mardi 2 août 2016

Onco-Seq du 2 août 2016

Bioinformatique & Big Data
  • Le blog de Stanford Medicine présente un outil en ligne qui offre aux patients atteints d'un cancer "une méthode facile d'utilisation pour partager leurs données de santé anonymisées" : CancerBase (voir aussi, sur le blog de DNAnexus, le résumé d'un workshop organisé à Stanford autour de la bioinformatique dans le "cloud").
  • Dans Nature Genetics, un éditorial analyse les enjeux liés à la formation d'experts pour mener à bien le projet lancé en avril dernier par la Commission européenne: European Open Science Cloud (voir aussi, sur le blog Small Change Bioinformatics, les notes prises par son auteur lors de la Bioinformatics Open Source Conference à Orlando).
  • Dans un long article, Bio-IT World s'intéresse au Collaborative Cancer Cloud qui, développé par Intel, n'a pas été retenu par le NCI pour son propre projet pilote dans ce domaine (voir aussi, sur Genome Web, cet article sur les problèmes budgétaires rencontrés par l'agence américaine censée développer des référentiels d'interopératibilité dans le cadre de l'initiative Precision Medicine).
  • Pour assurer un accès sécurisé aux informations de son projet 100 000 Genomes, Genomics England a choisi la technologie de bureau virtuel développée par Inuvika.
  • Dans un communiqué, Sophia Genetics a dévoilé sa technologie d'intelligence artificielle SOPHIA qui, selon son PDG interrogé par Genome Web, "devrait démocratiser de façon spectaculaire l'usage de données génomiques dans les diagnostics cliniques."

Questions techniques
  • GenoHub dévoile la nouvelle version de son moteur de recherche.
  • L'auteur du blog CoreGenomics décrypte la technologie développée par 10XGenomics pour l'analyse RNA-Seq de cellules uniques (voir aussi ce billet sur la mise en ligne d'un nouveau site Enseqlopedia.com).
  • Genome Web s'intéresse à la technologie utilisée par Thermo Fisher pour son nouveau test de biopsie liquide (voir aussi cet article résumant un workshop à la FDA autour de l'avenir des biopsies liquides).
  • "La mutation est-elle pathogène? Oui? Non? Peut-être... Comment parvenir à un consensus?", s'interroge ce billet  sur le site du Broad Institute.

Annonces
  • Sur son site, Vall d'Hebron Institute of Oncology annonce une collaboration entre six centres barcelonais pour développer une plateforme NGS.
  • Dans un communiqué, NantHealth dévoile un partenariat avec l'université de l'Utah pour constituer une cohorte de 1 000 personnes atteintes d'une maladie rare, notamment des cancers, et analyser leur génome entier (voir aussi Genome Web et, sur PHG Foundation, ce billet présentant un rapport sur l'intérêt d'un séquençage du génome entier pour l'évaluation du risque de cancer du sein).
  • Genome Web a longuement interrogé un vice-président de Qiagen à propos du lancement d'un ensemble de panels NGS basés sur leur Molecular Index Technology.
  • Illumina recrute une équipe de spécialistes en réglementation en vue d'un premier dépôt de dossier auprès de la FDA, explique Genome Web (voir aussi cet article sur les résultats financiers de l'entreprise et ce communiqué dévoilant l'entrée au conseil d'administration d'un vice-président d'Apple).
  • Un réseau d'hôpitaux situés à Chicago s'apprête à lancer une étude pour valider l'intérêt d'évaluer un risque de cancer à partir d'une analyse génomique chez des patients d'âge compris entre 40 et 70 ans, rapporte Genome Web.
  • Selon FierceBiotech, la société Sequenom, spécialisée dans les tests prénatals, a été rachetée par LabCorp pour 371 millions $.

Miscellanées

  • STAT publie une saga, Game of Genomes (impressionnante dans le fond et la forme), où le journaliste Carl Zimmer décrit ses pérégrinations dans le monde de la recherche pour donner du sens à la séquence complète de son génome.
  • "Dans le monde de la médecine des cancers, la bureaucratie se révèle parfois un adversaire aussi récalcitrant qu'une tumeur", déplore The Atlantic.
  • La publication, par la FDA, de recommandations sur l'encadrement réglementaire des tests in vitro à base de technologies NGS (voir Onco-Seq du 8 juillet) continue d'alimenter les pages de Genome Web (ici, ici, ici et ici - voir aussi cet article à propos d'autres recommandations sur le co-développement de médicaments et de tests compagnons).
  • L'auteur du blog in between lines of code a mis à jour son graphique visualisant l'évolution des performances des systèmes de séquençage à haut débit.
  • Sur le blog Genomics and Health Impact (CDC), cet article dresse une liste de 5 idées fausses sur le rôle de la génomique en santé publique.
  • "Le PDG de la société Helix prédit que, d'ici 20 ans, 90% de la population mondiale aura été séquencée", rapporte Genome Web.
  • MIT Technology Review s'intéresse aux projets de la société Global Gene Corp, basée à Singapour, en matière de génomique en population indienne; la revue a également interrogé Craig Venter sur la montée en puissance des capacités de sa société Human Longevity Inc.
  • Nature a mis en ligne une collection d'articles sur la génomique des cancers.

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 64 patientes atteintes d'un cancer du sein HER2+ en France, cette étude identifie, sur la base de données d'expression de gènes, quatre sous-groupes de la maladie exhibant des caractéristiques distinctes en termes de mutations somatiques, de changements du nombre de copies de gènes ou de variations structurales
A whole-genome sequence and transcriptome perspective on HER2-positive breast cancers
Nature Communications, Vol. 7 , 2016 (article en libre accès)

A partir de 174 échantillons tumoraux prélevés (dans le cadre du projet "The Cancer Genome Atlas") sur 174 patientes atteintes d'un cancer de l'ovaire, cette étude dresse le catalogue des anomalies génomiques et protéomiques identifiées dans les carcinomes séreux de haut grade (169 cas)
Integrated Proteogenomic Characterization of Human High-Grade Serous Ovarian Cancer
Cell, sous presse, 2016 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 151 patients atteints d'un cancer de la tête et du cou récidivant et/ou métastatique, cette étude identifie un ensemble d'anomalies moléculaires susceptibles d'induire la prescription d'une thérapie ciblée
The molecular landscape of recurrent and metastatic head and neck cancers: Insights from a precision oncology sequencing platform
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Menée sur 692 patients atteints d'un cancer métastatique de la prostate, cette étude identifie, pour 11,8% d'entre eux, la présence de mutations constitutionnelles de gènes impliqués dans la réparation de l'ADN
Inherited DNA-Repair Gene Mutations in Men with Metastatic Prostate Cancer
New England Journal of Medicine, sous presse, 2016 (article en libre accès)

A partir de données portant sur 112 349 cas de cancer (sein, ovaire, prostate) et 116 421 témoins en population d'origine européenne, cette méta-analyse identifie plusieurs loci de susceptibilité communs à deux -voire trois- types de cancer
Genome-Wide Meta-Analyses of Breast, Ovarian, and Prostate Cancer Association Studies Identify Multiple New Susceptibility Loci Shared by at Least Two Cancer Types
Cancer Discovery, sous presse, 2016 (résumé)

Menée sur 70 patients atteints d'un neuroblastome, cette étude évalue la faisabilité et, par comparaison avec l'analyse de la tumeur primitive au diagnostic, les performances d'une plateforme d'analyse génomique de l'ADN tumoral circulant librement
Genomic copy number profiling using circulating free tumor DNA highlights heterogeneity in neuroblastoma
Clinical Cancer Research, sous presse, 2016 (résumé)

Cet article passe en revue les travaux récents sur le développement de biomarqueurs, à l'aide de technologies de séquençage, permettant de prédire la réponse à une immunothérapie bloquant un point de contrôle immunitaire
Mutational Landscape and Sensitivity to Immune Checkpoint Blockers
Clinical Cancer Research, sous presse, 2016 (résumé)

A partir de données portant sur 62 patients atteints d'un cancer rectal avec défaut de réparation des mésappariements (DRM) de l'ADN entre 1992 et 2012, cette étude analyse l'intérêt de détecter un DRM pour la prise en charge des patients
DNA Mismatch Repair Deficiency in Rectal Cancer: Benchmarking Its Impact on Prognosis, Neoadjuvant Response Prediction, and Clinical Cancer Genetics
Journal of Clinical Oncology, sous presse, 2016 (résumé)

A partir de 1 046 échantillons sanguins prélevés sur 230 patients ayant subi une résection d'une tumeur du côlon de stade II, cette étude montre qu'une analyse de l'ADN tumoral circulant permet d'identifier les patients à haut risque de récidive
Circulating tumor DNA analysis detects minimal residual disease and predicts recurrence in patients with stage II colon cancer
Science Translational Medicine, Vol. 8 (346) , pp. 346ra92-346ra92, 2016 (résumé) (voir Genome Web)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 4 patients atteints d'un mélanome métastatique ayant progressé après une phase de réponse au pembrolizumab, cette étude identifie un ensemble de mutations associées à la résistance thérapeutique
Mutations Associated with Acquired Resistance to PD-1 Blockade in Melanoma
New England Journal of Medicine, sous presse, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Lu ailleurs
2016 ACMG Annual Meeting presidential address: the practice of medical genetics: myths and realities
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé)

Stratified, precision or personalised medicine? Cancer services in the ‘real world’ of a London hospital
Sociology of Health & Ilness, sous presse, 2016 (article en libre accès)

The impact of tumor profiling approaches and genomic data strategies for cancer precision medicine
Genome Medicine, 8:79, 2016 (article en libre accès)

Health Care Infrastructure for Financially Sustainable Clinical Genomics
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Systematic reanalysis of clinical exome data yields additional diagnoses: implications for providers
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé) (voir Genome Web)

4th Generation of NGS Technologies: Promise and Consequences
Human Mutation, sous presse, 2016 (résumé)

Real-time selective sequencing using nanopore technology
Nature Methods, sous presse, 2016 (résumé)

Diagnostic Detection of Allelic Losses and Imbalances by Next-Generation Sequencing
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Certified DNA Reference Materials to Compare HER2 Gene Amplification Measurements Using Next-Generation Sequencing Methods
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Evaluation of an amplicon-based next-generation sequencing panel for detection of BRCA1 and BRCA2 genetic variants
Breast Cancer Research and Treatment, 158:433, 2016 (résumé)

A Highly Sensitive and Quantitative Test Platform for Detection of NSCLC EGFR Mutations in Urine and Plasma
Journal of Thoracic Oncology, sous presse, 2016 (résumé) (voir Genome Web)

Intratumoral genetic heterogeneity and number of cytogenetic aberrations provide additional prognostic significance in chronic lymphocytic leukemia
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé)

Comprehensive Screening of Gene Copy Number Aberrations in Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Solid Tumors Using Molecular Inversion Probe–Based Single-Nucleotide Polymorphism Array
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

The Doppelgänger Effect: Hidden Duplicates in Databases of Transcriptome Profiles
Journal of the National Cancer Institute, 108 (11): djw146, 2016 (résumé)

Analysis of chromosomal aberrations and recombination by allelic bias in RNA-Seq
Nature Communications, 7:12144, 2016 (article en libre accès)

Development and validation of a whole-exome sequencing test for simultaneous detection of point mutations, indels and copy-number alterations for precision cancer care
npj Genomic Medicine, 1:16019, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Fragment Length of Circulating Tumor DNA
PLoS Genetics, 12(7): e1006162, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

OpenGeneMed: a portable, flexible and customizable informatics hub for the coordination of next-generation sequencing studies in support of precision medicine trials
Briefings in Bioinformatics, sous presse, 2016 (résumé)

LEON-BIS: multiple alignment evaluation of sequence neighbours using a Bayesian inference system
BMC Bioinformatics, 17:271, 2016 (article en libre accès)

SIFORM: shared informative factor models for integration of multi-platform bioinformatic data
Bioinformatics, sous presse, 2016 (résumé)

vendredi 8 juillet 2016

Onco-Seq du 8 juillet 2016

Amérique du Nord
  • Aux Etats-Unis, le vice-président Joe Biden a organisé un "Sommet" national pour dévoiler un ensemble d'actions associées au programme "Cancer Moonshot," dont l'un des thèmes majeurs concerne le partage de données:
    • "Le combustible de la fusée Biden, c'est du Big Data", explique notamment MIT Technology Review.
    • Les National Institutes of Health ont annoncé un accord avec Foundation Medicine pour intégrer des données portant sur 18 000 patients dans la base Genomic Data Commons (voir Genome Web et Forbes).
    • IBM met à disposition sa technologie Watson for Genomics à disposition du système de soins des Anciens Combattants (voir Genome Web).
    • DNAnexus s'engage sur le développement d'une plateforme appelée Integrated Data Engagement Analytics (voir un compte-rendu du "Sommet' par le PDG de DNAnexus, dans The Economist cet article sur les diverses sociétés opérant dans ce domaine, ainsi que Bio-IT World).
  • Peu après, le président Barack Obama a publié un éditorial dans le Boston Globe pour relayer une série d'annonces autour de l'initiative Precision Medicine (voir ce communiqué des NIH, ScienceGenome WebForbes, XconomyReuters et San Diego Union Tribune). L'un des projets, sur le rôle de la génétique dans le cancer du sein chez les femmes afro-américaines, est analysé par Genome Web
  • Par ailleurs, la FDA a publié deux recommandations sur l'encadrement réglementaire des tests in vitro à base de technologies NGS (voir la réaction approbatrice d'Illumina, ce billet du blog FDA Law et, sur un thème voisin, cet ouvrage publié par The National Academies Press résumant un workshop récent sur l'implémentation des technologies génomiques dans la pratique clinique).
  • De son côté, Bio-IT World s'intéresse à une initiative similaire, quoique de moindre ampleur, menée au Canada.

Bioinformatique & Big Data
  • Genome Web s'intéresse au lancement de son premier logiciel par la société belge Diploid, dont le slogan est "nous transformons des données génomiques en diagnostics": comme l'explique le communiqué, InHelix a été conçu spécialement pour l'analyse des variants de nombre de copies dans les maladies rares.
  • L'offre de la société néerlandaise InsideDNA, qui développe une plateforme sur Google pour permettre "des analyses génomiques reproductibles", a également suscité l'intérêt de Genome Web.
  • Le directeur d'un nouveau centre de biologie informatique à Brown University, qui a reçu une subvention de 11,5 millions $ sur 5 ans par les NIH, a été longuement interviewé par Genome Web.
  • BioMedCentral a lancé un nouveau journal : Big Data Analytics.
  • Le cabinet de consultants RNCOS a publié une étude sur le marché global de la bioinformatique à l'horizon 2022 (prix : 1 280€).

Questions techniques
  • "Pour l'analyse et l'interprétation des données de séquençage, biologistes et cliniciens doivent continuer à travailler main dans la main", explique l'auteur du blog enligntenbio.
  • "Qui veut s'aventurer avec moi dans le monde merveilleux du séquençage sélectif à l'aide de technologies nanopores?", demande l'auteur du blog Omics! Omics! (voir aussi ce billet de Core Genomics).
  • L'auteur du blog Core Genomics décrypte un article récent sur la comparaison de kits de préparation de bibliothèques d'ADN.

Annonces
  • Dans un communiqué, la société MolecularMD a dévoilé un accord avec Illumina pour développer des tests compagnons (voir aussi Genome Web).
  • "Elsevier et Illumina ont signé un accord sur l'intégration de la base de données Pathway Studio de la première dans la plateforme BaseSpace Correlation Engine de la seconde", rapporte Genome Web.
  • Selon Fierce Biotech, la société Perthera, spécialisée dans "l'analyse de précision en oncologie", a réussi une levée de fonds de 8,7 millions $.
  • Dans un communiqué, Cancer Genetics annonce l'autorisation, par l'Etat de New York, de son test NGS à base d'un panel de gènes dans la leucémie lymphocytaire chronique.


Miscellanées
  • Le rapport France Médecine Génomique 2025 (voir Onco-Seq du 23 juin) a attiré l'attention de Genome Web, du CEO de Sophia Genetics et du site anglais PHG Foundation qui livre une intéressante comparaison avec le projet 100,000 Genomes (celui-ci vient de dépasser la barre des 10 000 séquences de génome entier). En parallèle, l'AP-HP et Integragen ont dévoilé la signature d’un accord-cadre visant à développer, pour les projets de recherche et de recherche clinique, des solutions de séquençage à très haut débit (voir aussi Genome Web).
  • Le partage des données médicales personnelles est une entreprise à haut risque comme le démontre l'abandon, par le gouvernement britannique, du projet de base de données du National Health Service : care.data (voir The Guardian, BBC News et PHG Foundation).
  • "Vous voulez connaître vos données génétiques? La réponse n'est pas simple", explique le Wall Street Journal tandis que, dans un long article, Genome Web s'intéresse à un projet appelé LawSeq, financé par les NIH, visant à "clarifier les enjeux liés au consentement, aux standards et à la responsabilité juridique" en médecine génomique (écouter aussi, sur Mendelspod, cet entretien avec Kari Stefansson, PDG de deCODE genetics : "connais-toi toi même"; lire encore cet article de Genome Web à propos d'une start-up californienne, Genomics Personalized Health, qui "aide les consommateurs à obtenir et analyser leurs données génomiques"; enfin, visionner sur STAT la bande annonce d'un documentaire intitulé "Game of Genomes" à propos de l'expérience d'un journaliste ayant fait séquencer son génome).
  • "Des gènes à la santé publique 1996-2016: le train a quitté la gare": sur le blog Genomics and Health Impact (CDC), le directeur de l'Office of Public Health Genomics appelle ses lecteurs à contribuer à une réflexion collective sur l'avenir de la génomique et de la médecine de précision.
  • Selon un juriste interrogé par Mendelspod, une récente décision de la Cour Suprême des Etats-Unis à propos d'un brevet revendiqué par Sequenom "représente une menace pour la médecine personnalisée" (voir aussi Genome Web).

Conférences et webinars
A venir: 
Dans le rétroviseur:

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas" et menée in vitro, cette étude évalue l'intérêt d'un algorithme pour caractériser les conséquences fonctionnelles de mutations somatiques et, notamment, prédire la sensibilité de cellules cancéreuses à une thérapie ciblée
Functional characterization of somatic mutations in cancer using network-based inference of protein activity
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

A partir de 95 échantillons plasmatiques prélevés sur 43 patients atteints d'un cancer métastatique de la prostate, cette étude met en évidence un haut degré de plasticité du génome tumoral au cours de la progression de la maladie
Whole-genome plasma sequencing reveals focal amplifications as a driving force in metastatic prostate cancer
Nature Communications, Vol. 7 , 2016 (article en libre accès)

Cette étude présente un algorithme appelé PiCnIc ("Pipeline for Cancer Inference") visant à identifier l'évolution somatique sous-jacente d'un ensemble de tumeurs à partir de données de séquençage à haut débit
Algorithmic methods to infer the evolutionary trajectories in cancer progression
Proceedings of the National Academy of Sciences, sous presse, 2016 (résumé)

Menée sur un total de 6 558 patients atteints d'un cancer colorectal familial et 8 401 témoins, cette étude de séquençage de l'exome identifie 3 gènes (POT1, POLE2 et MRE11) dont les mutations sont associées à un risque de cancer colorectal
Rare disruptive mutations and their contribution to the heritable risk of colorectal cancer
Nature Communications, Vol. 7 , 2016 (article en libre accès)

Lu ailleurs
Deep Sequencing of 10,000 Human Genomes
BiorXiv, 1er juillet 2016 (article en libre accès)

Making sense of big data in health research: Towards an EU action plan
Genome Medicine, 8:71, 2016 (article en libre accès)

Clinical Next-Generation Sequencing Pipeline Outperforms a Combined Approach Using Sanger Sequencing and Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification in Targeted Gene Panel Analysis
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Long-read sequencing and de novo assembly of a Chinese genome
Nature Communications, 7:12065, 2016 (article en libre accès) (voir ce billet du blog de Pacific Biosciences)

Computational genomics tools for dissecting tumour–immune cell interactions
Nature Reviews Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

MonoSeq Variant Caller Reveals Novel Mononucleotide Run Indel Mutations in Tumors with Defective DNA Mismatch Repair
Human Mutation, sous presse, 2016 (résumé)

VarI-SIG 2015: methods for personalized medicine – the role of variant interpretation in research and diagnostics
BMC Genomics, 17(Suppl 2):425, 2016 (article en libre accès)

Rapid genotype imputation from sequence without reference panels
Bioinformatics, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Vecuum: identification and filtration of false somatic variants caused by recombinant vector contamination
Bioinformatics, sous presse, 2016 (résumé)

Heat*seq: an interactive web tool for high-throughput sequencing experiment comparison with public data
Bioinformatics, sous presse, 2016 (article en libre accès)

TP53 Variations in Human Cancers: New Lessons from the IARC TP53 Database and Genomics Data
Human Mutation, sous presse, 2016 (résumé)

Epigenome-wide Association Studies and the Interpretation of Disease -Omics
PLoS Genetics, 12(6): e1006105, 2016 (article en libre accès)

Democratizing DNA Fingerprinting
BiorXiv, 30 juin 2016 (article en libre accès)

jeudi 23 juin 2016

Onco-Seq du 23 juin 2016

2025
Le rapport France Médecine Génomique 2025 a été remis par Yves Lévy, président d'Aviesan, au Premier ministre (voir Le Figaro, Le Point ou La Croix).

Bioinformatique & Big Data
  • Le 20 juin, un symposium consacré à la bioinformatique s'est tenu aux National Institutes of Health (voir la vidéo - 3h 22mn).
  • "Nos technologies pour produire des données en médecine génétique sont beaucoup plus avancées que nos capacités à les utiliser dans un environnement clinique", selon Nephi Walton (Washington University School of Medicine) qui s'exprimait lors d'un Forum Big Data and Healthcare Analytics à San Francisco.
  • Le blog de Golden Helix a interrogé le directeur du programme Bioinformatique au Rutgers Cancer Institute sur les solutions qu'il a choisies pour fournir des informations utiles aux patients dans un délai cliniquement raisonnable.
  • Selon STAT News, le département de l'énergie mettra son réseau de super-ordinateurs à la disposition du projet "Objectif Lune en oncologie" promu par le vice-président Joe Biden (voir aussi, sur Genome Web, le cri d'alarme lancé par les chercheurs en protéomique qui craignent de ne pas faire partir du projet).
  • Genome Web s'intéresse au projet européen CanPathPro, "une plateforme pour la modélisation des voies de signalisation dans les cancers" combinant "des données omiques et des outils de biologie des systèmes".

Questions techniques
  • Genome Web a longuement interrogé Simon Patton, directeur de l'European Molecular Genetics Quality Network, sur la définition de procédures d'assurance qualité en matière de NGS.
  • Le blog de Golden Helix livre un billet sur l'utilisation de filtres et d'annotation dans un workflow VarSeq.

Annonces
  • Dans un communiqué, Genomic Health annonce le lancement de son test de biopsie liquide Oncotype SEQ™ (17 gènes - voir aussi Genome Web).
  • Genome Web a repéré l'irruption d'un nouvel acteur sur le marché de la biopsie liquide : Freenome.
  • Selon Genome Web, le prochain changement de pouvoir à la tête d'Illumina aboutira à une répartition des rôles: le nouveau directeur général, Francis deSouza, s'occupera principalement des aspects logiciels tandis que le président Jay Flatley s'attaquera aux "défis posés par le remboursement des produits NGS" (voir aussi cet article dans le San Diego Union-Tribune).
  • Dans un communiqué, Takeda dévoile un partenariat avec la société de bioinformatique M2GEN, basée en Floride, sur l'intégration et l'analyse de données cliniques et génomiques chez des patients atteints de cancer "afin d'accélérer le développement thérapeutique" (voir Genome Web).
  • Front Line Genomics relaie le lancement, par la société Appistry, d'une offre de services NGS en direction des laboratoires cliniques dépourvus des capacités requises en bioinformatique, etc.

Miscellanées
  • Genome Web signale la mise en ligne, par les Centers for Disease Control and Prevention, d'une base de connaissances pour "suivre l'impact de la génomique sur la santé des populations" (voir aussi cet article en décrivant les principes dans Genetics in Medicine et ce billet du blog Genomics and Health Impact).
  • BioCentury a interrogé le patron de la FDA sur le rôle de son institution pour faciliter la collaboration entre tous les acteurs de la Precision Medicine Initiative.
  • "Médecine de précision : noyade annoncée dans une soupe réglementaire?": co-auteurs de cet article récemment publié dans Journal of Law and the Biosciences, deux juristes s'interrogent dans The Conversation sur les aspects éthiques et réglementaires négligés par les promoteurs de la médecine de précision (voir aussi cet article de Cancer Research UK sur les principaux enseignements de l'ASCO 2016).
  • Dans Scientific American, un professeur de biomédecine explique "pourquoi il faut finir le génome humain". 

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir de données génomiques et transcriptomiques issues d'échantillons tumoraux prélevés au diagnostic et à la récidive sur 114 patients atteints d'un glioblastome, cette étude met en évidence l'évolution clonale induite par les traitements
Clonal evolution of glioblastoma under therapy
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Cet article passe en revue les travaux récents sur la génomique des tumeurs germinales testiculaires
The genomic landscape of testicular germ cell tumours: from susceptibility to treatment
Nature Reviews Urology, sous presse, 2016 (résumé)

Menée aux Etats-Unis, cette étude analyse le risque de divers cancers chez des parents au premier et second degré d'individus porteurs de mutations des gènes BRCA1 et BRCA2 (9 032 proches de 784 porteurs)
Cancer Incidence in First- and Second-Degree Relatives of BRCA1 and BRCA2 Mutation Carriers
The Oncologist, sous presse, 2016 (résumé)

A partir d'une analyse génomique d'échantillons prélevés sur 1 540 patients atteints d'une leucémie myéloïde aiguë, cette étude identifie 11 sous-types moléculaires de la maladie en association avec le pronostic clinique
Genomic Classification and Prognosis in Acute Myeloid Leukemia
New England Journal of Medicine, Vol. 374 (23) , pp. 2209-2221, 2016 (article en libre accès)
Roads Diverge — A Robert Frost View of Leukemia Development
New England Journal of Medicine, Vol. 374 (23) , pp. 2282-2284, 2016 (éditorial)

Menée en Allemagne sur une cohorte de 664 patients atteints d'une leucémie myéloïde aiguë (âge : entre 18 et 86 ans) et à l'aide d'une technique de séquençage de l'exome de 68 gènes fréquemment mutés, cette étude identifie 8 sous-groupes en association avec des caractéristiques cliniques
Spectrum and prognostic relevance of driver gene mutations in acute myeloid leukemia
Blood, sous presse, 2016 (résumé)

Lu ailleurs
A comparison of tools for the simulation of genomic next-generation sequencing data
Nature Reviews Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Toward Concurrent Testing for Somatic and Germline Variants in Cancer Patients
Clinical Cancer Research, sous presse, 2016 (résumé)

Taming the genome: towards better genetic test interpretation
Genome Medicine, 8:70, 2016 (article en libre accès)

Effect of Public Deliberation on Attitudes toward Return of Secondary Results in Genomic Sequencing
Journal of Genetic Counseling, sous presse, 2016 (résumé)

When knowledge of a heritable gene mutation comes out of the blue: treatment-focused genetic testing in women newly diagnosed with breast cancer
European Journal of Human Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Return of individual genomic research results: what do consent forms tell participants?
European Journal of Human Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Reporting incidental findings of genomic disorder-associated copy number variants to unselected biobank participants
Personalized Medicine, sous presse, 2016 (résumé)

Extensive sequencing of seven human genomes to characterize benchmark reference materials
Scientific Data, 3:160025, 2016 (article en libre accès)

Next generation sequencing identifies a transcriptional profile that segues with genomic alterations in Waldenström macroglobulinemia
Blood, sous presse, 2016 (résumé)

OncodriveFML: a general framework to identify coding and non-coding regions with cancer driver mutations
Genome Biology, 17:128, 2016 (article en libre accès)

Protein-structure-guided discovery of functional mutations across 19 cancer types
Nature Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

mercredi 15 juin 2016

Onco-Seq du 15 juin 2016

ASCO 2016
  • A l'occasion de la visite du vice-président Joe Biden, les National Institutes of Health ont annoncé le lancement d'un "système unifié de données favorisant le partage de données génomiques et cliniques entre chercheurs": Genomic Data Commons (voir The Cancer Letter et Genome Web). Parallèlement, Bio-IT World signale la publication, dans Science, d'un article signé par The Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) sur le même sujet (voir aussi Genome Web et, sur Bio-IT World, cet article à propos d'une initiative de la GA4GH en direction du public).
  • Pour The Economist, le sujet-phare de cette édition 2016 a été la personnalisation des traitements, notamment à l'aide de biopsies liquides (voir aussi The ASCO Post, Genome Web, Fierce Medical Devices et ce communiqué de la société Predicine sur le lancement de tests de biopsies liquides en Chine).
  • Genome Web a repéré les présentations liées aux tests de Foundation Medicine pour orienter les prescriptions d'immunothérapies (voir les deux communiqués, ici et ici), a assisté à une session sur les biomarqueurs prédictifs de la réponse aux immunothérapies anti PD-1 et anti PD-L1, a repéré une présentation liée aux tests de Myriad Genetics pour le risque de cancer du sein ou de l'ovaire (voir aussi le communiqué de Myriad), a repéré une présentation liée au test MammaPrint d'Agendia en complément du test Oncotype Dx de Genomic Health et, enfin, a signalé une présentation sur l'analyse de l'ADN tumoral circulant pour prédire la récidive d'un cancer colorectal après une opération chirurgicale.
  • Dans un communiqué, Thomson Reuters a dévoilé le lancement de Precision Medicine Intelligence, "une nouvelle solution basée sur les preuves visant à aider les chercheurs et les médecins à comprendre et suivre la littérature scientifique et médicale en croissance rapide dans le domaine de la génomique".

Questions techniques
  • Le blog de Golden Helix s'intéresse aux problèmes de compatibilité posés par l'intégration de la dernière version de référence de la séquence du génome humain, GRCh38, dans certains algorithmes.
  • L'auteur du blog CoreGenomics a repéré une amélioration méthodologique majeure pour l'analyse du nombre de copies de gènes : SMASH.
  • Dans un long billet, l'auteur du blog Omics! Omics! livre ses réflexions à froid sur la récente conférence londonienne organisée par Oxford Nanopore (voir Onco-Seq du 2 juin 2016 - voir aussi, sur MIT Technology Review, cet article sur l'usage du système MinION à bord de la station spatiale internationale).

Annonces
  • "L'objectif de la société est d'accélérer de façon spectaculaire l'inclusion dans les essais cliniques en faisant en sorte que le séquençage ne soit plus un obstacle", déclare à MIT Technology Review le PDG de Strata Oncology, qui a réussi une levée de fonds de 12 millions $ (voir aussi Xconomy).
  • Genome Web analyse l'offre d'une start-up californienne, Genos Research, en direction de clients particuliers pour le séquençage de l'exome à un prix de 399$ et le partage -rémunéré- de leurs données avec des chercheurs.
  • Selon Genome Web, la société suédoise Devyser se lance sur le marché européen des tests NGS BRCA1 et BRCA2 et espère obtenir un marquage CE cet été.

Miscellanées
  • Le blog de enlightenbio LLC annonce la publication d'un rapport sur le marché de l'analyse et de l'interprétation des données NGS (prix : 1 625$), tandis que Report Linker signale un autre rapport sur les technologies émergentes de séquençage de l'ADN et leurs applications (prix : 5 320$).
  • "La médecine de précision en oncologie : à portée de main ou simplement hors de portée?": un article de la PHG Foundation s'interroge sur les aspects concrets de sa mise en oeuvre dans le National Health Service (NHS) et, en conclusion, suggère de "commencer par le début, initier le NHS à l'email"...
  • Sur le blog Genomics Law Report, un long article analyse les derniers rebondissements juridiques autour de Myriad Genetics.
  • L'auteur du blog DNA Science témoigne de son expérience personnelle pour obtenir une analyse du génome tumoral de son mari récemment opéré d'un cancer colorectal rare.

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir de 105 échantillons tumoraux prélevés sur des patientes atteintes d'un cancer du sein, cette étude met en évidence l'intérêt d'une méthode combinant analyses protéomiques et génomiques pour élucider les conséquences fonctionnelles de mutations somatiques
Proteogenomics connects somatic mutations to signalling in breast cancer
Nature, sous presse, 2016 (résumé)

Menée à l'aide d'une technique de séquençage à haut débit sur des échantillons tumoraux prélevés sur 1 070 patients atteints d'un cancer avancé du poumon non à petites cellules, cette étude identifie, pour 47 patients, la présence de réarrangements ALK qui n'avaient pas été détectés par hybridation in situ en fluorescence
Comprehensive Genomic Profiling Identifies a Subset of Crizotinib-Responsive ALK-Rearranged Non-Small Cell Lung Cancer Not Detected by Fluorescence In Situ Hybridization
The Oncologist, sous presse, 2016 (résumé)

Menée à partir de données d'études d'association sur le génome entier ou d'études étiologiques portant au total sur 9 581 patients atteints d'un cancer du poumon et sur 39 453 témoins, puis validée à partir de données portant sur 556 autres patients et 830 témoins, cette étude évalue la performance d'un modèle mathématique, basé sur la présence de variants de la lignée germinale et tenant compte de leurs effets biologiques cumulés, pour prédire le risque de développer un cancer du poumon
A novel pathway-based approach improves lung cancer risk prediction using germline genetic variations
Cancer Epidemiology Biomarkers & Prevention, sous presse, 2016 (résumé)

Menée en Australie auprès de 64 patients pédiatriques ayant survécu à un cancer et auprès de leurs parents, cette étude analyse leurs choix relatifs à l'utilisation de tests génétiques pour prédire le risque d'effets indésirables à long terme liés aux traitements
Genetic testing for the risk of developing late effects among survivors of childhood cancer: Consumer understanding, acceptance, and willingness to pay
Cancer, sous presse, 2016 (résumé)

A partir d'une revue systématique de la littérature sur des essais de phase I de traitements anticancéreux entre 2011 et 2013 (346 essais identifiés), cette méta-analyse montre notamment que les essais n'ayant pas eu recours à des biomarqueurs ont obtenu des taux de réponse négligeables
Association of biomarker-based treatment strategies with response rates and progression-free survival in refractory malignant neoplasms: A meta-analysis
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (article en libre accès) (voir PHG Foundation)

Lu ailleurs
What are people willing to pay for whole-genome sequencing information, and who decides what they receive?
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé)

Pharmacogenomic incidental findings in 308 families: The NIH Undiagnosed Diseases Program experience
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé) (voir Genome Web)


Recommendations on e-infrastructures for next-generation sequencing
GigaScience, 5:26, 2016 (article en libre accès)

SUSHI: an exquisite recipe for fully documented, reproducible and reusable NGS data analysis
BMC Bioinformatics, 17:228, 2016 (article en libre accès)

The Ensembl Variant Effect Predictor
Genome Biology, 17:122, 2016 (article en libre accès)

Accurate selfcorrection of errors in long reads using de Bruijn graphs
Bioinformatics, sous presse, 2016 (article en libre accès)

The impact of structural variation on human gene expression
BiorXiv, 9 juin 2016 (article en libre accès)


Functional Assessment of Genetic Variants with Outcomes Adapted to Clinical Decision-Making
PLoS Genetics, 12(6): e1006096, 2016 (article en libre accès)

SURVIV for survival analysis of mRNA isoform variation
Nature Communications, 7:11548, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web et EurekAlert!)

Molecular analysis of urothelial cancer cell lines for modeling tumor biology and drug response
Oncogene, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Opinion: Big data biomedicine offers big higher education opportunities
Proceedings of the National Academy of Sciences, sous presse, 2016 (article en libre accès)