliSeq de Life Tech et la machine MiSeq d’Illumina, tout en évaluant les nouveaux panels de gènes commercialisés par Quiagen.


Partenariat
  • Genome Web relaie la signature d’un partenariat entre Sanofi et l’Institut Curie sur l’utilisation de techniques NGS pour identifier de nouvelles cibles thérapeutiques dans le cancer de l’ovaire.
  • Genome Web relaie également l’annonce d’un partenariat entre  l’université de Chicago et CollabRx pour l’interprétation de données NGS.


Étude de marché
La société Jain PharmaBiotech publie une étude de marché sur les technologies de séquençage de l’ADN (2 295 €).


Miscellanées
  • Le blog Genomics and Health Impact des CDC annonce la mise en ligne d’une “carte cliquable” donnant accès à toutes les ressources, Etat par Etat, en matière d’applications de génomique en santé publique.
  • Sur la chaîne Genome TV de YouTube, Lee Helman, du NCI, livre une conférence sur “Génomique du cancer et Médecine de précision au XXIème siècle” ( (52 mn) et Eric Green, directeur du NHGRI, passe en revue “l’état actuel de la génomique” (48 mn).
  • Genome Web rapporte que le président Obama a remis des décorations à des chercheurs ayant œuvré pour que ”les données en biologie et génomique soient largement accessibles à la communauté scientifique”.
  • Genome Web rebondit sur un article du Times qui, sur la base d’une analyse de l’ADN de lointains parents du prince William, a révélé que l’héritier de la couronne britannique avait des ancêtres indiens...


Conférences & Webinars


Lu dans Nota Bene Cancer
Menée sur des séquences d'exome de 3 083 paires d'échantillons de tissu tumoral et de tissu sain, cette étude évalue les performances d'une nouvelle méthodologie analytique, MutSigCV, pour résoudre le taux de faux positifs dans l'identification de gènes impliqués dans la cancérogenèse
Nature, sous presse, 2013 (résumé)


Cet article passe en revue les progrès accomplis en médecine génomique au cours de la décennie précédente et analyse l'impact de la génomique sur la médecine dans l'avenir
Science Translational Medicine, Vol. 5 (189), pp. 189sr4, 2013 (résumé)


Cet article analyse les conséquences prévisibles, pour l'oncologie, d'une décision de la Cour Suprême américaine en matière de brevetabilité des gènes
Journal of Clinical Oncology, sous presse, 2013 (résumé)