vendredi 31 mai 2013

Onco-Seq du 31 mai 2013

X Prize
Le prix Archon Genomics XPrize, doté de 10 millions $ pour séquencer le génome de 100 centenaires en 30 jours à un coût de 1 000 $ par génome, n’a que enregistré que deux candidats: Nature en analyse les raisons dans un article et un édito (voir aussi Genome Web).

Génométhique
  • Genome Web analyse les interrogations de généticiens européens sur les tests génétiques en vente directe (pdf) et décrypte les recommandations publiées dans European Journal of Human Genetics sur le séquençage de l’exome en clinique.
  • A partir d’un cas concret, Slate explique comment l’analyse de données de 23andMe peut révéler des histoires de filiation insoupçonnées.

Illumina
  • L’auteur du blog CoreGenomics résume les résultats d’un sondage réalisé en direct, lors de l’Illumina Scientific Summit, sur l’avenir de la génomique des cancers.
  • Bioscience Technology relaie une annonce d’un partenariat entre Beckman Coulter Life Sciences et Illumina sur des méthodes d’automatisation du processus de préparation des échantillons pour le NGS.
  • Genome Web analyse un article décrivant une méthode qui, mise au point au MIT, vise à donner une seconde vie aux séquenceurs Genome Analyzer II.

Roche
Dans un communiqué, Roche annonce le lancement de son kit SeqCap EZ Pure Capture Bead.

EGAPP
Sur le blog Genomics and Health Impact des CDC, ce billet fournit des liens vers les dernières productions du groupe de travail Evaluation of Genomic Applications in Practice and Prevention.

Partenariat
Selon Genome Web, deux hôpitaux de Manchester ont signé un accord avec un centre chinois,  Peking University Health Science Centre, pour développer des projets de recherche en médecine génomique, notamment dans les cancers.

Big Data
Bio-IT World relaie les propos tenus par la fondatrice de 23andMe, Anne Wojcicki, lors de la séance d’ouverture de la conférence Big Data in Biomedicine à Stanford.

Formation
Genome Web relaie une annonce de trois partenaires californiens qui proposent une formation visant à faciliter l’intégration de la génomique dans les pratiques médicales (voir aussi, dans The Pharmacogenomics Journal, cet article : Integrative deep-sequencing analysis of cancer samples: discoveries and clinical challenges)

ASCO 2013
Dans un communiqué, Myriad Genetics annonce la présentation d’études relatives à son test POLARIS dans le cancer de la prostate.

Conférences/Workshops

Lu dans Nota Bene Cancer

Menée sur 13 lignées cellulaires et 136 cas de lymphome diffus à grandes cellules B, cette étude de séquençage du génome entier met en évidence un ensemble de réarrangements génomiques et de mutations somatiques, puis estime l'ordre d'acquisition de ces mutations
Blood, sous presse, 2013 (résumé)

Cet article passe en revue les travaux récents sur l'intérêt de données génomiques pour orienter le choix thérapeutique chez des patients atteints d'un cancer de la prostate
Clinical Cancer Research, sous presse, 2013 (résumé)