vendredi 18 janvier 2013

Onco-Seq du 18 janvier 2013

Vous avez dit anonymat?
Dans Science, une équipe du Whitehead Institute décrit comment, “en récupérant les informations relatives au chromosome Y de séquences d’ADN anonymisées de participants masculins à un projet public de séquençage, il est possible de déterminer avec précision l’identité de nombreux individus” (voir les deux articles de commentaire dans Science, ici et ici). L’étude fait l’objet de multiples reprises : Nature (ici,  ici et ici), The Scientist, Genome Web, New York Times, Wired, New Scientist, NPR, Bio-World...
Parallèlement, BBC News se demande si “l’analyse de grandes bases de données d’ADN ouvre une nouvelle ère médicale” (voir aussi cet article du Guardian), tandis qu’un blog de NPR explique pourquoi, aux Etats-Unis, “les assureurs ont légalement le droit de pratiquer une discrimination sur une base génétique” et que, dans Wired, une spécialiste plaide pour une certaine dose de paternalisme en matière de tests génétiques (voir aussi ce billet de Core Genomics sur le “tourisme génomique” : “voir le Taj Mahal et faire séquencer son exome”).
Illumina
“Le marché du séquençage sera énorme. De nombreux, nombreux, très nombreux milliards de dollars si l’on se projette à 5-8 ans”, déclare notamment Jay Flatley, le PDG d’Illumina, au cours d’une longue interview avec Xconomy (voir aussi ce billet de Next Gen Seek sur la société Moleculo, la dernière acquisition d’Illumina).
Génomique translationnelle
Dans un long billet des blogs du BMJ, la responsable des éditos du groupe rend compte d’une journée de formation à “la génomique translationnelle” tandis que, sur Medscape, Scott Bowen, directeur adjoint de l’Office of Public Health Genomics (Centers for Disease Control and Prevention - CDC) décrit “une approche par étapes pour intégrer la génomique en clinique” (voir aussi ce prochain webinar organisé le 6 février par les CDC sur “Cancer et génomique” dans le cadre du projet Healthy People 2020).
Royaume-Uni
L’auteur du blog Seqonomics explique pourquoi, en Europe, le Royaume-Uni a pris de l’avance en matière de génomique.
Lancement
Bio-IT World relaie le lancement de Silicon Valley  Biosystems (SV Bio), une société dédiée au “diagnostic génomique in silico” (voir aussi Genome Web).
Lu dans Nota Bene Cancer
Menée sur des échantillons tumoraux prélevés, lors du diagnostic et à l'observation d'une récidive, sur des patients atteints d'un lymphome folliculaire, cette étude identifie des anomalies génomiques apparues de façon précoce et tardive au cours du processus de lymphomagenèse
Blood, sous presse, 2013 (résumé)
A partir de frottis cervicaux de 24 patientes atteintes d'un cancer de l'endomètre et de 22 patientes atteintes d'un cancer de l'ovaire, cette étude évalue la faisabilité d'une méthode basée sur la recherche de mutations dans un panel de gènes pour contribuer, dans le cadre d'un examen de dépistage du cancer du col de l'utérus, à la détection précoce des cancers de l'endomètre et de l'ovaire   
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