jeudi 23 mai 2013

Onco-Seq du 23 mai 2013

Royaume-Uni
Dans un communiqué, le Wellcome Trust annonce le lancement d’un programme, doté de 2,7 millions £, visant à offrir à tous les patients atteints de cancer un test de génétique constitutionnelle développé par Illumina sur un panel de 97 gènes, TruSight (™) Cancer Panel (voir aussi Cancer Research UK, Genome Web, The Globe and Mail et  PHG Foundation).
En parallèle, Genome Web annonce l’ouverture d’un centre de médecine génomique à Manchester.

Génométhique
  • Dans le British Medical Journal, deux auteurs livrent des points de vue opposés sur l'intérêt d'un séquençage du génome pour la population générale (oui, non).
  • Dans Science, deux articles analysent les enjeux éthiques associés à la découverte fortuite de risques lors d'un test génomique : ici et ici (voir aussi Genome Web).
  • Dans le JAMA, un article appelle à “de nouvelles règles en matière de consentement alors que l’usage de données génomiques ne cesse de croître.” (voir aussi cet article de Bloomberg).

Bases de données

Illumina
  • L’auteur du blog CoreGenomics a assisté à une présentation intéressante d’un chercheur ayant utilisé la technologie de Moleculo pour préparer des bibliothèques de longs fragments.
  • Dans un communiqué, Illumina annonce la commercialisation de sa plate-forme de stockage et de calcul en ligne, BaseSpace.

Life Tech
Genome Web analyse l’histoire des relations entre Life Technologies et Thermo Fisher avant le rachat de l’une par l’autre et relaie l’autorisation, par le Canada, de l’usage des séquenceurs de la série 3500 pour le diagnostic.

Cancer Genetics
Dans un communiqué, la société annonce le lancement de OncoSpire Genomics, une joint-venture avec la Mayo Clinic, visant “à améliorer les soins du cancer par la découverte et la commercialisation de tests diagnostiques à base de NGS” (voir aussi Genome Web et ce communiqué sur la présence de Cancer Genetics à l’ASCO 2013).

Fusion-acquisition
Genome Web relaie un communiqué de la société Ignyta annonçant que l’acquisition d’Actagene Oncology signe “son entrée sur le marché de la médecine personnalisée des cancers”.

Questions de remboursement
Dans Bio-IT World, un article explique pourquoi les difficultés du système des codes CPT (Current Procedural Terminology) à s’adapter au rythme des progrès liés au NGS pose un grave problème pour le remboursement des tests génomiques et leur usage clinique réel.

Conférences
3rd Next Generation Sequencing Conference, San Francisco-CA, 20-21 juin
Next Generation Dx Summit, Washington-DC, 20-22 août

Lu dans Nota Bene Cancer
Menée sur 10 échantillons de tissu provenant d'un névus mélanocytaire, cette étude évalue la proportion de cellules présentant la mutation V600E du gène BRAF
Journal of the National Cancer Institute, sous presse, 2013 (résumé)
       
Menée sur des échantillons prélevés, à quatre reprises au cours d'une période de 11 ans, sur un patient atteint d'une leucémie lymphocytaire chronique, cette étude de séquençage du génome entier met en évidence l'évolution du phénomène de chromothripsis et de sa réversibilité liée au traitement
Leukemia, sous presse, 2013 (article en libre accès)

Menée sur 74 patients atteints d'un carcinome épidermoïde de la tête et du cou, cette étude évalue l'association entre une mesure de l'hétérogénéité génétique tumorale et le pronostic de la maladie
Cancer, sous presse, 2013 (résumé)