Onco-Seq du 15 mars 2013

ADN tumoral circulant

Dans Nature, un article rebondit sur une étude qui, dans le New England Journal of Medicine, a démontré la faisabilité d’analyser l’ADN tumoral circulant pour suivre la réponse thérapeutique chez des patientes atteintes d’un cancer métastatique du sein (voir aussi l’édito du NEJM, Genome Web et cet article de NHS Choices).

OncoPlex

En partenariat avec l’Alliance Seattle Cancer Care, l’université de Washington lance en direction des cliniciens UW-OncoPlex, “un test qui, à base de technologies NGS, analyse 194 gènes pour l’identification de mutations ‘conductrices’ ou d’anomalies génétiques”.

Techniques

• Dans un long billet, le blog de Golden Helix décrit le parcours d’un analyste qui, à l’aide des outils de la plateforme SNP & Variation Suite 7, “filtre les données d’un génome entier pour identifier quatre variants candidats”.
• L’auteur du blog Opinionomics détaille ses démarches pour installer l’algorithme Digital Normalisation dans le “cloud”
• Sur Genome Unzipped, ce billet explique comment “mieux interpréter des données 23andMe à l’aide du programme d’imputation IMPUTE2” (voir aussi Genome Web).

Génométhique

• Sur le blog Genome Unzipped, un billet invite ses lecteurs à participer au débat “génométhique” posé par les découvertes fortuites réalisées lors d’une analyse génomique (voir aussi OncologySTAT).
• Dans The Guardian, la co-fondatrice de 23andMe affirme que “nous avons tous à gagner de la génétique personnelle” (voir aussi cet article d’un spécialiste de bioéthique sur CNN et ce billet du blog The Crux).
• L’auteur du blog DNA Exchange livre quelques réflexions sur “le diagnostic prénatal à l’ère du NGS” (voir aussi cet article dans Genetics in Medicine, cet article dans Technology Review signalant l’entrée d’Illumina dans “la course au test sanguin pour la détection précoce de l’autisme”).

Nabsys

Dans un communiqué, Nabsys annonce une levée de fonds de 20 millions de dollars pour lancer sa plateforme d’analyse génomique à base de semiconducteurs.

Destruction créatrice

Le blog du New York Genome Center publie un entretien avec Eric Topol sur les pouvoirs de destruction créatrice attribués à la génomique (voir aussi, dans le JAMA, cet article invitant à “combler le fossé -omique” et, dans Nature Medicine, cet article sur les subtiles différences entre médecine personnalisée et médecine de précision).

Brèves

• Dans Cell, Tom Misteli, du National Cancer Institute, livre un essai dont la conclusion affirme que, “comme c’est la règle en biologie, le tout est souvent plus grand que la somme de ses parties, et nous réalisons que le génome est plus complexe que la séquence de son ADN”.
• Sur un blog de National Geographic, ce billet déroule “l’histoire du génome de Lilly Grossman”, une petite fille atteinte d’une maladie rare.
• Dans BioTechniques, un article de vulgarisation décrit la course au “génome à 1000 $ pour de vrai”.
• Wired s’émerveille des propriétés ignifuges de l’ADN...
• Genome Web rebondit sur les résultats d’une équipe qui, dans Nature, a séquencé le génome de différentes espèce de ténias et suggère l’intérêt de médicaments anticancéreux pour lutter contre ce type d ‘infections.

Conférences

• Future of Genomic Medicine, San Diego-Californie, 7-8 mars : le blog du New York Genome Center résume les interventions de George Weinstock, Randy Scott, Elaine Mardis, Susan Hellmann, Elias Zerhouni... et publie un entretien avec Eric Schadt sur une étude en cours au Mount Sinaï Hospital.
• Miami Breast Conference, 7-10 mars : Oncology Business Review rapporte notamment une citation de George Sledge, ancien président de l’ASCO : “nous avons le NGS, il nous faut maintenant le NGCT (next génération clinical trial).”
• 2013 Society of Gynecologic Oncology (SGO) Annual Meeting on Women's Cancer, Los Angeles, 9-12 mars : Integrating Next Generation Sequencing Into the Clinical Management of Gynecologic Cancer, un symposium organisé par Caris Life Sciences

Lu dans Nota Bene Cancer

A partir d'échantillons sanguins prélevés sur 37 patients atteints d'un cancer colorectal de stade IV, cette étude évalue la faisabilité d'analyser le génome de cellules tumorales circulantes à l'aide d'une puce d'hybridation génomique comparative ou d'une technique de séquençage de prochaine génératio

Complex tumor genomes inferred from single circulating tumor cells by array-CGH and next-generation sequencing

Cancer Research, sous presse, 2013 (résumé)

Menée sur des échantillons sanguins prélevés sur des patientes atteintes d'un cancer du sein (254 de stade précoce, 51 de stade métastatique) et 30 témoins, cette étude compare les performances de trois méthodes pour la détection et la caractérisation moléculaire des cellules tumorales circulantes

Comparison of three molecular assays for the detection and molecular characterization of circulating tumor cells in breast cancer

Breast Cancer Research, Vol. 15 (2), pp. R20, 2013 (article en libre accès)