vendredi 19 avril 2013

Onc-Seq du 19 avril 2013

Life Tech
  • Le rachat de Life Technologies par Thermo Fisher, pour un montant de 13,6 milliards de dollars, fait l’objet de nombreuses analyses : Reuters, Genome Web, Next Gen Seek, Xconomy. Forbes, notamment, s’interroge sur son impact à long terme pour le séquençage de l’ADN. Genome Web relaie l’opinion d’un analyste qui revoit à la baisse les perspectives boursières des deux sociétés.
  • Dans un communiqué, Life Tech annonce un partenariat avec une société allemande, Ridom, pour mettre le logiciel SeqShere+ à disposition des microbiologistes utilisant la technologie Ion Torrent.

Illumina
  • Dans un communiqué, Illumina annonce un partenariat stratégique avec une société chinoise pour “faciliter l’adoption clinique de ses technologies en Asie” (voir aussi Genome Web).
  • L’auteur du blog CoreGenomics invite les utilisateurs de MiSeq (et 2500) à vérifier d’éventuels problèmes de contamination des bibliothèques, tandis que l’auteur du blog Pathogens: Genes and Genomes relate ses expériences avec les bibliothèques Nextera.

Génométhique
Dans Genetics in Medicine, un article (en libre accès) résume les travaux d’un think tank rassemblé par le NCI autour des problèmes posés par la possibilité d’identifier des individus à partir de données “omiques”.
Genome Web relaie une initiative du Sanger Institute qui lance une enquête en ligne pour recueillir les opinions du grand public sur la façon dont les informations génomiques personnelles devraient être utilisées en recherche médicale.

-20%
L’auteur du blog opinonomics avertit ses collègues que les nouvelles règles britanniques en matière de TVA pour les activités de recherche entraînent une baisse automatique de 20% dans les budgets de séquençage.

Brevetabilité
De nombreux médias ont tenté de décrypter l’opinion des juges de la Cour Suprême américaine à partir des questions posées lors de l’audience publique consacrée à l’affaire Myriad Genetics et, plus largement, à la brevetabilité des gènes: The Economist, New York Times (ici et ici), Los Angeles Times, Nature, Science, The Scientist, Pharmalot, GEN, NPR,  Genome Web, ou encore le blog Genomics, Medicine and Pseudoscience (voir aussi ce billet du blog Patent Docs à propos de l’accès à la base de données de Myriad).

NHGRI
Genome Web relaie les projets du National Human Genome Research Institute en matière de financement de Centres d’excellence en recherches génomiques.

Bioinformatique
  • Selon Genome Web, Real Time Genomics et Omicia ont signé un partenariat pour développer une plateforme d’analyse génomique intégrée pour les maladies pédiatriques.
  • Selon Genome Web encore, la société Integromics s’est engagée avec deux partenaires espagnols pour développer de nouvelles méthodes d’analyse de données génomiques.
  • Le site FastCompany publie une interview de Kathy Giusti, à l’origine de la Fondation Multiple Myeloma Research, et de John Quackenbush, le créateur de GenoSpace, “les architectes numériques de la médecine génomique”.

Offres d’emplois
Le blog du New York Genome Center décrit pourquoi les spécialistes de diagnostic moléculaire sont aujourd’hui très recherchés...

BGI
Dans une interview au magazine The Asian Scientist, le directeur du BGI explique pourquoi son institut est à l’image d’un panda Kung Fu...

Conférences

Lu dans Nota Bene Cancer
Menée à partir de 151 échantillons tumoraux prélevés sur des patients pédiatriques atteints d'un gliome de bas grade et à l'aide de xénogreffes, cette étude met en évidence des anomalies génomiques fréquentes, notamment des duplications intragéniques d'une portion du gène FGFR1
Nature Genetics, sous presse, 2013 (résumé)

Menée sur des échantillons de néoplasie précoce, de tissu sain adjacent et de carcinome prélévés sur 6 patientes, cette étude analyse l'évolution du génome durant la progression vers un cancer du sein en dressant, pour chaque patiente, un arbre phylogénétique des mutations somatiques
Genome Research, sous presse, 2013 (résumé)

Menée sur des cellules leucémiques de deux paires de jumeaux atteints d'une leucémie lymphoblastique aiguë, cette étude met en évidence l'enchaînement temporel des mutations somatiques
Proceedings of the National Academy of Sciences, sous presse, 2013 (résumé)

A partir de 276 échantillons tumoraux prélevés sur 174 patients atteints d'un mélanome, cette étude évalue l'intérêt d'une technique de pyroséquençage pour détecter des mutations rares (autres que la mutation V600E) du gène BRAF
British Journal of Cancer, sous presse, 2013 (résumé)