vendredi 1 février 2013

Onco-Seq du 1er février 2013

Bio-informatique
  • CenterWatch se fait l’écho de l’annonce d’un partenariat entre Curie-Cancer et GenoSplice Technology qui “fournit des services de haut niveau en bio-informatique pour des projets en génomique”.
  • Genome Web annonce la création de Coriell Life Sciences, une société fondée par IBM et le Corriel Institute for Medical Research pour “stocker des données de séquençage du génome entier.”
  • En avant-première de la conférence Bio-IT World Expo, à Boston du 9 au 11 avril, Bio-IT World annonce une session consacrée à la gestion des Big Data du point de vue des grands centres de génomique.

Médecine personnalisée
  • Bio-IT World a longuement interrogé le PDG de Selventa à l’occasion du lancement d’une “nouvelle génération du diagnostic moléculaire”, puis s’est entretenu avec Ashley Van Zeeland, le PDG de Cypher Genomics, une start-up dédiée à “l’interprétation du génome entier”.
  • Caris Life Sciences annonce que le NGS remplace ses techniques antérieures d’analyse des mutations pour les patients atteints de cancer.
  • Xconomy a enquêté sur le développement des tests compagnons pour le traitement des cancers.
  • Genome Web se fait l’écho du développement d’une appli pour smartphones permettant de “stocker en toute sécurité des données génomiques pour des applications de médecine personnalisée”.

Nouveaux instituts
Genome Web annonce la création, par le Weill Cornell Medical College et le New York-Presbyterian Hospital, d’un nouvel institut de génomique clinique à New York tandis que Cancer Research UK révèle l’ouverture, à Londres, d’un laboratoire de profilage de tumeurs doté de 3 millions de livres sterling (voir aussi le Telegraph).

Illumina
Les résultats financiers d’Illumina et ses projets de développement sur le séquençage à base de nanopores sont analysés par Genome Web (ici et ici) et Next Gen Seek tandis que le blog The Next Generation Technologist s’intéresse à la technologie développée par la start-up Moleculo, récemment rachetée par Illumina.

Roche
Tandis que Roche lance la commercialisation de ses nouveaux kits SeqCap EZ Reagent, Genome Web analyse ses projets d’investissement en NGS.

PacBio
Next Gen Seek analyse la mise à jour du logiciel de Pacific Biosciences  qui “promet un meilleur assemblage de novo de l’ADN”.

23andMe
Sur son blog, la société dévoile la montée en puissance de son étude sur l’Avastin en collaboration avec Genentech (voir aussi Genome Web).

Artefacts
Genome Web se fait l’écho d’un travail du Broad Institute sur la découverte d’artefacts, liés à une oxydation pendant la préparation de l’ADN, dans les séquences de génomes tumoraux.

Diagnostic prénatal
Technology Review décryptele meilleur des mondes annoncé par le séquençage prénatal de l’ADN

Conférences

Webinar
Le 12 février, Genetic Alliance tiendra un webinar sur le respect de la vie privée dans le séquençage du génome entier.

Lu dans Nota Bene Cancer

Menées sur des lignées cellulaires et des échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un mélanome, ces deux études identifient la présence fréquente de mutations dans la séquence promotrice du gène TERT
Science, sous presse, 2013 (résumé)
Science, sous presse, 2013 (résumé)

Menée sur des lymphocytes irradiés, cette étude identifie un ensemble de 18 gènes dont la mesure de l'expression pourrait servir pour la détection de mutations dans les gènes de susceptibilité au cancer du sein, BRCA1 et BRCA2
Cancer Prevention Research, sous presse, 2013 (résumé)

Cet article présente les recommandations du groupe de travail IMPAKT relatives à l'intérêt clinique de six tests génomiques développés pour prédire la réponse thérapeutique chez les patientes atteintes d'un cancer du sein
Annals of Oncology, sous presse, 2013 (résumé)

Menée sur 416 lignées cellulaires, cette étude évalue les performances d'un nouvel algorithme pour identifier un ensemble d'anomalies génétiques susceptibles de prédire la réponse à un agent anticancéreux
Cancer Research, sous presse, 2013 (résumé)

Cette étude présente une méthode combinant une technique de séquençage à base de semiconducteurs et une PCR multiplexe pour détecter des mutations de gènes lorsque les échantillons tumoraux fixés au formol et inclus en paraffine ne sont disponibles qu'en faible quantité
The Journal of molecular diagnostics : JMD, sous presse, 2013 (résumé)