jeudi 1 décembre 2016

Onco-Seq du 1er décembre 2016

Bioinformatique & Big Data
  • Dans un communiqué, le Broad Institute dévoile un partenariat avec Intel pour "intégrer des données génomiques de diverses sources et améliorer les capacités d'analyse de ces données" (voir aussi Genome Web et, sur le site de l'Ecole de santé publique à Harvard, cet article relatant "le séquençage d'un génome toutes les 12 minutes" par le Broad, ou encore, dans la Harvard Gazette, cet article sur l'infrastructure informatique de l'université).
  • Tandis que Computer World relaie une simplification de son offre de stockage et des baisses de prix par Amazon Web Services (AWS), Edico Genome annonce le déploiement de son système DRAGEN sur AWS (voir aussi Genome Web), et Core Informatics installe sa Platform for Science sur AWS (voir aussi Genome Web).
  • "DeepMind de Google a signé un accord avec le National Health Service britannique pour accéder aux données des patients et développer une application appelée Streams", rapporte le New Scientist.
  • Sur son blog, 23andMe décrit les outils mis à disposition de ses clients pour "partager et protéger leurs données génétiques".
  • Le site du projet 1 000 Genomes propose à ses usagers un questionnaire pour "améliorer l'accès" à ses données.
  • Le blog de Golden Helix décrit la procédure pour exporter dans Excel des données de VarSeq, tandis que l'auteur du blog opiniomics explique comment lire des données Google Sheets avec le logiciel R.

Questions techniques
  • L'auteur du blog Omics! Omics! se demande si "les robots de manipulation des liquides et pipettes sont prêts à entrer dans le 21ème siècle".
  • L'auteur du blog CureFFI décrit en détails une procédure pour constituer une bibliothèque encodée par l'ADN (DNA-encoded library).
  • Dans un long article, Genome Web tente de faire la synthèse de nombreuses discussions ayant animé le congrès annuel de l'Association for Molecular Pathology à propos des "défis posés par l'implémentation des recommandations sur la classification des variants".

Annonces
  • Dans un communiqué, Sophia Genetics dévoile un partenariat avec Horizon Discovery sur des référentiels NGS pour des applications en oncologie (voir aussi Genome Web).
  • Genome Web relaie l'annonce, par le Department of Veterans Affairs, d'un partenariat doté de 50 millions $ avec la Prostate Cancer Foundation pour développer "une oncologie de précision" (voir aussi ce communiqué de Flow Health sur son apport au projet en matière d'intelligence artificielle).
  • Genome Web a longuement interrogé des responsables de Molecular Health à propos de leur décision d'abandonner leur service de séquençage pour se concentrer sur leurs offres de logiciels destinés à la décision clinique.
  • Selon Genome Web, la société de médecine personnalisée Perthera a noué un partenariat avec la Lung Cancer Alliance pour "faciliter les tests moléculaires chez les patients".

Miscellanées
  • Dans une longue enquête, STAT s'intéresse aux pratiques agressives de Myriad Genetics, le "pionnier des tests BRCA" qui, sous la menace de la concurrence, voit son chiffre d'affaires baisser...
  • Dans Harvard Business Review, deux auteurs américains analysent ce qu'ils estiment être un obstacle aussi difficile à franchir que la compréhension de la biologie des tumeurs : le partage des données relatives aux patients.
  • L'auteur du blog Omics! Omics! conclut sa série de billets sur une "histoire alternative" de la génétique si le projet Genome Humain n'avait pas existé (voir Onco-Seq du 17 novembre - rubrique Miscellanées); dans un autre billet, il se demande si "Oxford Nanopore ne fait pas une erreur stratégique avec son système PromethION" (voir aussi ce billet de CoreGenomics sur la longueur des fragments d'ADN séquencés par le système MinION).
  • "Une communauté de 5 000 bêta-testeurs fournit des informations sur les meilleurs moyens d'inclure le million de participants prévus dans le cadre de la cohorte Precision Medicine Initiative", rapporte Genome Web qui, dans un autre article, a interrogé le directeur de ce projet, Eric Dishman, sur son financement après l'élection présidentielle (voir aussi, sur le site Transforming Genetic Medicine Initiative, cet article sur "le pouvoir des patients").
  • Avec l'élection de Donald Trump, le projet "Objectif Lune en oncologie" (Cancer Moonshot) lancé par le vice-président Biden est-il en danger? : STAT et Genome Web s'interrogent tandis que, dans un édito, Nature appelle à ne pas oublier les aspects liés à la prévention dans ce projet (voir aussi, sur Xconomy, cet article sur une initiative "Precision Medicine" menée à l'échelle de la Californie); parallèlement, STAT rapporte que, dans l'attente d'un nouveau Congrès et d'une nouvelle administration, la FDA a suspendu son projet d'encadrement réglementaire des tests de diagnostic développés en laboratoire (voir aussi Genome Web et, sur le blog DNA Exchange, ce billet analysant les conséquences prévisibles de l'élection présidentielle sur les pratiques de conseil génétique).
  • "Les membres de votre famille ont-ils un droit d'accès à votre code génétique?", s'interroge MIT Technology Review à partir d'un cas concret impliquant deux sœurs jumelles (voir aussi, sur FastCompany, cet article à propos des projets ambitieux de la société de génomique personnelle Helix, une spin-off d'Illumina).
  • Genomics England relaie l'inauguration, par Theresa May, d'un nouveau centre de séquençage pour le projet 100 000 Genomes (voir aussi Genome Web).
  • Le site Diagnostics World News consacre un article à la société de services génomiques Novogene qui, basée à Pékin, emploie désormais plus d'un millier de personnes (voir aussi cet article de Genome Web rapportant une levée de fonds à hauteur de 75 millions $ par Novogene).

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 18 patients atteints d'un carcinome mucoépidermoïde des glandes salivaires, cette étude identifie un ensemble d'anomalies somatiques, notamment la présence fréquente de la translocation MECT1-MAML2 et de mutations des gènes TP53 et POU6F2
Whole-Exome Sequencing of Salivary Gland Mucoepidermoid Carcinoma
Clinical Cancer Research, sous presse, 2016 (résumé)

Cet article présente une méthode permettant de comparer les outils d'analyse bioinformatique visant à identifier, dans des données obtenues par séquençage de l'ADN, les gènes impliqués dans la cancérogenèse
Evaluating the evaluation of cancer driver genes
Proceedings of the National Academy of Sciences, sous presse, 2016 (article en libre accès)

A partir de l'analyse des résultats du projet européen de médecine de précision BIO-RAIDs concernant la détermination du profil moléculaire des cancers du col de l’utérus, cet article identifie les défis posés par la conduite d'études internationales associées à une biobanque, puis présente des recommandations pour faciliter et standardiser les procédures
Precision medicine in cancer : challenges and recommendations from an EU-funded cervical cancer biobanking study
British Journal of Cancer, sous presse, 2016 (résumé)

Lu ailleurs
The Oxford Nanopore MinION: delivery of nanopore sequencing to the genomics community
Genome Biology, 17:239, 2016 (article en libre accès)

Are Data Sharing and Privacy Protection Mutually Exclusive?
Cell, Vol. 167(5), pp. 1150-1154, 2016 (article en libre accès)

Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

The Rise and Rise of Exome Sequencing
Public Health Genomics, sous presse, 2016 (article en libre accès)

A framework for the detection of de novo mutations in family-based sequencing data
European Journal of Human Genetics, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Next-generation sequencing in thyroid cancer
Journal of Translational Medicine, 14:322, 2016 (article en libre accès)

Chromosomal Instability Estimation Based on Next Generation Sequencing and Single Cell Genome Wide Copy Number Variation Analysis
PLoS ONE, 11(11): e0165089, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Application of Single-Molecule Amplification and Resequencing Technology for Broad Surveillance of Plasma Mutations in Patients with Advanced Lung Adenocarcinoma
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

A Comparison of Cell-Free DNA Isolation Kits
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

The importance of dynamic re-analysis in diagnostic whole exome sequencing
Journal of Medical Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

novoBreak: local assembly for breakpoint detection in cancer genomes
Nature Methods, sous presse, 2016 (résumé)

Discovery and genotyping of structural variation from long-read haploid genome sequence data
Genome Research, sous presse, 2016 (résumé)

Insights from the International Human Epigenome Consortium
Cell Press, 24 articles en libre accès, 2016 (voir Genome Web ici et ici)

jeudi 17 novembre 2016

Onco-Seq du 17 novembre

Bioinformatique & Big Data
  • "Mayo Clinic et Ilumina ont dévoilé leurs projets de collaboration sur plusieurs logiciels de la suite BaseSpace", rapporte Bio-It World (voir aussi le communiqué d'Illumina).
  • FierceBiotech relaie un communiqué du Broad Institute à propos d'un projet, financé à hauteur de 50 millions $ sur 3 ans, utilisant le système d'intelligence artificielle Watson d'IBM pour comprendre comment les tumeurs développent une résistance aux traitements (voir aussi Genome Web).
  • De son côté, Genome Web relaie un communiqué de Philips sur l'usage de sa solution IntelliSpace Genomics, par un centre hospitalier de l'Etat de New York, pour intégrer données génomiques et données cliniques des patients atteints d'un cancer (voir aussi cet autre communiqué à propos d'un accord avec N-of-One pour "accélérer l'interprétation clinique des données génomiques").
  • Dans un communiqué, DNAnexus annonce que le Stanford Center for Genomics and Personalized Medicine est le premier client à accéder à son système de gestion de données génomiques en ligne sur la plateforme Azure de Microsoft (voir aussi Genome Web et Bio-IT World).
  • Bio-IT World a lu avec attention un article, paru dans PLoS Biology, sur les raisons de la résistance au partage de données génomiques dans le monde.
  • L'auteur du blog de Golden Helix fournit un ensemble de recommandations pour l'annotation de mutations associées au cancer à l'aide du logiciel CIVIC.

Annonces
  • Selon Genome Web, BGI a procédé au lancement commercial d'un nouveau séquenceur de paillasse (BGISEQ-50) qui, dans un premier temps, sera uniquement disponible sur le marché chinois; en parallèle, BGI a reçu une autorisation de l'Agence nationale de réglementation, l'équivalent de la FDA, pour la version BGISEQ-500 de son système.
  • Dans un communiqué, Thermo Fisher annonce le dépôt, auprès de la FDA, d'un dossier d'autorisation pour son test Oncomine Universal Dx à base de NGS dans le cancer du poumon non à petites cellules (voir aussi Genome Web et cet autre communiqué à propos de l'extension de la gamme de tests NGS en oncologie).
  • De son côté, Illumina a lancé sa solution NGS basée sur un panel de 170 gènes, TruSight Tumor 170, pour des usages réservés à la recherche (voir aussi Genome Web).
  • "Qiagen s'apprête à relancer son système GeneReader NGS sur le marché américain, après avoir développé un nouveau procédé chimique permettant de contourner les brevets d'Illumina", rapporte Genome Web (voir aussi ce communiqué de Qiagen à propos d'un partenariat avec la société belge de bioinformatique Genohm, ainsi que ce communiqué de Sophia Genetics à propos d'un partenariat avec Qiagen).
  • Genome Web relaie un communiqué de Sophia Genetics sur la signature d'un accord de partenariat avec ArcherDx qui commercialise une gamme de kits pour tests NGS (voir aussi ce communiqué sur son interface OncoPortal). 
  • Dans un communiqué, Fluidigm dévoile un accord avec GenomOncology sur la distribution de la solution GO Clinical Workbench d'interprétation des variants somatiques identifiés à l'aide de ses propres systèmes (voir aussi Genome Web).
  • Les National Institutes of Health ont accordé à 23andMe un soutien financier à hauteur de 1,76 millions $ pour séquencer les génomes de 925 personnes africaines-américaines (voir aussi Genome Web et, sur recode, cette annonce de la démission du président de 23andMe, Andy Page).
  • "Le New York Genome Center a reçu une autorisation conditionnelle de l'Etat de New York pour offrir en clinique un test NGS de génétique constitutionnelle", rapporte Genome Web.

Miscellanées
  • "Et si le projet Génome Humain n'avait pas existé ?": l'auteur du blog Omics! Omics! se lance dans une ambitieuse série de billets sur une "histoire alternative" (introduction, 2, 3, 4, 5, 6 -voir aussi son billet sur l'état de la recherche thérapeutique en oncologie).
  • STAT publie une longue et passionnante enquête sur le projet mené par le Department of Veterans Affairs pour séquencer l'ADN d'un million d'anciens combattants (en contrepoint, lire ce billet de Science-Based Medicine sur "médecine de précision et incertitude").
  • "1 000 patientes atteintes d'un cancer ont bénéficié d'un test génétique grâce à un nouveau processus, efficient et abordable", affirme l'Institute of Cancer Research (London) à propos d'un test BRCA1/2 dont "les résultats sont rendus en 4 semaines au lieu de 20 semaines auparavant".
  • L'auteur du blog Genomics and Health Impact (CDC) a exploré la base de connaissances de son institution pour identifier les domaines dans lesquels les découvertes en génomique faisaient l'objet d'applications dans la prévention et la lutte contre les maladies communes: sans surprise, le cancer vient en tête de liste...
  • Nature consacre un article aux "effets indésirables" de la génomique personnelle.
  • Genome Web relate une controverse allemande sur le remboursement des tests commercialisés par Agendia, Genomic Health, etc., pour la prise en charge thérapeutique des patientes atteintes d'un cancer du sein.
  • Le blog Patent Docs signale la publication, par l'Office américain des brevets, d'un document soumis à consultation sur un nouveau standard de description des données de séquence.

Conférences
  • Le congrès annuel de l'Association for Molecular Pathology a fait l'objet de diverses reprises par Genome Web qui :
  • a assisté à un débat sur les conséquences de la décision de la Cour Suprême en matière de brevetabilité des gènes il y a 3 ans;
  • a repéré une collaboration entre NanoString et Merck en matière d'immuno-oncologie;
  • a assisté à une présentation par Roche de données relatives à ses dispositifs de biopsies liquides.

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir d'échantillons prélevés sur 87 patients pédiatriques et 78 patients adultes atteints d'une leucémie myéloïde aiguë présentant des réarrangements du complexe transcriptionnel CBF, cette étude identifie un ensemble d'anomalies génomiques impliquées dans le développement de la maladie
The genomic landscape of core-binding factor acute myeloid leukemias
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Menée à l'aide d'une technique de séquençage sur 4 347 cellules uniques issues de 6 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un oligodendrogliome présentant un gène IDH1 ou IDH2 muté, cette étude met en évidence l'architecture cellulaire des tumeurs et suggère que le développement de ces tumeurs se déroule conformément au modèle des cellules souches cancéreuses
Single-cell RNA-seq supports a developmental hierarchy in human oligodendroglioma
Nature, sous presse, 2016 (résumé)

A partir des données des registres américains, canadiens et australiens des cancers portant sur les familles de 5 744 patients atteints d'un cancer colorectal, cette étude évalue la prévalence des mutations des gènes MUTYH, des gènes de réparation des mésappariements de l'ADN (gènes MLH1, MSH2, MSH6, PMS2) et estime la prévalence de gènes mutés non encore identifiés
Prevalence and Penetrance of Major Genes and Polygenes for Colorectal Cancer
Cancer Epidemiology Biomarkers & Prevention, sous presse, 2016 (résumé)

Menée à partir notamment de 24 échantillons sanguins prélevés sur des patients atteints d'un myélome multiple, cette étude met en évidence la faisabilité d'une méthode permettant d'isoler des cellules circulantes tumorales et d'effectuer une analyse génomique ou transcriptomique à l'échelle d'une seule cellule, puis démontre l'intérêt de cette méthode pour surveiller, sans avoir recours à une biopsie de la moelle osseuse, l'émergence de cellules tumorales résistantes aux traitements
Genetic interrogation of circulating multiple myeloma cells at single-cell resolution
Science Translational Medicine, Vol. 8 (363) , pp. 363ra147, 2016 (résumé)

Menée à partir de l'analyse génétique de tissus tumoraux fixés au formaldéhyde et inclus en paraffine après prélèvement sur 1 640 patients atteints d'une tumeur solide de stade avancé (âge médian : 59 ans ; durée médiane de suivi : 18 mois), cette étude analyse la fréquence des altérations génomiques et des variants somatiques, puis évalue, dans le cadre d'essais cliniques et du point de vue du taux de réponse tumorale, l'efficacité de traitements prenant en compte le profil moléculaire des patients
Molecular profiling of advanced solid tumors and patient outcomes with genotype-matched clinical trials : the Princess Margaret IMPACT/COMPACT trial
Genome Medicine, Vol. 8 (1) , pp. 109, 2016 (article en libre accès)

Cet article analyse l'évolution des tests compagnons en oncologie ainsi que les difficultés liées à leur développement à l'ère des thérapies ciblées et de l'immunothérapie
The Evolution of Oncology Companion Diagnostics from Signal Transduction to Immuno-Oncology
Trends in Pharmacological Sciences, sous presse, 2016 (résumé)

Lu ailleurs

Distinct biological subtypes and patterns of genome evolution in lymphoma revealed by circulating tumor DNA
Science Translational Medicine, Vol 8(364), pp. 364ra155, 2016 (résumé) (voir Genome Web)

HER2 Testing and Clinical Decision Making in Gastroesophageal Adenocarcinoma: Guideline From the College of American Pathologists, American Society for Clinical Pathology, and the American Society of Clinical Oncology
Journal of Clinical Oncology, sous presse, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

High-Throughput Sequencing in the Context of Human Genetic Diseases: Now and Tomorrow
Human Mutation, sous presse, 2016 (résumé)

Clinical Validation of a Next-Generation Sequencing Genomic Oncology Panel via Cross-Platform Benchmarking against Established Amplicon Sequencing Assays
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

In Silico Proficiency Testing for Clinical Next-Generation Sequencing
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

A Next-Generation Sequencing Strategy for Evaluating the Most Common Genetic Abnormalities in Multiple Myeloma
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Copy number analysis by low coverage whole genome sequencing using ultra low-input DNA from formalin-fixed paraffin embedded tumor tissue
Genome Medicine, 8:121, 2016 (article en libre accès)

Somatic cancer variant curation and harmonization through consensus minimum variant level data
Genome Medicine, 8:117, 2016 (article en libre accès)

Low-, high-coverage, and two-stage DNA sequencing in the design of the genetic association study
Genetic Epidemiology, sous presse, 2016 (résumé)

Novel BRCA1 and BRCA2 Tumor Test as Basis for Treatment Decisions and Referral for Genetic Counselling of Patients with Ovarian Carcinomas
Human Mutation, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Identification of complex genomic rearrangements in cancers using CouGaR
Genome Research, sous presse, 2016 (résumé)

SNooPer: a machine learning-based method for somatic variant identification from low-pass next-generation sequencing
BMC Genomics, 17:912, 2016 (article en libre accès)

lundi 7 novembre 2016

Onco-Seq du 7 novembre 2016

Bioinformatique & Big Data
  • "Guérir le cancer grâce aux Big Data?": dans un entretien à Fortune, le directeur du projet Cancer Moonshot lancé par le vice-président Joe Biden témoigne d'un certain scepticisme (voir aussi, sur le site de Fortune, cet article sur les raisons du partenariat entre Celgene et IBM autour du système d'intelligence artificielle Watson).
  • Dans un communiqué, la société Seven Bridges dévoile l'extension de son partenariat avec le National Cancer Institute pour le déploiement du Cancer Genomics Cloud (voir aussi Genome Web).
  • "Le gouvernement américain veut savoir si l'intelligence artificielle peut aider les médecins à diagnostiquer et traiter un cancer du sein plus efficacement", rapporte MIT Technology Review à propos d'un projet mené par le département de la défense avec Berg Health.
  • Genome Web relaie la signature d'un accord de collaboration entre la société allemande Centogene et la société française Interactive Biosoftware visant à "fournir aux cliniciens des ensembles de données les plus exhaustives et les plus pertinentes pour les aider dans les tâches complexes d'interprétation des variations génomiques".

Questions techniques
  • L'auteur du blog Omics! Omics!, qui vient de fêter ses dix ans d'exercice, s'intéresse à un nouveau conflit juridique initié par Pacific Bioscience à l'encontre d'Oxford Nanopore, puis rédige un deuxième billet suite aux commentaires de ses lecteurs; si l'on en croit ce communiqué, la société britannique ne semble avoir guère d'inquiétude sur ce sujet (voir aussi Genome Web et ce précédent billet du blog Omics! Omics! sur le conflit avec Illumina).
  • Parallèlement, Pacific Bioscience a dévoilé les caractéristiques techniques de la nouvelle version de son système Sequel, rapporte Genome Web.

Annonces
  • Dans un communiqué, la start-up Genomics Medicine Ireland a annoncé une levée de fonds à hauteur de 36 millions € pour "établir un programme de recherches génomiques de classe mondiale à Dublin" et créer 150 emplois sur les 3 prochaines années (voir aussi Genome Web).
  • Basée en Belgique, OncoDNA a signé un accord avec le réseau SOLTI, qui regroupe 200 chercheurs européens, pour l'utilisation de la plateforme OncoKDM dans le cadre de l'étude sur le cancer du sein AGATA (voir aussi Genome Web).
  • Dans un communiqué, Foundation Medicine a dévoilé la construction d'une base de données clinico-génomiques, en partenariat avec Flatiron Health, comportant des informations sur près de 20 000 patients atteints d'un cancer (voir aussi Xconomy et Diagnostics World News). Parallèlement, Genome Web décrypte les résultats financiers contrastés de Foundation Medicine pour le 3ème trimestre 2016.
  • Cancer Genetics a annoncé le lancement de son test NGS, à base d'un panel de 76 gènes, dans le cancer du rein.
  • Aux Etats-Unis, Genome Web a repéré le lancement d'un projet, financé à hauteur de 20 millions $, pour dresser un atlas des tumeurs cérébrales pédiatriques.
  • "Le chiffre d'affaires réalisé par Illumina dans le secteur de l'oncologie a augmenté de 24% au troisième trimestre", rapporte notamment Genome Web dans un article résumant diverses annonces faites par le président de la société californienne.

Miscellanées
  • "Environ 30% des mutations associées à des maladies ne le sont pas. Nous avons un gros travail de nettoyage à faire", explique dans STAT un cardiologue à propos d'une étude qui, parue dans Mayo Clinic Proceedings, a révélé "le côté sombre de la médecine de précision".
  • Dans Nature, une généticienne raconte qu'on lui a refusé l'accès aux données de séquençage de son propre génome, analysé dans le cadre d'un projet mené par des collègues; elle se demande si, avec ce type d'attitude, les chercheurs vont pouvoir continuer à recruter des volontaires pour leurs travaux.
  • Fast Company résume les principales interventions lors d'une table ronde sur "l'avenir de la médecine de précision".
  • "Les tests génétiques coûtent 500 millions $ par an au contribuable, sans avoir réellement fait preuve de leur utilité", explique STAT en relayant les conclusions d'une étude publiée dans le Journal of Hospital Medicine à propos de tests relatifs à la thrombophilie héréditaire.
  • "23andMe a débauché son équipe de chercheurs qui travaillaient sur le développement de technologies NGS", rapporte BuzzFeed.
  • Le JAMA publie un entretien avec George Church à propos des enjeux associés à son projet controversé Human Genome Project-write.
  • STAT relaie la prestation de Craig Venter dans une émission de télévision pour laquelle sa société Human Longevity avait réalisé le séquençage du génome entier de l'animatrice...

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir de 15 bases de données relatives à 784 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un carcinome hépatocellulaire, cette méta-analyse identifie un ensemble de 935 gènes dont l'expression est anormale, par comparaison avec leur expression dans les tissus non tumoraux adjacents
Integrative Genomic Analysis Identifies the Core Transcriptional Hallmarks of Human Hepatocellular Carcinoma
Cancer Research, sous presse, 2016 (résumé)

A partir de 13 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un carcinome épidermoïde de l'œsophage, cette étude met en évidence une hétérogénéité intratumorale des mutations somatiques et, à l'aide d'arbres phylo-génétiques et phylo-épigénétiques, suggère un modèle d'évolution clonale au cours de la progression tumorale
Spatial intratumoral heterogeneity and temporal clonal evolution in esophageal squamous cell carcinoma
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

A partir de 15 échantillons tumoraux prélevés sur 6 patients atteints d'un cancer du poumon présentant plusieurs lésions synchrones, cette étude met en évidence l'hétérogénéité génomique des lésions chez chaque patient
Genomic heterogeneity of multiple synchronous lung cancer
Nature Communications, Vol. 7 , pp. 13200, 2016 (article en libre accès)

A partir de données portant sur 11 847 patients atteints d'un cancer et 15 438 témoins, cette méta-analyse évalue l'association entre des anomalies du nombre de copies de gènes de l'ADN mitochondrial et le risque de divers types de cancer
Altered mitochondrial DNA copy number contributes to human cancer risk: evidence from an updated meta-analysis
Scientific Reports, Vol. 6 , pp. 35859, 2016 (article en libre accès)

Menée sur 6 034 cas de cancer de la cavité buccale ou du pharynx et sur 6 585 témoins, cette étude d'association sur le génome entier identifie 8 loci de susceptibilité à la maladie
Genome-wide association analyses identify new susceptibility loci for oral cavity and pharyngeal cancer
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Lu ailleurs
Technological considerations for genome-guided diagnosis and management of cancer
Genome Medicine, 8:112, 2016 (article en libre accès)

Integrating cancer genomic data into electronic health records
Genome Medicine, 8:113, 2016 (article en libre accès)

Delivering on the promise of precision cancer medicine
Genome Medicine, 8:110, 2016 (article en libre accès)

Molecular profiling of advanced solid tumors and patient outcomes with genotype-matched clinical trials: the Princess Margaret IMPACT/COMPACT trial
Genome Medicine, 8:109, 2016 (article en libre accès)

A survey of current practices for genomic sequencing test interpretation and reporting processes in US laboratories
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé)

A privacy-preserving solution for compressed storage and selective retrieval of genomic data
Genome Research, sous presse, 2016 (résumé)

Beyond Our Borders? Public Resistance to Global Genomic Data Sharing
PLoS Biology, 14(11): e2000206, 2016 (article en libre accès)

Detection of clinically relevant copy-number variants by exome sequencing in a large cohort of genetic disorders
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Reassessment of Genomic Sequence Variation to Harmonize Interpretation for Personalized Medicine
American Journal of Human Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Methodologic Considerations in the Application of Next-Generation Sequencing of Human TRB Repertoires for Clinical Use
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Targeted Next Generation Sequencing Enables Reliable Detection of HER2 (ERBB2) Status in Breast Cancer and Provides Ancillary Information of Clinical Relevance
Genes, Chromosomes & Cancer, sous presse, 2016 (résumé)

Whole-exome sequencing of Finnish hereditary breast cancer families
European Journal of Human Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Isomorphic semantic mapping of variant call format (VCF2RDF)
Bioinformatics, sous presse, 2016 (résumé)

AlignStat: a web-tool and R package for statistical comparison of alternative multiple sequence alignments
BMC Bioinformatics, 17:434, 2016 (article en libre accès)

mercredi 26 octobre 2016

Onco-Seq du 26 octobre 2016

ASHG 2016
Le congrès annuel de l'American Society of Human Genetics (ASHG), qui s'est tenu à Vancouver, a été l'occasion de diverses annonces et présentations:
  • Le Broad Institute a dévoilé la base de données gnomAD (Genome Aggregation Database), qui contient des informations portant sur 126 216 exomes et 15 136 séquences de génome entier, rapporte Genome Web (voir aussi The Scientist).
  • De leur côté, l'université de Washington et Color Genomics ont annoncé la mise en ligne, en libre accès, d'une base de données appelée FLOSSIES comportant des informations sur le génome d'environ 10 000 femmes de plus de 70 ans n'ayant jamais eu de cancer diagnostiqué (voir aussi, dans Science, cet article sur l'état d'avancement du projet DNA.Land qui a déjà recruté 32000 participants).
  • Le responsable du projet Personalized Oncogenomics, qui prévoit d'inclure 2000 enfants et adultes atteints d'un cancer en Colombie britannique (Canada), a partagé un premier retour d'expérience, notamment sur l'accès aux traitements : "pour que la génomique soit véritablement intégrée à la prise de décision thérapeutique, il faut que les thérapies ciblées soient disponibles; un programme d'essais cliniques performant est crucial".
  • Dans un long billet, l'auteur du blog Omics! Omics! relate un worskhop au cours duquel des chercheurs de la société iGenomX ("construire des bibliothèques précises pour un séquençage plus intelligent") ont présenté leurs données (voir aussi, sur le site de PacBio, la vidéo d'un workshop sur le séquençage Single Molecule, Real Time -1h30).
  • Pour des comptes-rendus plus variés, lire cet article de Bio IT-World, le blog de Congenica ou encore celui de Golden Helix.

Bioinformatique & Big Data
  • Wired consacre un long article aux projets du bioinformaticien Erich Schadt qui a fondé une start-up, Sema4, visant à accumuler "des montagnes de données génomiques" (voir le regard critique de l'auteur du blog In the Pipeline).
  • "Le NCI collabore avec Amazon et Microsoft pour ses plateformes de données génomiques", rapporte FierceBiotech.
  • Dans un communiqué, Quest Diagnostics dévoile un partenariat avec IBM pour développer une offre de services génomiques mettant en oeuvre le système d'intelligence artificielle Watson pour les patients atteints d'un cancer (voir aussi NY Times, Fortune, PharmaFile et Genome Web).
  • MIT News relaie les travaux d'une équipe de chercheurs développant des algorithmes pour "automatiser l'analyse de Big Data".
  • Bio-IT World s'intéresse au lancement, par la société DNAStack, de sa plateforme Google Cloud pour "accélérer les recherches sur les maladies génétiques et la médecine de précision".
  • Selon Genome Web, des chercheurs du Buffalo Institute for Genomics and Data Analytics (BIG) ont développé une technologie facilitant l'interrogation de grandes bases de données.
  • Le blog de Golden Helix détaille le nouvel algorithme d'annotation et de filtrage de son logiciel SNP & Variation Suite.
  • Sur son blog, un professeur de bioinformatique (Oregon Health & Science University) dresse une liste de ressources en libre accès pour l'enseignement de sa discipline.

Questions techniques
  • "Jusqu'à quel point l'ADN doit-il être purifié?", s'interroge l'auteur du blog Omics! Omics!.
  • "Panel de gènes ou séquençage de l'exome entier?": l'auteur du blog Genohub analyse la question.
  • L'auteur du blog Core Genomics s'appuie sur la lecture d'un article publié dans BioRxiv pour inviter à la réplication de ses propres travaux de RNA-Seq à l'échelle des cellules uniques.
  • Genome Web s'intéresse au prochain lancement d'un nouveau séquenceur de paillasse par la société SeqLL, qui a repris la technologie initialement développée par Helicos (voir aussi ce premier billet du blog Omics! Omics! et ce deuxième rédigé après lecture des commentaires de ses lecteurs).
  • Le site Fast Company a repéré l'annonce du premier séquençage d'un génome humain à l'aide du système MinION d'Oxford Nanopore.
  • L'auteur du blog in between lines of code dresse la nécrologie de la première plateforme commerciale NGS (454 GS FLX) lancée en 2005 par Roche Diagnostics.

Annonces
  • Aux Etats-Unis, le site de la Maison Blanche a publié les principaux éléments d'un rapport intermédiaire rédigé par le vice-président Joe Biden sur l'état d'avancement du projet Cancer Moonshot (voir aussi Genome Web et le regard critique de MIT Technology Review); dans ce cadre, Genome Web relaie le lancement, par la Leukemia & Lymphoma Society, d'un essai de médecine de précision dans les leucémies myéloïdes aiguës (voir aussi ce billet du blog Genomics and Health Impact des CDCs pour une réflexion sur l'intérêt d'un dépistage génétique en population).
  • Au National Cancer Institute, le Center for Cancer Genomics a ajouté de nouveaux membres à son réseau d'analyse de données génomiques (16 au total), tandis que les National Institutes of Health ont dévoilé les noms de quatre nouveaux organismes d'offres de soins bénéficiaires de financements dans le cadre de la cohorte Precision Medicine Initiative.
  • Sur son blog, Ewan Birney (EMBL-BIexplique pourquoi il a accepté la proposition de diriger la Global Alliance for Genomics in Health (voir aussi Bio-IT World).
  • Dans un communiqué, Illumina annonce sa contribution à la base de données publiques Clinvar (voir aussi Genome Web) tandis que, suite à la publication d'un chiffre d'affaires trimestriel décevant, l'auteur du blog Core Genomics s'interroge : "y a-t-il trop de plateformes HiSeq X Ten dans le monde?" (voir aussi, sur Fast Company, une enquête sur les perspectives d'avenir du géant du séquençage).
  • Intermountain Health, un réseau d'hôpitaux opérant dans l'Utah et l'Idaho, a annoncé la création d'une société appelée Navican Genomics pour "aider les médecins à identifier des options personnalisées dans le traitement et la prévention des cancers" (voir aussi Genome Web).
  • Dans un communiqué, Quiagen a dévoilé le lancement d'un kit "tout-en-un" pour l'analyse de biopsies liquides sur n'importe quelle plateforme NGS.
  • Genomics England a choisi la société Genomics plc comme partenaire pour l'analyse de données dans le cadre du projet 100 000 Genomes.
  • Selon Genome Web, la société chinoise BGI a signé un accord de partenariat avec un réseau d'organismes de soins en Colombie britannique, impliquant notamment la création d'un centre de recherche dotées de capacités NGS.
  • Xconomy a repéré la levée de fonds, à hauteur de 30 millions $, d'une société co-fondée par George Church, Veritas Genetics, qui commercialise notamment des services de séquençage d'un génome entier pour 999$.

Miscellanées
  • En Angleterre, lNational Institute for Health and Care Excellence a soumis à consultation la recommandation d'un test génétique de susceptibilité au syndrome de Lynch chez tous les patients ayant reçu un diagnostic de cancer colorectal.
  • Selon Science, le projet américain BabySeq rencontre des difficultés de recrutement car "de façon surprenante, très peu de parents sont d'accord pour que le génome de leur bébé fasse l'objet d'une analyse."
  • Le site RAPS (Regulatory Affairs Professionals Society) analyse les commentaires d'Illumina, Genentech, etc., sur le projet d'encadrement réglementaire des tests de diagnostics compagnons par la FDA (voir aussi Genome Web).
  • Genome Web décrypte les premières données publiées par Genomic Health sur "la validité analytique de ton test de biopsie liquide".
  • MIT Technology Review s'intéresse aux efforts des chercheurs pour "accroître la diversité des bases de données génomiques" qui, jusqu'à présent, sont majoritairement constituées avec des participants d'origine européenne.

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir d'observations liées à la structure de la chromatine, cette étude présente une nouvelle approche pour identifier, dans des régions non codantes du génome, des mutations susceptibles de jouer un rôle oncogénique
Chromatin structure-based prediction of recurrent noncoding mutations in cancer
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 107 patients atteints d'un adénocarcinome canalaire du pancréas, cette étude suggère que, en raison de la présence de réarrangements génomiques complexes, la majorité des tumeurs progressent selon une trajectoire évolutionniste correspondant au modèle des équilibres ponctués
A renewed model of pancreatic cancer evolution based on genomic rearrangement patterns
Nature, sous presse, 2016 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 62 patients atteints d'un carcinome rénal inclassé de haut grade, cette étude identifie de fréquentes mutations somatiques dans 29 gènes, puis met en évidence une association entre des groupes de gènes mutés et la survie des patients
Molecular analysis of aggressive renal cell carcinoma with unclassified histology reveals distinct subsets
Nature Communications, Vol. 7 , pp. 13131, 2016 (article en libre accès)

A partir de données portant sur 32 familles présentant des cas de cancer de mélanome de l'uvée, cette étude met en évidence le rôle joué par des mutations constitutionnelles du gène BAP1 dans le développement de la maladie
Germline BAP1 Alterations in Familial Uveal Melanoma
Genes, Chromosomes and Cancer, sous presse, 2016 (résumé)

Menée à partir d'échantillons plasmatiques prélevés sur 35 patients atteints d'un adénocarcinome du poumon de stade avancé comportant des mutations activatrices du récepteur EGFR, cette étude évalue l'intérêt de surveiller, à l'aide d'une technique de PCR numérique et d'une technique de séquençage de nouvelle génération, l'évolution des mutations somatiques de l'ADN circulant durant un traitement par afatinib pour prédire l'efficacité de ce dernier ou identifier des mécanismes de résistance
Monitoring of somatic mutations in circulating cell-free DNA by digital PCR and next-generation sequencing during afatinib treatment in patients with lung adenocarcinoma positive for EGFR activating mutations
Annals of Oncology, sous presse, 2016 (résumé)

Lu ailleurs
The future of clinical cancer genomics
Seminars in Oncology, sous presse, 2016 (résumé)

Integrating precision cancer medicine into healthcare—policy, practice, and research challenges
Genome Medicine, 8:108, 2016 (article en libre accès)

Comparison of Next-Generation Sequencing Panels and Platforms for Detection and Verification of Somatic Tumor Variants for Clinical Diagnostics
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (article en libre accès)

M-CAP eliminates a majority of variants of uncertain significance in clinical exomes at high sensitivity
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Genome-wide significance testing of variation from single case exomes
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

The present and future of de novo whole-genome assembly
Briefings in Bioinformatics, sous presse, 2016 (résumé)

KAT: A K-mer Analysis Toolkit to quality control NGS datasets and genome assemblies
Bioinformatics, sous presse, 206 (article en libre accès)

Design and characterization of a nanopore-coupled polymerase for single-molecule DNA sequencing by synthesis on an electrode array
PNAS, sous presse, 2016 (article en libre accès) (voir ce billet du blog Omics! Omics!)

Unexpected effects of different genetic backgrounds on identification of genomic rearrangements via whole-genome next generation sequencing
BMC Genomics, 17:823, 2016 (article en libre accès)

Filtration and Normalization of Sequencing Read Data in Whole-Metagenome Shotgun Samples
PLoS ONE11(10): e0165015, 2016 (article en libre accès)

A statistical approach to detection of copy number variations in PCR-enriched targeted sequencing data
BMC Bioinformatics, 17:429, 2016 (article en libre accès)

Engagement and communication among participants in the ClinSeq Genomic Sequencing Study
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé)

How, who, and when: preferences for delivery of genome sequencing results among women diagnosed with breast cancer at a young age
Molecular Genetics & Genomic Medicine, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Big data need big theory too
Philosophical Transactions of the Royal Society A, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Big Data–Led Cancer Research, Application, and Insights
Cancer Research, sous presse, 2016 (résumé)