vendredi 22 mars 2013

Onco-Seq du 22 mars 2013

Génométhique
  • Lors de sa conférence annuelle, l’American College of Medical Genetics and Genomics a publié ses “recommandations en matière de découvertes fortuites réalisées à l’occasion du séquençage d’un génome ou d’un exome” (pdf): la publication fait l’objet de nombreuses reprises (Science, Nature, JAMA, LA Times) avec une note dissonante dans ce billet d’un blog de Scientific American.
  • La même semaine, dans G3: Genes, Genomes and Genetics, une équipe allemande a publié les résultats de ses travaux sur la séquence du génome de la lignée cellulaire HeLa sans se soucier aucunement, comme le note l’auteur du blog Next Gen Seek, des descendants d’Henrietta Lacks...
BGI
  • Basée à Cambridge, Mass. et spécialisée dans “la découverte et le développement de traitements du cancer”, la société H3Biomedicine annonce la signature d’un partenariat avec BGI pour “partager des données cruciales de génomique du cancer” (voir aussi Genome Web).
  • La procédure d’acquisition de Complete Genomics par BGI est désormais finalisée (voir aussi Genome Web).
Blueprint Medicines
Xconomy analyse les projets de la société Blueprint Medicines qui, grâce aux outils de séquençage et à un trio de scientifiques prestigieux, Nick Lydon, Brian Druker, and Charles Sawyers, vise à découvrir “le prochain Glivec”.
23andMe
Sur le blog de 23andMe, un billet explique comment, grâce un partenariat avec la Chordoma Foundation, il a été possible de répliquer rapidement une étude d’association dans cette forme rare de cancer de l’os.
Bioinformatique
  • Dans Nature, un article d’actualité décrit la compétition dans laquelle sont engagées des sociétés de bioinformatique pour offrir des services de génomique en ligne aux hôpitaux.
  • Le blog du New York Genome Center publie un billet sur le métier de bioinformaticien et l’auteur du blog opiniomics le trouve “un peu trop beau pour être vrai”.
  • Dans un autre billet, le blog du NYGC décrit des nouveaux outils mis en oeuvre par une équipe du Broad Institute pour analyser les séquences d’exome entier de 149  patients atteints d’une leucémie lymphocytaire chronique.
Illumina
Dans un premier communiqué, Illumina révèle un jugement en sa défaveur dans une procédure de propriété intellectuelle l’opposant à Syntrix Biosystems (voir aussi Genome Web et Fierce Biotech) et, dans un deuxième communiqué, révèle un jugement en sa faveur dans une procédure l’opposant à Life Technologies (voir aussi Genome Web).
Brevets
“Les brevets de gènes s’opposent-ils à la médecine personnalisée?”, s’interroge PBS.
CDC
Vidéos
  • Le site Popular Science met en ligne une superbe animation sur l’ADN.
  • Le site TEDMED met en ligne une vidéo conférence rassemblant des leaders d’opinion sur l’avenir de la médecine personnalisée.
Conférences
Lu dans Nota Bene Cancer
A partir de données de séquençage obtenues sur des tumeurs du pancréas, cette étude évalue les performances d'un algorithme visant à attribuer l'origine des réarrangements d'une région chromosomique à des cycles de cassure-fusion-pont
Proceedings of the National Academy of Sciences, sous presse, 2013 (résumé)
Cet article décrit des critères conceptuels à mettre en oeuvre pour attribuer l'origine de réarrangements chromosomiques à un phénomène de chromothripsis
Cell, Vol. 152 (6), pp. 1226-1236, 2013 (résumé)
Cet article présente une méthode pour cartographier, à l'échelle d'un nucléotide, les cassures de l'ADN double brin à l'aide des techniques de séquençage de nouvelle génération
Nature Methods, sous presse, 2013 (résumé)
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