mardi 7 mars 2017

Onco-Seq du 7 mars 2017

Bioinformatique & Big Data
  • Genome Web passe en revue les divers projets (Genomics Data Commons du NCI, GENIE de l'AACR, etc.) impliquant le partage de données dans le domaine de l'oncologie de précision (voir aussi, dans Nature, cet article d'opinion incitant les chercheurs à faire un plus grand usage des bases de données de séquences en accès public ou encore, sur Mendelspod, cet entretien avec un professeur de chimie - Ohio State University : "de nombreux biologistes n'ont pas suffisamment de connaissances en informatique pour utiliser les bases de données").
  • Parallèlement, le Sanger Institute du Wellcome Trust a dévoilé la signature d'un partenariat avec The Institute for Systems Biology (USA) pour mettre à sa disposition sa base de données COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) et, sur son site, le MacArthur Lab a annoncé la publication de la base gnomAD (genome aggregation database).
  • En oncologie, l'intérêt du système d'intelligence artificielle Watson d'IBM connaît un coup d'arrêt avec son abandon par le centre de lutte contre le cancer MD Anderson, rapportent Forbes et Houston Chronicle (pour un regard critique sur la communication autour de Watson, voir aussi le blog In the Pipeline ou HealthNewsReview).
  • Nature consacre un article d'actualité à ces outils de bioinformatique qui "mettent l'analyse génétique à la portée des masses", notamment EDGE (Empowering the Development of Genomics Expertise).
  • China Daily s'intéresse aux sociétés chinoises de biotechnologie qui "utilisent le Big Data comme arme dans la guerre contre le cancer".

Questions techniques
  • L'auteur du blog Enseqlopedia publie un premier billet à propos d'une technique de multiplexage pour réaliser du séquençage de l'ARN à l'échelle d'une seule cellule, puis explique "comment trouver un fournisseur sur Genohub... avec une garantie de qualité".
  • Genome Web décrypte un article qui, publié par une équipe française dans Molecular Diagnostics & Therapy, fournit les résultats de la comparaison de divers tests pour déterminer le statut du gène BRAF chez des patients atteints d'un mélanome (voir aussi cette analyse d'une étude publiée dans The Journal of Molecular Diagnostics sur la validation d'un test NGS pour l'essai NCI-MATCH).
  • L'auteur du blog Omics! Omics! livre une analyse des récentes annonces faites par Oxford Nanopore.
  • Le blog de Golden Helix annonce le lancement d'un nouveau livre électronique: NGS-Based Clinical Testing.

Annonces
  • Genome Web relaie l'annonce d'une levée de fonds, à hauteur de 8 millions £, par la société d'analyse génomique britannique Congenica, et s'intéresse à l'acquisition de la société espagnole BioSequence par OncoDNA.
  • Dans un communiqué, la société Cynvenio dévoile un partenariat avec Color pour développer "un test de génétique somatique et constitutionnelle à partir d'une simple prise de sang" dans le cancer du sein (voir aussi Genome Web).
  • Genome Web détaille les annonces faites par Genomic Health lors de la dernière présentation de ses résultats financiers.

Miscellanées
  • "Il existe un fossé entre l'identification d'anomalies potentiellement 'actionnables' et l'administration de thérapies ciblées aux patients", affirme, en conclusion d'un long article de Genome Web, l'auteur d'un rapport d'évaluation des données publiées par 4 centres américains de lutte contre le cancer .
  • Selon l'état d'avancement du projet 100 000 Genomes publié par Genomics England, plus de 26 000 génomes entiers ont déjà été séquencés.
  • Sur STAT, la fondatrice de la Multiple Myeloma Research Foundation explique, à partir de son cas personnel, pourquoi elle incite tous les patients à faire séquencer le génome de leur cancer.
  • L'Office américain des brevets a rendu en appel une décision très attendue à propos de la technologie CRISPR: pour une analyse juridique du raisonnement, lire ce billet du blog Patent Docs (lire aussi NY Times, Forbes, STAT, MIT Technology Review, Genome Web).
  • Né en Ethiopie, arrivé aux Etats-Unis à l'âge de 16 ans, le patron d'Illumina a accordé une longue interview au San Diego Tribune sur son histoire personnelle et sa vision de l'avenir pour le géant du séquençage.
  • STAT publie une longue enquête sur les pratiques du milliardaire Patrick Soon-Chiong qui aurait utilisé un don de 12 millions $ à l'université de l'Utah pour faire la promotion d'un test GPS Cancer commercialisé par l'une de ses entreprises, NantHealth.

Conférences
L'édition 2017 de la conférence Advances in Genome Biology and Technology a fait l'objet d'une activité importante sur les réseaux sociaux:

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir de données génomiques issues de l'analyse de 5 954 tumeurs, cette étude identifie 412 interactions génétiques entre des polymorphismes constitutionnels et des événements somatiques majeurs
Interaction Landscape of Inherited Polymorphisms with Somatic Events in Cancer
Cancer Discovery, sous presse, 2017 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 18 004 patients adultes atteints d'une tumeur solide, cette étude identifie notamment un ensemble d'anomalies génomiques rares associées à diverses localisations cancéreuses
High-throughput genomic profiling of adult solid tumors reveals novel insights into cancer pathogenesis
Cancer Research, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Cet article passe en revue les travaux récents sur l'identification de mutations somatiques dans les tumeurs de carcinome urothélial
The evolving genomic landscape of urothelial carcinoma
Nature Reviews Urology, sous presse, 2017 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 102 patients atteints d'une tumeur neuroendocrine du pancréas, cette étude identifie un ensemble de mutations constitutionnelles et somatiques
Whole-genome landscape of pancreatic neuroendocrine tumours
Nature, sous presse, 2017 (résumé)

A partir de 69 échantillons tumoraux prélevés sur 11 patients atteints d'un carcinome hépatocellulaire, cette étude met en évidence une importante hétérogénéité génomique et épigénomique à l'intérieur de chaque tumeur
Genomic and epigenomic heterogeneity of hepatocellular carcinoma
Cancer Research, sous presse, 2017 (résumé)

Cet article présente une méthode permettant de réaliser, à partir d'échantillons tumoraux inclus en paraffine après fixation au formol, une analyse du nombre de copies de gènes à l'échelle d'une cellule unique

Menée à partir de données portant sur 25 patients atteints d'un adénocarcinome résécable du pancréas associé à une mutation du gène BRCA1 ou BRCA2 et de stade I/II (âge moyen : 55,7 ans) et à partir de données portant sur 49 patients atteints de la forme sporadique de la maladie, cette étude évalue l'effet de mutations du gène BRCA1 ou BRCA2 sur la survie sans progression et la survie globale

Cet article décrit la nécessité de mener, dans le cadre de la médecine personnalisée en cancérologie, des essais cliniques randomisés incluant 2 bras de randomisation, notamment dans le processus de développement et d'évaluation de nouvelles thérapies ciblées en association avec des biomarqueurs
Precision medicine needs randomized clinical trials
Nature Reviews Clinical Oncology, sous presse, 2017 (résumé)

Ce numéro spécial de la revue Cell présente un ensemble d'articles soulignant les récentes avancées majeures en matière de recherches sur les cancers
Cancer : The Road Ahead
Cell, Vol. 168 (4) , pp. 545-546, 2017 (éditorial en libre accès)

Ce dossier présente un ensemble d'articles mettant en évidence le rôle de la génomique dans la prise en charge de différents types de cancers hématologiques (néoplasies myéloprolifératives, myélome multiple, lymphome non hodgkinien à tricholeucocytes, leucémies, ...)
Introduction to Genomics in Hematologic Malignancy
Journal of Clinical Oncology, sous presse, 2017 (résumé)


Cet article passe en revue les outils et les méthodes permettant de dresser un arbre phylogénétique de l'évolution d'une tumeur
The evolution of tumour phylogenetics: principles and practice
Nature Reviews Genetics, sous presse, 2017 (résumé)


A partir de données issues des projets "1000 Genomes" et "The Cancer Genome Atlas", cette étude met en évidence la présence d'erreurs dans l'identification de variants rares
DNA damage is a pervasive cause of sequencing errors, directly confounding variant identification
Science, Vol. 355 (6326) , pp. 752, 2017 (résumé) (voir aussi ce billet sur le site d'un laboratoire du Sanger Institute et Genome Web)

Lu ailleurs

Genomic analysis of 63,220 tumors reveals insights into tumor uniqueness and targeted cancer immunotherapy strategies
Genome Medicine, 9:16, 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

The Exome Clinic and the role of medical genetics expertise in the interpretation of exome sequencing results
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Using cancer genomics to guide clinical decisions
Cancer, sous presse, 2017 (résumé)

Roadmap to a Comprehensive Clinical Data Warehouse for Precision Medicine Applications in Oncology
Cancer Informatics, sous presse, 2017 (article en libre accès)

2.7 million samples genotyped for HLA by next generation sequencing: lessons learned
BMC Genomics, 18:161, 2017 (article en libre accès)

Defining the diverse spectrum of inversions, complex structural variation, and chromothripsis in the morbid human genome
Genome Biology, 18:36, 2017 (article en libre accès)

Longitudinal analysis of treatment-induced genomic alterations in gliomas
Genome Medicine, 9:12, 2017 (article en libre accès) (voir cet article sur le site du Yale Cancer Center)

Validation of an NGS mutation detection panel for melanoma
BMC Cancer, 17:150, 2017 (article en libre accès)

Seq-Well: portable, low-cost RNA sequencing of single cells at high throughput
Nature Methods, sous presse, 2017 (résumé)

Detecting DNA cytosine methylation using nanopore sequencing
Nature Methods, sous presse, 2017 (résumé)

Mapping DNA methylation with high-throughput nanopore sequencing
Nature Methods, sous presse, 2017 (résumé)

PEMapper and PECaller provide a simplified approach to whole-genome sequencing
PNAS, sous presse, 2017 (résumé)

ddClone: joint statistical inference of clonal populations from single cell and bulk tumour sequencing data
Genome Biology, 18:44, 2017 (article en libre accès)

BBCAnalyzer: a visual approach to facilitate variant calling
BMC Bioinformatics, 18:133, 2017 (article en libre accès)

MapReduce for accurate error correction of next-generation sequencing data
Bioinformatics, sous presse, 2017 (résumé)

Strategies for processing and quality control of Illumina genotyping arrays
Briefings in Bioinformatics, sous presse, 2017 (résumé)

Statistical method to compare massive parallel sequencing pipelines
BMC Bioinformatics, 18:139, 2017 (article en libre accès)

CPSS 2.0: a computational platform update for the analysis of small RNA sequencing data
Bioinformatics, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Genome-wide chemical mutagenesis screens allow unbiased saturation of the cancer genome and identification of drug resistance mutations
Genome Research, sous presse, 2017 (article en libre accès)

jeudi 9 février 2017

Onco-Seq du 9 février 2017

Bioinformatique & Big Data
  • "Si les chercheurs ont travaillé dur pour que les nouvelles lois européennes sur l'encadrement des données personnelles ne portent pas préjudice à la science, un dernier effort est encore nécessaire", affirme dans Nature le directeur général d'un réseau de biobanques en Europe.
  • Genome Web relaie l'annonce d'un partenariat entre une société de génomique personnelle, Lifenome, et une société spécialisée dans le cryptage homomorphe, Infoshield (à propos de ce type de cryptage, voir cet article dans le Journal du CNRS), puis s'intéresse aux applications développées par la société Genialis pour la visualisation de données génomiques (voir aussi cet article sur la nouvelle version du navigateur Genome Brower in the Cloud mise en ligne par une équipe de UC Santa Cruz).
  • L'auteur du blog enlightenbio, qui a assisté à la conférence PMWC 2017 (Precision Medicine World Conference) dans la Silicon Valley, livre un long résumé des présentations sur le partage de données et le respect de la vie privée.
  • Genome Web décrit en détails la collaboration entre la Global Alliance for Genomics and Health et l'initiative ELIXIR (European Life-Sciences Infrastructure for Biological Information) pour faciliter le partage de données génomiques.
  • Sur le site BioScienceTechnology, un responsable de Hewlett Packard Entreprise présente les résultats d'un exercice comparant plusieurs systèmes de calcul à haute performance dans un workflow de données NGS.
  • L'auteur du blog Getting Genetics Done a assisté à la première conférence réunissant les utilisateurs de R et RStudio.

Questions techniques
  • "Votre labo doit-il s'équiper d'un système NovaSeq ?": l'auteur du blog Enseqlopedia fournit les éléments de réponse en deux billets (ici et ici)
  • L'auteur du blog Omics! Omics! a eu une longue conversation avec deux responsables de 10X Genomics, admet qu'il n'arrive pas à se débarrasser d'une vieille habitude - programmer en Perl-, analyse les problèmes de variabilité liés au système MinION et, enfin, se demande pourquoi Illumina abandonne si rapidement la commercialisation de son instrument NeoPrep.
  • Le blog de GenoHub signale l'existence d'un logiciel en libre accès pour mesurer avec précision le taux d'erreurs lors d'un séquençage réalisé avec un système Illumina.
  • Le blog de Golden Helix fournit un tutoriel pour utiliser en clinique son logiciel VSReports et met en ligne un eBook sur la réalisation d'études GWAS.

Annonces
  • L'auteur du blog Omics! Omics s'intéresse à l'acquisition, par Bio-Rad, de la société de microfluidique RainDance (voir aussi Genome Web).
  • Dans un communiqué, OncoDNA annonce le lancement, grâce au soutien de la Région wallone, de deux projets, ARCHE et MONCODANEUM, pour un montant total de 16 millions € (voir aussi Genome Web).
  • "Le New York Genome Center a reçu une autorisation conditionnelle de l'Etat de New York pour son offre de tests à base de séquençage du génome entier", rapporte Bio-IT World.
  • Selon Genome Web, Pacific Biosciences a dévoilé une augmentation de son carnet de commandes pour ses systèmes Sequel (voir aussi Bio-IT World et ce billet du blog de PacBio).
  • Fondée par des chercheurs de Harvard, BiomaRx Therapeutics travaille sur le développement d'un test de biopsie liquide pour la détection précoce d'un cancer du pancréas, rapporte Genome Web.
  • Selon Genome Web, la société Helix devrait lancer au cours de l'été prochain un ensemble d'applis sur smartphone pour que "les consommateurs tirent profit de l'interprétation de leurs informations génomiques", tandis que The Atlantic voit dans ces tests une nouvelle forme d'horoscope...
  • Cancer Genetics se lance sur le marché des tests de susceptibilité aux cancers de l'ovaire et du sein, "un marché estimé à 2,5 milliards $".
  • Dans un communiqué, la société Genospace annonce son rachat par le Sarah Cannon Cancer Institute.

Miscellanées
  • "Il n'y a actuellement pas de preuves suffisantes pour attribuer un effet bénéfique ou nuisible à une stratégie, basée sur des biomarqueurs, visant à prescrire ou non une chimiothérapie adjuvante à des patientes atteintes d'un cancer du sein de stade précoce", selon un rapport d'un organisme allemand (IQWiG) dont les conclusions sont analysées par Genome Web.
  • Dans un communiqué, les National Institutes of Health dévoilent un financement, à hauteur de 31,5 millions $, pour enrichir les données du projet ENCODE.
  • Genome Web a assisté à une présentation des premiers résultats du projet MedSeq sur les coûts et l'intérêt clinique des techniques de séquençage du génome entier.
  • Mendelspod a interviewé Evan Eichler, professeur de génomique (University of Washington), sur les perspectives offertes par les technologies de séquençage à base de longs fragments d'ADN (audio - 28 mn) et Mark Akeson (UC Santa Cruz), spécialiste de séquençage à base de nanopores, "un truc qui ne marchera jamais", lui avait-on dit et répété il y a 20 ans (audio - 24 mn).
  • PHG Foundation se demande si 2017 sera l'année où la médecine génomique aura acquis un tel degré de normalité qu'elle disparaîtra des radars médiatiques...
  • L'auteur du blog Getting Genetics Done partage sa liste des comptes Twitter et des blogs qui lui permettent de se tenir informé des derniers développements en bioinformatique et génomique.

Formations

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 1 215 patients pédiatriques atteints d'un cancer (tumeurs solides et hématologiques), cette étude identifie notamment de nouvelles fusions de gènes associées à un neuroblastome, un astrocytome et un rhabdomyosarcome
Genomic Profiling of a Large Set of Diverse Pediatric Cancers Identifies Known and Novel Mutations across Tumor Spectra
Cancer Research, sous presse, 2017 (article en libre accès)

A partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas", cette étude identifie la présence fréquente de mutations somatiques dans des régions non codantes de l'ADN situées à proximité de gènes associés à des lignées cellulaires spécifiques d'un organe
Insertions and Deletions Target Lineage-Defining Genes in Human Cancers
Cell, sous presse, 2017 (résumé)

Menée sur des lignées cellulaires et à l'aide de xénogreffes, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels le gain d'un seul chromosome dans les cellules cancéreuses joue un rôle de suppresseur de tumeurs
Single-chromosome Gains Commonly Function as Tumor Suppressors
Cancer Cell, sous presse, 2017 (résumé)

Menée à l'aide d'une technique de séquençage à haut débit sur 240 cas de leucémie lymphoblastique aiguë pédiatrique, cette étude identifie un ensemble de gènes fréquemment mutés et, pour 28 patients, met en évidence l'évolution des mutations entre le diagnostic et la récidive
Mutational Landscape of Pediatric Acute Lymphoblastic Leukemia
Cancer Research, sous presse, 2017 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 156 patients atteints d'un lymphome T périphérique, puis menée in vivo, cette étude identifie la présence fréquente de mutations activatrices et de fusions du gène du facteur d'échange de nucléotides guanyliques VAV1
Activating mutations and translocations in the guanine exchange factor VAV1 in peripheral T-cell lymphomas
Proceedings of the National Academy of Sciences, sous presse, 2017 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 477 patients atteints d'une tumeur localisée non indolente de la prostate, cette étude identifie notamment un ensemble d'anomalies moléculaires associées au risque de récidive de la maladie
Genomic hallmarks of localized, non-indolent prostate cancer
Nature, sous presse, 2017 (résumé)

Lu ailleurs
Evolving health care through personal genomics
Nature Reviews Genetics, sous presse, 2017 (résumé)

Genome sequencing and carrier testing: decisions on categorization and whether to disclose results of carrier testing
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Recontacting participants for expanded uses of existing samples and data: a case study
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Revealing the causative variant in Mendelian patient genomes without revealing patient genomes
BioRxiv, 27 janvier 2017 (article en libre accès)

A taxonomy of medical uncertainties in clinical genome sequencing
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

CIViC is a community knowledgebase for expert crowdsourcing the clinical interpretation of variants in cancer
Nature Genetics, sous presse, 2017 (article en libre accès) (voir cet article sur le site de Washington University in St. Louis)

Analytical Validation of the Next-Generation Sequencing Assay for a Nationwide Signal-Finding Clinical Trial
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2017 (résumé)

Development of a gene panel for next-generation sequencing of clinically relevant mutations in cell-free DNA from cancer patients
British Journal of Cancer, sous presse, 2017 (résumé)

Clinical targeted exome-based sequencing in combination with genome-wide copy number profiling: precision medicine analysis of 203 pediatric brain tumors
Neuro-Oncology, sous presse, 2017 (résumé) (voir Genome Web)

Assigning clinical meaning to somatic and germ-line whole-exome sequencing data in a prospective cancer precision medicine study
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Human disease genomics: from variants to biology
Genome Biology, 18:20, 2017 (article en libre accès)

A variant by any name: quantifying annotation discordance across tools and clinical databases
Genome Medicine, 9:7, 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Utilizing somatic mutation data from numerous studies for cancer research: proof of concept and applications
Oncogene, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Precision oncology for acute myeloid leukemia using a knowledge bank approach
Nature Genetics, sous presse, 2017 (résumé)

Tissue-based next generation sequencing: application in a universal healthcare system
British Journal of Cancer, sous presse, 2017 (article en libre accès)

An RNA-based signature enables high specificity detection of circulating tumor cells in hepatocellular carcinoma
PNAS, sous presse, 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Controlling new knowledge: Genomic science, governance and the politics of bioinformatics
Social Studies of Science, sous presse, 2017 (résumé)

Expanding Access to Large-Scale Genomic Data While Promoting Privacy: A Game Theoretic Approach
American Journal of Human Genetics, sous presse, 2017 (résumé)

Sequencing thousands of single-cell genomes with combinatorial indexing
Nature Methods, sous presse, 2017 (résumé) (voir ce billet du blog blog Enseqlopedia)

Mutation effects predicted from sequence co-variation
Nature Biotechnology, sous presse, 2017 (résumé)

Scalable whole-genome single-cell library preparation without preamplification
Nature Methods, sous presse, 2017 (résumé)

ClinGen Pathogenicity Calculator: a configurable system for assessing pathogenicity of genetic variants
Genome Medicine, 9:3, 2017 (article en libre accès)

GenomeCAT: a versatile tool for the analysis and integrative visualization of DNA copy number variants
BMC Bioinformatics, 18:19, 2017 (article en libre accès)

Classification of Genes: Standardized Clinical Validity Assessment of Gene-Disease Associations Aids Diagnostic Exome Analysis and Reclassifications
Human Mutation, sous presse, 2017 (résumé)

Variational inference for rare variant detection in deep, heterogeneous next-generation sequencing data
BMC Bioinformatics, 18:45, 2017 (article en libre accès)

iGC—an integrated analysis package of gene expression and copy number alteration
BMC Bioinformatics, 18:, 2017 (article en libre accès)

MPD: multiplex primer design for next-generation targeted sequencing
BMC Bioinformatics, 18:14, 2017 (article en libre accès)

A comprehensive quality control workflow for paired tumor-normal NGS experiments
Bioinformatics, sous presse, 2017 (résumé)

An integrated, high-throughput, multi-omics platform enables data-driven construction of cellular responses and reveals global drug mechanisms of action
Journal of Proteome Research, sous presse, 2017 (résumé) (voir Genome Web)

Targeted DNA sequencing and in situ mutation analysis using mobile phone microscopy
Nature Communications, 13913, 2017 (article en libre accès) (Voir Genome Web, The Scientist)

Next-generation sequencing: big data meets high performance computing
Drug Discovery Today, sous presse, 2017 (résumé)

mercredi 11 janvier 2017

Onco-Seq du 11 janvier 2017

 Illumina
  • "Illumina dévoile le successeur de son système HiSeq", rapporte l'auteur du blog Omics! Omics! en analysant les spécifications du nouveau système appelé... NovaSeq. L'auteur du blog opiniomics, qui s'est livré à un exercice similaire, en tire une conclusion radicale: "si vous possédez un HiSeq et que vous n'êtes pas déjà engagé dans le processus de son remplacement par un NovaSeq, vous serez hors jeu d'ici 1 à 2 ans!" Quant à l'auteur de cet article dans Forbes, il rebondit sur une citation du communiqué de presse à propos d'un "génome à 100 $" et précise qu'il s'agit en réalité d'un objectif à 3 voire 10 ans... (lire aussi STATBio-IT World, Genome Web et Reuters).
  • En parallèle, Illumina a dévoilé la signature de deux partenariats, l'un avec IBM autour de son test TruSight Tumor 170 et du système d'intelligence artificielle Watson, l'autre avec Philips autour de la plateforme IntelliSpace Genomics. Forbes y voit le signe du mouvement actuel par lequel les sociétés de séquençage visent les médecins opérant en dehors des grands centres hospitaliers pour les convaincre d'analyser l'ADN de leurs patients (voir aussi Genome Web et FierceBiotech).
  • Auparavant, Illumina a publié un communiqué signalant une levée de fonds à hauteur de 1 milliard $ par la société GRAIL, fondée il y un an pour développer des tests de biopsies liquides à l'aide de ses systèmes de séquençage. Ces fonds serviront à mettre en oeuvre des essais cliniques (voir MIT Technology Review, Xconomy, Forbes, Genome Web) mais une journaliste de Forbes y voit davantage de risques que de bénéfices pour les patients qui s'y engageront.

Bioinformatique & Big Data
  • Dans le New York Times, un article d'opinion pointe le paradoxe actuel des données de santé: "la plupart d'entre nous n'y ont pas véritablement accès, tandis que ces informations hautement personnelles font de plus en plus l'objet de piratage par des cyber-criminels et des voleurs." Les auteurs prônent l'abandon des grandes bases centralisées et le développement de technologies (blockchain, etc.) redonnant aux consommateurs le pouvoir sur leurs données.
  • La société PatientsLikeMe qui, comme le rappelle Xconomy, "a passé les 13 dernières années à constituer un vaste réseau de patients atteints de maladies chroniques partageant leurs expériences et leurs données de santé", dispose désormais de 100 millions $ pour "faire avancer la médecine personnalisée" grâce à une société chinoise fondée par l'ancien responsable de BGIiCarbonX (voir aussi FierceBiotech).
  • Sur Tech Crunch, le patron de Color Genomics identifie trois axes de travail pour faire en sorte que "davantage de données soient mises à disposition de la recherche sur le cancer et des programmes d'intelligence artificielle"; cette lecture a énervé François-Henri Boissel, pdg de la société lyonnaise NovaDiscovery, qui appelle "les gens à arrêter de survendre les promesses des big data et logiciels de machine learning en santé".
  • Genome Web s'intéresse à l'évolution de Genohub qui propose désormais des espaces de stockage de données NGS en ligne (voir aussi Bio-IT World) et relaie le communiqué de Quiagen dévoilant l'acquisition de la société de bioinformatique OmicSoft.
  • Xconomy signale un partenariat entre Edico Genome et Dell pour combiner les outils analytiques de l'un avec les capacités de calcul et de stockage de l'autre.

Annonces

  • Avisan a publié sur son site l'appel à projets du ministère de la santé pour "la mise en œuvre et l’évaluation de projets pilotes de plateformes de séquençage très haut débit à visée sanitaire" (pdf - date limite de dépôt : 9 mars 2017).
  • Xconomy a repéré la nomination de Troy Cox, responsable de l'oncologie chez Genentech, à la tête de Foundation Medicine, ce qui "renforce les liens entre Roche et Foundation".
  • Genome Web relaie un communiqué de Guardant Health dévoilant des partenariats avec plusieurs laboratoires pharmaceutiques (AstraZeneca, Merck, Merck KGaA, Pfizer) sur le développement d'un test de biopsie liquide analysant plus de 500 gènes, s'intéresse à une start-up opérant dans le même domaine, Two Pore Guys, et décrypte un partenariat entre 10x Genomics et Perkin Elmer pour "proposer aux chercheurs des solutions NGS automatisées".
  • Sur son blog, PacBio dévoile le lancement de nouveaux produits permettant de travailler avec de plus longs fragments d'ADN et de réduire les coûts.
  • Sophia Genetics annonce que son test de détection des cancers héréditaires, basé sur l'analyse de 27 gènes, a obtenu un marquage CE (voir aussi, sur Tech Crunch, cet article suggérant que la société suisse pourrait la prochaine "licorne" nationale).
  • Cancer Genetics a annoncé une réduction de ses effectifs pour "retrouver le chemin de la profitabilité" puis, dans un second communiqué, dévoilé la signature de divers accords de collaboration pour développer des tests de biopsie liquide.

Miscellanées
  • Dans un communiqué, l'AACR signale la publication du premier lot de données (19 000 patients) assemblées par le consortium international GENIE (voir aussi cet entretien avec le président de son comité de pilotage et Genome Web).
  • A la charnière entre 2016 et 2017, l'auteur du blog Mass Genomics livre une rétrospective des principaux événements en génomique et NGS (voir aussi ce billet du blog DNA Science), tandis que l'auteur du blog Omics! Omics! se livre à un exercice de prospective sur les technologies de séquençage.
  • "La loterie du cancer": dans un long article, MIT Technology Review analyse les promesses et les limites de la médecine de précision en oncologie.
  • L'auteur du blog Omics! Omics! décrypte les enjeux d'une plainte en violation de propriété intellectuelle déposée par l'université de Californie contre la société Genia à propos de brevets sur une technologie de séquençage à base de nanopores (voir aussi ce billet du blog opiniomics et Genome Web).
  • Le Washington Post publie une longue enquête sur les investissements chinois en matière de tests génétiques et la menace qu'ils font peser sur l'industrie américaine.
  • Dans un communiqué, l'European Hematology Association se félicite du financement, à hauteur de 40 millions € par l'Union européenne, de la plateforme HARMONY pour le partage de données sur des patients atteints de cancers hématologiques (51 partenaires, 11 pays).
  • "En autorisant la mise sur le marché d'un test de diagnostic compagnon à base de NGS développé par Foundation Medicine, la FDA établit un précédent", signale Genome Web.
  • "Génétique ou génomique?": la question est passée au microscope terminologique du site Transforming Genetic Medicine Initiative.
  • A l'occasion d'un article signalant la publication d'une étude dans Cancer Cell, le site du Francis Crick Institute met en ligne une intéressante vidéo de vulgarisation sur "la façon dont les cellules cancéreuses s'accommodent du chaos génétique."

Lu dans Nota Bene Cancer

Menée en France à partir de 216 échantillons tumoraux et sanguins prélevés sur des patientes atteintes d'un cancer du sein métastatique, cette étude identifie un ensemble de gènes fréquemment mutés
Mutational Profile of Metastatic Breast Cancers: A Retrospective Analysis
PLoS Medicine, Vol. 13 (12) , pp. e1002201, 2016 (article en libre accès)

A partir d'échantillons de multiples métastases prélevés lors d'une autopsie peu après le décès de 4 patientes atteintes d'un cancer du sein, cette étude met en évidence une structure sous-clonale fortement hétérogène entre la tumeur primitive et les métastases, ainsi qu'entre les sites métastatiques eux-mêmes
The Subclonal Architecture of Metastatic Breast Cancer: Results from a Prospective Community-Based Rapid Autopsy Program “CASCADE”
PLoS Medicine, Vol. 13 (12) , pp. e1002204, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

A partir des données de deux essais randomisés évaluant l'efficacité d'un traitement préventif par tamoxifène chez des femmes à haut risque de développer un cancer du sein, cette étude évalue l'association entre 88 polymorphismes à simple nucléotide et le risque de cancer du sein (359 cas, 636 témoins)
Impact of a Panel of 88 Single Nucleotide Polymorphisms on the Risk of Breast Cancer in High-Risk Women: Results From Two Randomized Tamoxifen Prevention Trials
Journal of Clinical Oncology, sous presse, 2016 (résumé)

A partir des données de deux essais incluant au total 1 395 patients atteints d'un cancer du côlon de stade III ayant récidivé, cette étude évalue l'association entre le statut du système MMR (fonctionnel ou non), la présence de mutations somatiques au niveau des gènes BRAF ou KRAS et la survie des patients
Association of DNA mismatch repair and mutations in BRAF and KRAS with survival after recurrence in stage III colon cancers : A secondary analysis of 2 randomized clinical trials
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (résumé)
Molecular markers beyond microsatellite instability for assessing prognosis in early-stage colorectal cancer : What happens at relapse?
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (commentaire)

A partir de données portant sur 891 patients atteints d'un carcinome épidermoïde de la tête et du cou de stade avancé et inclus dans un essai de phase III évaluant l'efficacité de l'ajout du cétuximab à un traitement combinant cisplatine et radiothérapie, cette étude analyse l'association entre un variant du gène KRAS et la réponse au traitement
The KRAS-variant and cetuximab response in head and neck squamous cell cancer: A secondary analysis of a randomized clinical trial
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (résumé)
The KRAS variant as a predictive biomarker of cetuximab response in head and neck cancer
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (commentaire)

Menée sur 450 patients atteints d'un cancer colorectal diagnostiqué avant l'âge de 50 ans, cette étude évalue la proportion de patients présentant des mutations génétiques héréditaires prédisposant à certains cancers puis analyse le spectre et la fréquence de ces mutations
Prevalence and spectrum of germline cancer susceptibility gene mutations among patients with early-onset colorectal cancer
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (résumé)
Universal genetic testing for younger patients with colorectal cancer
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (éditorial)


Lu ailleurs
Implementation of next generation sequencing into pediatric hematology-oncology practice: moving beyond actionable alterations
Genome Medicine, 8:133, 2016 (article en libre accès)

Laboratory and clinical genomic data sharing is crucial to improving genetic health care: a position statement of the American College of Medical Genetics and Genomics
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Defining categories of actionability for secondary findings in next-generation sequencing

Journal of Medical Ethics, sous presse, 2016 (résumé)

Psychological and behavioural impact of returning personal results from whole-genome sequencing: the HealthSeq project
European Journal of Human Genetics, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Clinical Genomic Profiling of a Diverse Array of Oncology Specimens at a Large Academic Cancer Center

The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Reconciling evidence-based medicine and precision medicine in the era of big data: challenges and opportunities

Genome Medicine, 8:134, 2016 (article en libre accès)

A Targeted High-Throughput Next-Generation Sequencing Panel for Clinical Screening of Mutations, Gene Amplifications, and Fusions in Solid Tumors

The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Base-Position Error Rate Analysis of Next-Generation Sequencing Applied to Circulating Tumor DNA in Non-Small Cell Lung Cancer: A Prospective Study

PLoS Medicine, 13(12): e1002199, 2016 (article en libre accès)

Pan-Cancer Analysis Reveals Technical Artifacts in The Cancer Genome Atlas (TCGA) Germline Variant Calls
BioRxiv, 8 décembre 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Genomic Analysis of Uterine Lavage Fluid Detects Early Endometrial Cancers and Reveals a Prevalent Landscape of Driver Mutations in Women without Histopathologic Evidence of Cancer: A Prospective Cross-Sectional Study

PLoS Medicine, 13(12): e1002206, 2016 (article en libre accès)

Distribution and clinical impact of functional variants in 50,726 whole-exome sequences from the DiscovEHR study

Science, Vol. 354(6319), 2016 (résumé) (voir PHG Foundation)

Targeted Next-Generation Sequencing in Molecular Subtyping of Lower-Grade Diffuse Gliomas

The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Next-Generation Assessment of ERBB2 (Human Epidermal Growth Factor Receptor 2) Amplification Status

The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Clinical Next-Generation Sequencing Database: A Tool for the Unified Management of Clinical Information and Genetic Variants to Accelerate Variant Pathogenicity Classification

Human Mutation, sous presse, 2016 (article en libre accès)

iCAGES: integrated CAncer GEnome Score for comprehensively prioritizing driver genes in personal cancer genomes
Genome Medicine, 8:135, 2016 (article en libre accès)

TCGA2BED: extracting, extending, integrating, and querying The Cancer Genome Atlas

BMC Bioinformatics, 18:6, 2017 (article en libre accès)

myGenomeBrowser: Building and sharing your own genome browser

Bioinformatics, sous presse, 2016 (article en libre accès)