mercredi 14 septembre 2016

Onco-Seq du 14 septembre 2016

Bioinformatique & Big Data
  • Sur son blog, le co-directeur de l'EMBL explique pourquoi "tout le monde gagne au partage de données cliniques" tandis que, sur STAT, la directrice d'une société canadienne spécialisée dans l'anonymisation des données affirme que "le partage de données personnelles de santé est toujours un exercice de gestion des risques."
  • Le gouvernement suisse a dévoilé le lancement d'une infrastructure nationale, Swiss Personalized Health Network, pour le partage de données de patients à des fins de recherche (voir aussi Genome Web). 
  • Dans un long article, Genome Web s'intéresse aux projets d'extension de la base de connaissances CIViC conçue pour "l'interprétation clinique des variants dans les cancers".
  • Des chercheurs de l'Université de Californie à Berkeley développent un logiciel pour la visualisation et l'interprétation des données de séquençage de l'ARN à l'échelle des cellules uniques, FastProjectGenome Web les a longuement interrogés.
  • "Le gouvernement du Canada investit dans de nouveaux projets de recherche sur les mégadonnées en génomique pour résoudre des problèmes concrets", affirme Genome Canada annonçant un investissement de 4 millions (voir aussi Genome Web).

Questions techniques
  • L'auteur du blog Core Genomics a lu avec attention un article sur la technologie de phasage développée par 10X Genomics.
  • Le blog de Golden Helix publie les 3ème et 4ème parties de son opus sur les tests cliniques à base de NGS.
  • En essayant d'extraire des données du fichier dbSNP VCF, l'auteur du blog MassGenomics a pris conscience avec effroi que la base contenait 152,7 millions de variants de référence...

Annonces
  • Dans un communiqué, la société belge OncoDNA annonce une levée de fonds à hauteur de 7,7 millions € (voir FierceBiotech et Genome Web).
  • En Chine, Genome Web a appris que BGI investissait 30 millions $ dans une start-up, Geneplus-Beijing, pour développer des tests de biopsies liquides et autres applications cliniques à base de NGS en oncologie.
  • Aux Etats-Unis, l'Institut de biotechnologie HudsonAlpha a signé un accord avec un réseau de centres de lutte contre le cancer (ORIEN) pour fournir des services de génomique et, notamment, séquencer jusqu'à 20 000 tumeurs d'ici 2019 (voir aussi Genome Web).
  • Dans un communiqué, la société suisse Sophia Genetics dévoile la signature d'un accord de co-marketing avec Illumina pour "accélérer l'adoption du NGS en diagnostic clinique".

Miscellanées
  • Aux Etats-Unis, un comité d'experts a rendu un rapport identifiant 10 axes de travail pour le projet "Objectif Lune en oncologie" (voir ce billet signé par le directeur du NCI, un résumé par The Cancer Letter, Nature, Science, ASCO, AACR, American Cancer Society, Xconomy, Genome Web). Sur le blog Science-Based Medicine, ce billet confronte ces annonces médiatiques à la réalité. En même temps, Nature publie un dossier, sponsorisé par Illumina, sur la médecine de précision: au sein d'un riche sommaire, on y trouve notamment un article d'opinion sur "l'oncologie de précision : une illusion"...
  • En mars dernier, les Académies américaines avaient organisé un workshop sur l'intérêt des "ressources génétiques à large échelle pour la découverte de médicaments": les actes sont désormais publiés.
  • Le premier épisode, perdu par Quiagen, de sa bataille juridique avec Illumina en matière de propriété intellectuelle est rapporté par Genome Web (voir le communiqué de Quiagen).
  • Genome Web s'intéresse dans les détails aux pratiques de séquençage clinique du département de génétique humaine d'un Centre médical néerlandais (Radboud University).
  • L'auteur du blog DNA Science jette un regard critique sur les retombées médiatiques d'une étude parue début août, dans Scientific Reports, sur l'identification de loci de susceptibilité à un mélanome de l'uvée.
  • "Qu'est-ce que le conseil génétique aujourd'hui ?", s'interroge l'auteur du blog The DNA Exchange.
  • L'auteur du blog Omics! Omics! a lu avec attention "un très bon livre", une biographie de Leroy Hood.

Webinars

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 66 patients afro-américains atteints d'un cancer colorectal, cette étude identifie des mutations dans un panel de 15 gènes en association avec un pronostic défavorable dans cette population
Adverse Clinical Outcome Associated With Mutations That Typify African American Colorectal Cancers
Journal of the National Cancer Institute, Vol. 108 (12) , 2016 (résumé)

A partir d'une analyse génomique de 1 000 cellules issues de tumeurs prélevées sur 12 patientes atteintes d'un cancer du sein triplement négatif, cette étude remet en cause le paradigme d'une évolution graduelle de la tumeur en suggérant que la plupart des anomalies de nombres de copies de gènes sont acquises précocement
Punctuated copy number evolution and clonal stasis in triple-negative breast cancer
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 129 patients atteints d'un adénocarcinome de l'œsophage, puis validée sur une cohorte complémentaire de 87 patients, cette étude identifie des profils de mutations permettant de définir 3 sous-types de la maladie
Mutational signatures in esophageal adenocarcinoma define etiologically distinct subgroups with therapeutic relevance
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé) (voir Genome Web)

Cet article passe en revue les défis posés par l'usage des plateformes de séquençage à haut débit pour la prise en charge clinique des patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules de stade avancé
Challenges in molecular testing in non-small-cell lung cancer patients with advanced disease
The Lancet, Vol. 388 (10048) , pp. 1002-1011, 2016 (résumé)

A partir d'échantillons sanguins prélevés sur 102 patients atteints d'un cancer avancé du poumon non à petites cellules, cette étude évalue la faisabilité d'une technique de séquençage à haut débit pour identifier, dans l'ADN circulant librement, des gènes mutés susceptibles d'induire la prescription d'une thérapie ciblée
Detection of therapeutically targetable driver and resistance mutations in lung cancer patients by next generation sequencing of cell-free circulating tumor DNA
Clinical Cancer Research, sous presse, 2016 (résumé)


Lu ailleurs
The impact of personal genomics on risk perceptions and medical decision-making
Nature Biotechnology, sous presse, 2016 (résumé) (voir MIT News et Genome Web)

Stakeholder views on secondary findings in whole-genome and whole-exome sequencing: a systematic review of quantitative and qualitative studies
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (article en libre accès) (voir ce billet d'un blog de Harvard, Bill of Health)

Epidemiology matters: peering inside the “black box” in economic evaluations of genetic testing
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé)

Explorations to improve the completeness of exome sequencing
BMC Medical Genomics, 9:56, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Inferring expressed genes by whole-genome sequencing of plasma DNA
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Clinical Application of Picodroplet Digital PCR Technology for Rapid Detection of EGFR T790M in Next-Generation Sequencing Libraries and DNA from Limited Tumor Samples
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Assessing intratumor heterogeneity and tracking longitudinal and spatial clonal evolutionary history by next-generation sequencing
PNAS, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Combinational analysis of FISH and immunohistochemistry reveals rare genomic events in ALK fusion patterns in NSCLC and responds to crizotinib treatment
Journal of Thoracic Oncology, sous presse, 2016 (résumé)

Clinical Actionability of Comprehensive Genomic Profiling for Management of Rare or Refractory Cancers
The Oncologist, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Fine-grained parallelization of fitness functions in bioinformatics optimization problems: gene selection for cancer classification and biclustering of gene expression data
BMC Bioinformatics, 17:330, 2016 (article en libre accès)
BMC Genomics, 17(Suppl 5):499, 2016 (article en libre accès)

Exploring and visualizing multidimensional data in translational research platforms
Briefings in Bioinformatics, sous presse, 2016 (article en libre accès)


mercredi 31 août 2016

Onco-Seq du 31 août 2016

Bioinformatique et Big Data

  • Le rôle important de Google dans le projet américain Precision Medicine Initiative se clarifie, explique Xconomy (voir aussi cet article de Genome Web à propos d'un partenariat entre Google et Stanford Medicine pour des services de génomique clinique).
  • "Watson en Asie": STAT relaie la signature d'un accord signé par IBM avec des hôpitaux chinois pour utiliser son système d'intelligence artificielle en clinique.
  • Des chercheurs du MIT ont une solution à proposer pour protéger les informations personnelles dans les bases de données génomiques (voir aussi Genome Web).
  • Genome Web s'intéresse au projet GeCo (Data-Driven Genomic Computing) pour lequel Politecnico Milano vient de recevoir un financement de 2,5 millions € par le Conseil européen de la recherche.
  • Selon Genome Web, les National Institutes of Health ont signé un accord avec la société 2bPrecise pour utiliser sa plateforme "permettant de combiner en ligne des informations génomiques, cliniques et de style de vie".
  • "La mine d'or des données d'ADN accumulées par 23andMe rapporte ses premiers bénéfices", explique Fast Company.

Questions techniques

Annonces
  • Genome Web a longuement interrogé le directeur du département "pathologie moléculaire translationnelle" (MD Anderson Cancer Center) à propos du programme APOLLO (Adaptive Patient-Oriented Longitudinal Learning and Optimization) qui, à terme, devrait inclure 2 000 patients pour lesquels seront pratiquées plusieurs biopsies de façon longitudinale (avant, pendant et après traitement).
  • Dans un communiqué, l'Ontario Institute for Cancer Research dévoile un partenariat avec Thermo Fisher pour l'usage de son test NGS Oncomine dans le cadre d'une étude rétrospective sur 400 patientes atteintes d'un cancer du sein et, dans un futur proche (1-2 ans), pour mener un essai "basket" (voir aussi Genome Web).
  • Le développement d'outils pour l'analyse génomique à l'échelle d'une seule cellule fait l'objet d'un nouveau partenariat signé par Illumina avec la société de bioinformatique FlowJow.
  • Situé en Nouvelle-Galles du Sud (Australie), le centre de génomique du Garvan Institute for Medical Research affirme réaliser le séquençage de plus de 1 000 génomes par mois, pour des applications en clinique et en recherche (voir aussi Genome Web).
  • "Vous voulez jeter un oeil sur la séquence de votre génome? Nous cherchons des bêta-testeurs pour notre appli seeq.io", lance sur Twitter l'un des co-fondateurs de cette société qui propose un prix défiant toutes concurrences : 50$.

Miscellanées

  • La NASA se félicite du "premier séquençage de l'ADN dans l'espace", réalisé à l'aide d'un système MinION.
  • Oxford Nanopore, le fabricant du système MinION, et Illumina ont conclu un accord pour mettre un terme à leur litige en matière de propriété intellectuelle, rapporte Genome Web (voir aussi cet article balayant les rumeurs d'un rachat d'Illumina par Thermo Fisher).
  • Genome Web analyse "les efforts menés sur plusieurs fronts par Foundation Medicine pour accroître les remboursements de ses tests génomiques par des organismes publics et privés aux Etats-Unis et ailleurs dans le monde" (voir aussi ces deux communiqués de la société, le premier sur le dépôt d'un dossier d'autorisation auprès de la FDA, le second sur le lancement d'un test pour prédire la réponse aux immunothérapies anticancéreuses).
  • "Un nouvel entrant dans le club aux millions de génomes?", s'interroge PHG Foundation à propos d'un projet présenté par l'European Alliance for Precision Medicine (voir aussi cet article de Genome Web réalisé à partir d'un entretien avec le directeur de l'EAPM).
  • Dans un communiqué, les National Institutes of Health relaient les résultats d'un sondage qui, réalisé auprès d'un échantillon représentatif de la population américaine, démontre "un large soutien national au programme Precision Medicine Initiative Cohort" (voir aussi, sur le blog Genomics and Health Impact, ce billet à propos d'un débat organisé autour de l'impact de la médecine de précision sur la santé des populations).
  • Genome Web a interrogé le fondateur d'une start-up, Cure Forward, qui vise à faciliter -pour les patients- la recherche d'un essai clinique à partir du profil génomique de leur tumeur.
  • La stratégie agressive de Roche en matière d'acquisitions dans le domaine des tests et plateformes de diagnostic fait l'objet d'une analyse détaillée par Genome Web
  • Sur son blog, enlightenbio annonce la sortie de sa dernière publication: NGS Data Analysis & Interpretation Ecosystem Analysis Report (prix : 1 695 $).
  • Le dernier numéro du magazine Front Line Genomics est en ligne (pdf).
  • L'auteur du blog The Genome's Take, qui vient de quitter son poste d'éditeur pour PLoS Genetics, saisit cette occasion pour réfléchir sur le processus du peer review.
  • Mendelspod a dressé une drôle de liste de questions génomiques pour les candidats à la présidence des Etats-Unis...

Conférences et webinar


Lu dans Nota Bene Cancer
A partir d'échantillons sanguins prélevés à plusieurs moments du cours de la maladie sur 74 patients atteints d'une leucémie myéloïde aiguë, puis à l'aide de xénogreffes, cette étude française identifie l'évolution des mutations et translocations de la population clonale maligne
Genetic hierarchy and temporal variegation in the clonal history of acute myeloid leukaemia
Nature Communications, Vol. 7 , 2016 (article en libre accès)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 42 patients atteints d'un mésothéliome malin, cette étude identifie un ensemble d'anomalies génomiques, les gènes les plus fréquemment altérés étant BAP1, NF2 et CDKN2A/B
Genomic Landscape of Malignant Mesotheliomas
Molecular Cancer Therapeutics, sous presse, 2016 (résumé)

Cet article passe en revue les travaux récents sur l'identification d'anomalies génomiques impliquées dans le développement et la progression d'un myélome multiple, puis analyse les perspectives cliniques offertes par ces découvertes
Genomic complexity of multiple myeloma and its clinical implications
Nature Reviews Clinical Oncology, sous presse, 2016 (résumé)

A partir de données de 4 cohortes incluant 1 162 patients atteints de sarcome (âge médian : 46 ans), cette étude internationale évalue l'association entre des variants pathogènes monogéniques ou polygéniques et le risque de la maladie
Monogenic and polygenic determinants of sarcoma risk: an international genetic study
The Lancet Oncology, sous presse, 2016 (résumé)
Are sarcomas hereditary?
The Lancet Oncology, sous presse, 2016 (commentaire)

Cet article passe en revue les perspectives offertes par les technologies de séquençage à haut débit pour identifier des biomarqueurs susceptibles de prédire la réponse à une immunothérapie anticancéreuse (anti PD-1, anti PD-L1, anti CTLA4...)
Mutational Landscape and Sensitivity to Immune Checkpoint Blockers
Clinical Cancer Research, sous presse, 2016 (résumé)

A partir d'échantillons sanguins prélevés sur deux cohortes de patients (93 patientes atteintes d'un cancer métastatique du sein, 46 patients atteints de divers types de cancer), cette étude française évalue les performances d'une méthode d'analyse des mutations de l'ADN tumoral circulant
Improving the performance of somatic mutation identification by recovering circulating tumor DNA mutations
Cancer Research, sous presse, 2016 (résumé)

Lu ailleurs
Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans
Nature, Vol. 536, pp. 285–291, 2016 (article en libre accès) (voir ce billet du blog de l'un des auteurs-Dan MacArthur, Nature, STAT, The Guardian et Genome Web

Allele-Specific Quantification of Structural Variations in Cancer Genomes
Cell Systems, Vol. (1), pp. 21–34, 2016 (résumé) (voir Genome Web)

OpEx - a validated, automated pipeline optimised for clinical exome sequence analysis
Scientific Reports, 6:31029, 2016 (article en libre accès) (voir ce billet sur le site Transforming Genetic Medicine Initiative)

Will Precision Medicine Improve Population Health?
JAMA, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Who should have access to genomic data and how should they be held accountable? Perspectives of Data Access Committee members and experts
European Journal of Human Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Eliciting preferences on secondary findings: the Preferences Instrument for Genomic Secondary Results
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé)

Aromatase inhibition remodels the clonal architecture of estrogen-receptor-positive breast cancers
Nature Communications, 7:12498, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Loss of cohesin complex components STAG2 or STAG3 confers resistance to BRAF inhibition in melanoma
Nature Medicine, sous presse, 2016 (résumé) (voir Genome Web)

Inferring expressed genes by whole-genome sequencing of plasma DNA
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Genome-wide quantification of rare somatic mutations in normal human tissues using massively parallel sequencing
PNAS, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Genome-wide association study identifies 14 novel risk alleles associated with basal cell carcinoma
Nature Communications, 7:12510, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web et ce billet du blog de 23andMe)

Candidate-gene criteria for clinical reporting: diagnostic exome sequencing identifies altered candidate genes among 8% of patients with undiagnosed diseases
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Genome-Wide SNP Calling from Genotyping by Sequencing (GBS) Data: A Comparison of Seven Pipelines and Two Sequencing Technologies
PLoS ONE, 11(8): e0161333, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Characterization of MinION nanopore data for resequencing analyses
Briefings in Bioinformatics, sous presse, 2016 (résumé)

DSBCapture: in situ capture and sequencing of DNA breaks
Nature Methods, sous presse, 2016 (résumé)

Representing genetic variation with synthetic DNA standards
Nature Methods, sous presse, 2016 (résumé) (voir Genome Web)

Non-coding RNA: Current Deep Sequencing Data Analysis Approaches and Challenges
Human Mutation, sous presse, 2016 (résumé)

MuSE: accounting for tumor heterogeneity using a sample-specific error model improves sensitivity and specificity in mutation calling from sequencing data
Genome Biology, 17:178, 2016 (article en libre accès)

A new correlation clustering method for cancer mutation analysis
Bioinformatics, sous presse, 2016 (résumé)

Cas-Analyzer: an online tool for assessing genome editing results using NGS data
Bioinformatics, sous presse, 2016 (en libre accès)

AlmostSignificant: Simplifying quality control of high-throughput sequencing data
Bioinformatics, sous presse, 2016 (en libre accès)

Onco-Regulon: an integrated database and software suite for site specific targeting of transcription factors of cancer genes
Database, sous presse, 2016 (article en libre accès)

DNA damage is a major cause of sequencing errors, directly confounding variant identification.
BioRxiv, 19 août 2016 (article en libre accès)

Gene name errors are widespread in the scientific literature
Genome Biology, 17-177, 2016 (article en libre accès)

mardi 2 août 2016

Onco-Seq du 2 août 2016

Bioinformatique & Big Data
  • Le blog de Stanford Medicine présente un outil en ligne qui offre aux patients atteints d'un cancer "une méthode facile d'utilisation pour partager leurs données de santé anonymisées" : CancerBase (voir aussi, sur le blog de DNAnexus, le résumé d'un workshop organisé à Stanford autour de la bioinformatique dans le "cloud").
  • Dans Nature Genetics, un éditorial analyse les enjeux liés à la formation d'experts pour mener à bien le projet lancé en avril dernier par la Commission européenne: European Open Science Cloud (voir aussi, sur le blog Small Change Bioinformatics, les notes prises par son auteur lors de la Bioinformatics Open Source Conference à Orlando).
  • Dans un long article, Bio-IT World s'intéresse au Collaborative Cancer Cloud qui, développé par Intel, n'a pas été retenu par le NCI pour son propre projet pilote dans ce domaine (voir aussi, sur Genome Web, cet article sur les problèmes budgétaires rencontrés par l'agence américaine censée développer des référentiels d'interopératibilité dans le cadre de l'initiative Precision Medicine).
  • Pour assurer un accès sécurisé aux informations de son projet 100 000 Genomes, Genomics England a choisi la technologie de bureau virtuel développée par Inuvika.
  • Dans un communiqué, Sophia Genetics a dévoilé sa technologie d'intelligence artificielle SOPHIA qui, selon son PDG interrogé par Genome Web, "devrait démocratiser de façon spectaculaire l'usage de données génomiques dans les diagnostics cliniques."

Questions techniques
  • GenoHub dévoile la nouvelle version de son moteur de recherche.
  • L'auteur du blog CoreGenomics décrypte la technologie développée par 10XGenomics pour l'analyse RNA-Seq de cellules uniques (voir aussi ce billet sur la mise en ligne d'un nouveau site Enseqlopedia.com).
  • Genome Web s'intéresse à la technologie utilisée par Thermo Fisher pour son nouveau test de biopsie liquide (voir aussi cet article résumant un workshop à la FDA autour de l'avenir des biopsies liquides).
  • "La mutation est-elle pathogène? Oui? Non? Peut-être... Comment parvenir à un consensus?", s'interroge ce billet  sur le site du Broad Institute.

Annonces
  • Sur son site, Vall d'Hebron Institute of Oncology annonce une collaboration entre six centres barcelonais pour développer une plateforme NGS.
  • Dans un communiqué, NantHealth dévoile un partenariat avec l'université de l'Utah pour constituer une cohorte de 1 000 personnes atteintes d'une maladie rare, notamment des cancers, et analyser leur génome entier (voir aussi Genome Web et, sur PHG Foundation, ce billet présentant un rapport sur l'intérêt d'un séquençage du génome entier pour l'évaluation du risque de cancer du sein).
  • Genome Web a longuement interrogé un vice-président de Qiagen à propos du lancement d'un ensemble de panels NGS basés sur leur Molecular Index Technology.
  • Illumina recrute une équipe de spécialistes en réglementation en vue d'un premier dépôt de dossier auprès de la FDA, explique Genome Web (voir aussi cet article sur les résultats financiers de l'entreprise et ce communiqué dévoilant l'entrée au conseil d'administration d'un vice-président d'Apple).
  • Un réseau d'hôpitaux situés à Chicago s'apprête à lancer une étude pour valider l'intérêt d'évaluer un risque de cancer à partir d'une analyse génomique chez des patients d'âge compris entre 40 et 70 ans, rapporte Genome Web.
  • Selon FierceBiotech, la société Sequenom, spécialisée dans les tests prénatals, a été rachetée par LabCorp pour 371 millions $.

Miscellanées

  • STAT publie une saga, Game of Genomes (impressionnante dans le fond et la forme), où le journaliste Carl Zimmer décrit ses pérégrinations dans le monde de la recherche pour donner du sens à la séquence complète de son génome.
  • "Dans le monde de la médecine des cancers, la bureaucratie se révèle parfois un adversaire aussi récalcitrant qu'une tumeur", déplore The Atlantic.
  • La publication, par la FDA, de recommandations sur l'encadrement réglementaire des tests in vitro à base de technologies NGS (voir Onco-Seq du 8 juillet) continue d'alimenter les pages de Genome Web (ici, ici, ici et ici - voir aussi cet article à propos d'autres recommandations sur le co-développement de médicaments et de tests compagnons).
  • L'auteur du blog in between lines of code a mis à jour son graphique visualisant l'évolution des performances des systèmes de séquençage à haut débit.
  • Sur le blog Genomics and Health Impact (CDC), cet article dresse une liste de 5 idées fausses sur le rôle de la génomique en santé publique.
  • "Le PDG de la société Helix prédit que, d'ici 20 ans, 90% de la population mondiale aura été séquencée", rapporte Genome Web.
  • MIT Technology Review s'intéresse aux projets de la société Global Gene Corp, basée à Singapour, en matière de génomique en population indienne; la revue a également interrogé Craig Venter sur la montée en puissance des capacités de sa société Human Longevity Inc.
  • Nature a mis en ligne une collection d'articles sur la génomique des cancers.

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 64 patientes atteintes d'un cancer du sein HER2+ en France, cette étude identifie, sur la base de données d'expression de gènes, quatre sous-groupes de la maladie exhibant des caractéristiques distinctes en termes de mutations somatiques, de changements du nombre de copies de gènes ou de variations structurales
A whole-genome sequence and transcriptome perspective on HER2-positive breast cancers
Nature Communications, Vol. 7 , 2016 (article en libre accès)

A partir de 174 échantillons tumoraux prélevés (dans le cadre du projet "The Cancer Genome Atlas") sur 174 patientes atteintes d'un cancer de l'ovaire, cette étude dresse le catalogue des anomalies génomiques et protéomiques identifiées dans les carcinomes séreux de haut grade (169 cas)
Integrated Proteogenomic Characterization of Human High-Grade Serous Ovarian Cancer
Cell, sous presse, 2016 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 151 patients atteints d'un cancer de la tête et du cou récidivant et/ou métastatique, cette étude identifie un ensemble d'anomalies moléculaires susceptibles d'induire la prescription d'une thérapie ciblée
The molecular landscape of recurrent and metastatic head and neck cancers: Insights from a precision oncology sequencing platform
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Menée sur 692 patients atteints d'un cancer métastatique de la prostate, cette étude identifie, pour 11,8% d'entre eux, la présence de mutations constitutionnelles de gènes impliqués dans la réparation de l'ADN
Inherited DNA-Repair Gene Mutations in Men with Metastatic Prostate Cancer
New England Journal of Medicine, sous presse, 2016 (article en libre accès)

A partir de données portant sur 112 349 cas de cancer (sein, ovaire, prostate) et 116 421 témoins en population d'origine européenne, cette méta-analyse identifie plusieurs loci de susceptibilité communs à deux -voire trois- types de cancer
Genome-Wide Meta-Analyses of Breast, Ovarian, and Prostate Cancer Association Studies Identify Multiple New Susceptibility Loci Shared by at Least Two Cancer Types
Cancer Discovery, sous presse, 2016 (résumé)

Menée sur 70 patients atteints d'un neuroblastome, cette étude évalue la faisabilité et, par comparaison avec l'analyse de la tumeur primitive au diagnostic, les performances d'une plateforme d'analyse génomique de l'ADN tumoral circulant librement
Genomic copy number profiling using circulating free tumor DNA highlights heterogeneity in neuroblastoma
Clinical Cancer Research, sous presse, 2016 (résumé)

Cet article passe en revue les travaux récents sur le développement de biomarqueurs, à l'aide de technologies de séquençage, permettant de prédire la réponse à une immunothérapie bloquant un point de contrôle immunitaire
Mutational Landscape and Sensitivity to Immune Checkpoint Blockers
Clinical Cancer Research, sous presse, 2016 (résumé)

A partir de données portant sur 62 patients atteints d'un cancer rectal avec défaut de réparation des mésappariements (DRM) de l'ADN entre 1992 et 2012, cette étude analyse l'intérêt de détecter un DRM pour la prise en charge des patients
DNA Mismatch Repair Deficiency in Rectal Cancer: Benchmarking Its Impact on Prognosis, Neoadjuvant Response Prediction, and Clinical Cancer Genetics
Journal of Clinical Oncology, sous presse, 2016 (résumé)

A partir de 1 046 échantillons sanguins prélevés sur 230 patients ayant subi une résection d'une tumeur du côlon de stade II, cette étude montre qu'une analyse de l'ADN tumoral circulant permet d'identifier les patients à haut risque de récidive
Circulating tumor DNA analysis detects minimal residual disease and predicts recurrence in patients with stage II colon cancer
Science Translational Medicine, Vol. 8 (346) , pp. 346ra92-346ra92, 2016 (résumé) (voir Genome Web)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 4 patients atteints d'un mélanome métastatique ayant progressé après une phase de réponse au pembrolizumab, cette étude identifie un ensemble de mutations associées à la résistance thérapeutique
Mutations Associated with Acquired Resistance to PD-1 Blockade in Melanoma
New England Journal of Medicine, sous presse, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Lu ailleurs
2016 ACMG Annual Meeting presidential address: the practice of medical genetics: myths and realities
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé)

Stratified, precision or personalised medicine? Cancer services in the ‘real world’ of a London hospital
Sociology of Health & Ilness, sous presse, 2016 (article en libre accès)

The impact of tumor profiling approaches and genomic data strategies for cancer precision medicine
Genome Medicine, 8:79, 2016 (article en libre accès)

Health Care Infrastructure for Financially Sustainable Clinical Genomics
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Systematic reanalysis of clinical exome data yields additional diagnoses: implications for providers
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé) (voir Genome Web)

4th Generation of NGS Technologies: Promise and Consequences
Human Mutation, sous presse, 2016 (résumé)

Real-time selective sequencing using nanopore technology
Nature Methods, sous presse, 2016 (résumé)

Diagnostic Detection of Allelic Losses and Imbalances by Next-Generation Sequencing
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Certified DNA Reference Materials to Compare HER2 Gene Amplification Measurements Using Next-Generation Sequencing Methods
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Evaluation of an amplicon-based next-generation sequencing panel for detection of BRCA1 and BRCA2 genetic variants
Breast Cancer Research and Treatment, 158:433, 2016 (résumé)

A Highly Sensitive and Quantitative Test Platform for Detection of NSCLC EGFR Mutations in Urine and Plasma
Journal of Thoracic Oncology, sous presse, 2016 (résumé) (voir Genome Web)

Intratumoral genetic heterogeneity and number of cytogenetic aberrations provide additional prognostic significance in chronic lymphocytic leukemia
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé)

Comprehensive Screening of Gene Copy Number Aberrations in Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Solid Tumors Using Molecular Inversion Probe–Based Single-Nucleotide Polymorphism Array
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

The Doppelgänger Effect: Hidden Duplicates in Databases of Transcriptome Profiles
Journal of the National Cancer Institute, 108 (11): djw146, 2016 (résumé)

Analysis of chromosomal aberrations and recombination by allelic bias in RNA-Seq
Nature Communications, 7:12144, 2016 (article en libre accès)

Development and validation of a whole-exome sequencing test for simultaneous detection of point mutations, indels and copy-number alterations for precision cancer care
npj Genomic Medicine, 1:16019, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Fragment Length of Circulating Tumor DNA
PLoS Genetics, 12(7): e1006162, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

OpenGeneMed: a portable, flexible and customizable informatics hub for the coordination of next-generation sequencing studies in support of precision medicine trials
Briefings in Bioinformatics, sous presse, 2016 (résumé)

LEON-BIS: multiple alignment evaluation of sequence neighbours using a Bayesian inference system
BMC Bioinformatics, 17:271, 2016 (article en libre accès)

SIFORM: shared informative factor models for integration of multi-platform bioinformatic data
Bioinformatics, sous presse, 2016 (résumé)

vendredi 8 juillet 2016

Onco-Seq du 8 juillet 2016

Amérique du Nord
  • Aux Etats-Unis, le vice-président Joe Biden a organisé un "Sommet" national pour dévoiler un ensemble d'actions associées au programme "Cancer Moonshot," dont l'un des thèmes majeurs concerne le partage de données:
    • "Le combustible de la fusée Biden, c'est du Big Data", explique notamment MIT Technology Review.
    • Les National Institutes of Health ont annoncé un accord avec Foundation Medicine pour intégrer des données portant sur 18 000 patients dans la base Genomic Data Commons (voir Genome Web et Forbes).
    • IBM met à disposition sa technologie Watson for Genomics à disposition du système de soins des Anciens Combattants (voir Genome Web).
    • DNAnexus s'engage sur le développement d'une plateforme appelée Integrated Data Engagement Analytics (voir un compte-rendu du "Sommet' par le PDG de DNAnexus, dans The Economist cet article sur les diverses sociétés opérant dans ce domaine, ainsi que Bio-IT World).
  • Peu après, le président Barack Obama a publié un éditorial dans le Boston Globe pour relayer une série d'annonces autour de l'initiative Precision Medicine (voir ce communiqué des NIH, ScienceGenome WebForbes, XconomyReuters et San Diego Union Tribune). L'un des projets, sur le rôle de la génétique dans le cancer du sein chez les femmes afro-américaines, est analysé par Genome Web
  • Par ailleurs, la FDA a publié deux recommandations sur l'encadrement réglementaire des tests in vitro à base de technologies NGS (voir la réaction approbatrice d'Illumina, ce billet du blog FDA Law et, sur un thème voisin, cet ouvrage publié par The National Academies Press résumant un workshop récent sur l'implémentation des technologies génomiques dans la pratique clinique).
  • De son côté, Bio-IT World s'intéresse à une initiative similaire, quoique de moindre ampleur, menée au Canada.

Bioinformatique & Big Data
  • Genome Web s'intéresse au lancement de son premier logiciel par la société belge Diploid, dont le slogan est "nous transformons des données génomiques en diagnostics": comme l'explique le communiqué, InHelix a été conçu spécialement pour l'analyse des variants de nombre de copies dans les maladies rares.
  • L'offre de la société néerlandaise InsideDNA, qui développe une plateforme sur Google pour permettre "des analyses génomiques reproductibles", a également suscité l'intérêt de Genome Web.
  • Le directeur d'un nouveau centre de biologie informatique à Brown University, qui a reçu une subvention de 11,5 millions $ sur 5 ans par les NIH, a été longuement interviewé par Genome Web.
  • BioMedCentral a lancé un nouveau journal : Big Data Analytics.
  • Le cabinet de consultants RNCOS a publié une étude sur le marché global de la bioinformatique à l'horizon 2022 (prix : 1 280€).

Questions techniques
  • "Pour l'analyse et l'interprétation des données de séquençage, biologistes et cliniciens doivent continuer à travailler main dans la main", explique l'auteur du blog enligntenbio.
  • "Qui veut s'aventurer avec moi dans le monde merveilleux du séquençage sélectif à l'aide de technologies nanopores?", demande l'auteur du blog Omics! Omics! (voir aussi ce billet de Core Genomics).
  • L'auteur du blog Core Genomics décrypte un article récent sur la comparaison de kits de préparation de bibliothèques d'ADN.

Annonces
  • Dans un communiqué, la société MolecularMD a dévoilé un accord avec Illumina pour développer des tests compagnons (voir aussi Genome Web).
  • "Elsevier et Illumina ont signé un accord sur l'intégration de la base de données Pathway Studio de la première dans la plateforme BaseSpace Correlation Engine de la seconde", rapporte Genome Web.
  • Selon Fierce Biotech, la société Perthera, spécialisée dans "l'analyse de précision en oncologie", a réussi une levée de fonds de 8,7 millions $.
  • Dans un communiqué, Cancer Genetics annonce l'autorisation, par l'Etat de New York, de son test NGS à base d'un panel de gènes dans la leucémie lymphocytaire chronique.


Miscellanées
  • Le rapport France Médecine Génomique 2025 (voir Onco-Seq du 23 juin) a attiré l'attention de Genome Web, du CEO de Sophia Genetics et du site anglais PHG Foundation qui livre une intéressante comparaison avec le projet 100,000 Genomes (celui-ci vient de dépasser la barre des 10 000 séquences de génome entier). En parallèle, l'AP-HP et Integragen ont dévoilé la signature d’un accord-cadre visant à développer, pour les projets de recherche et de recherche clinique, des solutions de séquençage à très haut débit (voir aussi Genome Web).
  • Le partage des données médicales personnelles est une entreprise à haut risque comme le démontre l'abandon, par le gouvernement britannique, du projet de base de données du National Health Service : care.data (voir The Guardian, BBC News et PHG Foundation).
  • "Vous voulez connaître vos données génétiques? La réponse n'est pas simple", explique le Wall Street Journal tandis que, dans un long article, Genome Web s'intéresse à un projet appelé LawSeq, financé par les NIH, visant à "clarifier les enjeux liés au consentement, aux standards et à la responsabilité juridique" en médecine génomique (écouter aussi, sur Mendelspod, cet entretien avec Kari Stefansson, PDG de deCODE genetics : "connais-toi toi même"; lire encore cet article de Genome Web à propos d'une start-up californienne, Genomics Personalized Health, qui "aide les consommateurs à obtenir et analyser leurs données génomiques"; enfin, visionner sur STAT la bande annonce d'un documentaire intitulé "Game of Genomes" à propos de l'expérience d'un journaliste ayant fait séquencer son génome).
  • "Des gènes à la santé publique 1996-2016: le train a quitté la gare": sur le blog Genomics and Health Impact (CDC), le directeur de l'Office of Public Health Genomics appelle ses lecteurs à contribuer à une réflexion collective sur l'avenir de la génomique et de la médecine de précision.
  • Selon un juriste interrogé par Mendelspod, une récente décision de la Cour Suprême des Etats-Unis à propos d'un brevet revendiqué par Sequenom "représente une menace pour la médecine personnalisée" (voir aussi Genome Web).

Conférences et webinars
A venir: 
Dans le rétroviseur:

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas" et menée in vitro, cette étude évalue l'intérêt d'un algorithme pour caractériser les conséquences fonctionnelles de mutations somatiques et, notamment, prédire la sensibilité de cellules cancéreuses à une thérapie ciblée
Functional characterization of somatic mutations in cancer using network-based inference of protein activity
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

A partir de 95 échantillons plasmatiques prélevés sur 43 patients atteints d'un cancer métastatique de la prostate, cette étude met en évidence un haut degré de plasticité du génome tumoral au cours de la progression de la maladie
Whole-genome plasma sequencing reveals focal amplifications as a driving force in metastatic prostate cancer
Nature Communications, Vol. 7 , 2016 (article en libre accès)

Cette étude présente un algorithme appelé PiCnIc ("Pipeline for Cancer Inference") visant à identifier l'évolution somatique sous-jacente d'un ensemble de tumeurs à partir de données de séquençage à haut débit
Algorithmic methods to infer the evolutionary trajectories in cancer progression
Proceedings of the National Academy of Sciences, sous presse, 2016 (résumé)

Menée sur un total de 6 558 patients atteints d'un cancer colorectal familial et 8 401 témoins, cette étude de séquençage de l'exome identifie 3 gènes (POT1, POLE2 et MRE11) dont les mutations sont associées à un risque de cancer colorectal
Rare disruptive mutations and their contribution to the heritable risk of colorectal cancer
Nature Communications, Vol. 7 , 2016 (article en libre accès)

Lu ailleurs
Deep Sequencing of 10,000 Human Genomes
BiorXiv, 1er juillet 2016 (article en libre accès)

Making sense of big data in health research: Towards an EU action plan
Genome Medicine, 8:71, 2016 (article en libre accès)

Clinical Next-Generation Sequencing Pipeline Outperforms a Combined Approach Using Sanger Sequencing and Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification in Targeted Gene Panel Analysis
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Long-read sequencing and de novo assembly of a Chinese genome
Nature Communications, 7:12065, 2016 (article en libre accès) (voir ce billet du blog de Pacific Biosciences)

Computational genomics tools for dissecting tumour–immune cell interactions
Nature Reviews Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

MonoSeq Variant Caller Reveals Novel Mononucleotide Run Indel Mutations in Tumors with Defective DNA Mismatch Repair
Human Mutation, sous presse, 2016 (résumé)

VarI-SIG 2015: methods for personalized medicine – the role of variant interpretation in research and diagnostics
BMC Genomics, 17(Suppl 2):425, 2016 (article en libre accès)

Rapid genotype imputation from sequence without reference panels
Bioinformatics, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Vecuum: identification and filtration of false somatic variants caused by recombinant vector contamination
Bioinformatics, sous presse, 2016 (résumé)

Heat*seq: an interactive web tool for high-throughput sequencing experiment comparison with public data
Bioinformatics, sous presse, 2016 (article en libre accès)

TP53 Variations in Human Cancers: New Lessons from the IARC TP53 Database and Genomics Data
Human Mutation, sous presse, 2016 (résumé)

Epigenome-wide Association Studies and the Interpretation of Disease -Omics
PLoS Genetics, 12(6): e1006105, 2016 (article en libre accès)

Democratizing DNA Fingerprinting
BiorXiv, 30 juin 2016 (article en libre accès)