vendredi 8 février 2013

Onco-Seq du 8 février 2013

Royaume-Uni
En décembre dernier, lors de la présentation de la stratégie britannique en sciences de la vie, David Cameron avait annoncé l’allocation de “100 millions de livres sterling pour séquencer le génome entier de 100 000 patients, avec une qualité adéquate pour le diagnostic, sur les 3 à 5 prochaines années”: le blog Genomes Unzipped explique pourquoice serait une erreur d’implémenter le séquençage de génomes entiers au NHS dès maintenant.”

Knome
Le New York Times consacre un article à la machine commercialisée par Knome, “la société d’interprétation du génome humain.”

Confusion
L’auteur du DNA Science Blog explique à l’une des ses amies, dont le fils s’est inscrit “pour s’amuser” aux services de 23andMe, les conséquences à tirer, pour elle-même, des résultats qu’il vient de recevoir.

Anonymat
Dans Nature, un membre du Personal Genome Project plaide pour “une approche nuancée” du débat sur le respect de la vie privée en matière de données génomiques (voir OncoSeq du 18 janvier et cet article de Technology Review).

Chiffres d’affaires
C’est la saison de présentation des bilans financiers (Genome Web) avec, en particulier :

Matière noire
Dans un communiqué, le Broad Institute décrypte une publication récente qui “représente une première exploration des mutations survenant dans la matière noire de l’ADN”.

Webinars
  • The Scientist organise une série de webinars “Decoding DNA: New Twists and Turns” à partir du mois de mars 2013.
  • Sur la chaîne GenomeTV de YouTube, une vidéo destinée à la formation des infirmières en génomique.

Conférences
  • Sur son site, Forbes donne accès aux vidéos d’une session dédiée aux ruptures technologiques liées à l’ADN pendant le Healthcare Summit en décembre dernier (voir aussi ce billet du blog Next Generation Technologist sur le NGS et la médecine personnalisée)
  • Médecine génomique de précision: pour bientôt?” : le New York Genome Center organise une rencontre sur ce sujet le 13 février (voir aussi ce billet reflétant la vision de la responsable de la FDA en matière de médecine personnalisée et, sur MedCityNews, un article sur “les quatre obstacles à franchir avant le début de la révolution de la médecine personnalisée”).
  • International Conference on Genomics in Europe, Gand, Belgique, 25-28 juin 2013.

Lu dans Nota Bene Cancer
Menée sur des données d'expression génique issues du projet "The Cancer Genome Atlas", cette étude met en œuvre une méthode d'analyse de liaison génétique dite eQTL pour identifier des gènes candidats dans 6 loci de susceptibilité au cancer du sein
Cell, Vol. 152 (3), pp. 633-641, 2013 (résumé)
Cell, Vol. 152 (3), pp. 387-389, 2013 (commentaire)

Cet article passe en revue les travaux récents sur les avantages et les limites des techniques de séquençage à haut débit pour identifier des gènes de fusion associés au cancer
Cancer Letters, sous presse, 2013 (résumé)

Cet article passe en revue les divers outils permettant de visualiser les données de génomique des cancers produites par les projets "International Cancer Genome Consortium" et "The Cancer Genome Atlas"
Genome Medicine, Vol. 5 (1), pp. 9, 2013 (résumé)

Menée sur des cellules de mélanome, cette étude évalue la faisabilité d'une méthode à base de réseaux de micro-cantilevers pour identifier une mutation du gène BRAF
Nature Nanotechnology, sous presse, 2013 (résumé)

Menée sur des échantillons, fixés au formol et inclus en paraffine, prélevés sur 81 patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules, cette étude compare les performances de deux techniques, le séquençage de prochaine génération et la PCR temps réel, pour détecter des mutations dans les gènes EGFR, KRAS et BRAF
Genes, Chromosomes and Cancer, sous presse, 2013 (résumé)

Cet article passe en revue les travaux récents sur l'assemblage des données génomiques produites par les nouveaux outils de séquençage
Nature Reviews Genetics, sous presse, 2013 (résumé)