vendredi 26 avril 2013

Onco-Seq du 26 avril 2013

Anniversaires
Sur son blog, dans un billet en date du 25 avril, Francis Collins célèbre “le double anniversaire de l’ADN” (voir aussi Genome Web et The Scientist avec un poster, sponsorisé par Life Tech, récapitulant 60 ans d’histoire). Sur le site The Conversation, Jill Trewhella, qui était responsable du séquençage du chromosome 16 pour le Projet Génome Humain, déroule sa version personnelle du projet (voir aussi sur la chaîne Genome TV de YouTube, un entretien avec Eric Green, le directeur du NHGRI, ce billet du blog de 23andMe et, sur Bio-IT World, un entretien avec Deanna Church sur le Génome de référence)..

Du génotype au phénotype
Sur le blog Genome Unzipped, ce billet explique pourquoi “il est si difficile de prédire l’effet de mutations sur le phénotype”.

Médecine de précision
Le New York Times consacre un article à “la médecine de précision”, un terme alternatif à la médecine personnalisée, en cancérologie: son contenu est analysé par le blogueur Orac. En parallèle, l’auteur du blog CoreGenomics fait un rapprochement entre le prix d’un séquençage, 1 000$, et celui d’un traitement (400 000 $) tandis que, dans un autre article, le New York Times relaie les préoccupations de spécialistes en hématologie sur les coûts prohibitifs des thérapies ciblées.

Brevetabilité
Selon MIT Technology Review, les incertitudes juridiques créées par le procès sur la brevatibilité des gènes “ébranlent l’industrie du diagnostic” tandis que, dans le Guardian, un article affirme que “les brevets sur les gènes représentent un frein à l’innovation” (voir aussi Genome Web et, dans Science, cet article sur un débat similaire en Australie).

Roche & IBM
Forbes tire les leçons de l’annonce faite par Roche de l’abandon de sa collaboration avec IBM sur de nouvelles technologies de séquençage (voir aussi ce billet du blog In The Pipeline, Bio-IT World et Genome Web).

Illumina
L’auteur du blog Omics! Omics! se demandece qui pourrait bien faire tomber Illumina de son perchoir” tandis que MIT Technology Review analyse les projets d’Illumina en matière de diagnostic prénatal et que Genome Web relaie l’annonce d’une hausse de 21% du chiffre d’affaires d’Illumina au premier trimestre 2013.

Life Technologies
Dans un communiqué, Life Tech annonce que sa machine Ion Proton a été choisie par “le Centre écossais d’innovation en médecine stratifiée” (voir aussi Genome Web et, dans un autre billet, cette information sur le dépôt d’une plainte en nom collectif pour empêcher le rachat de Life Tech par Thermo Fisher).

Quiagen
L’auteur du blog Next Generation Technologist relate le développement commercial de  GeneReader, la nouvelle plateforme NGS de Quiagen.

Chiffres d’affaires
Genome Web relaie le communiqué de presse de NeoGenomics annonçant une hausse de son chiffre d’affaires sur le premier trimestre 2013, tandis que celui de Pacific Biosciences a chuté de 44%.

Bioinformatique
  • Genome Web relaie l’annonce d’un partenariat entre Appistry et Life Map Sciences sur l’analyse de données NGS, puis signale une collaboration entre Intel et Oregon Health and Science University sur l’analyse de données moléculaires relatives au cancer et à d’autres maladies complexes.
  • Dans Genomics, une équipe canadienne publie un article sur des logiciels reliant des données de séquences génomiques de cancer et des décisions cliniques.
  • Sur le site GCN, cet article affirme que “les recherches génomiques produisent des données trop volumineuses pour les actuelles technologies de l’information”.
  • Le blog opinionomics publieun guide pour le bioinformaticien solitaire”.

Conférences

Lu dans Nota Bene Cancer
Dans un volumineux dossier, le Journal of Clinical Oncology présente une évaluation systématique des progrès cliniques engendrés par les connaissances en génomique des cancers (lire notamment l’article d’introduction ici)