jeudi 9 février 2017

Onco-Seq du 9 février 2017

Bioinformatique & Big Data
  • "Si les chercheurs ont travaillé dur pour que les nouvelles lois européennes sur l'encadrement des données personnelles ne portent pas préjudice à la science, un dernier effort est encore nécessaire", affirme dans Nature le directeur général d'un réseau de biobanques en Europe.
  • Genome Web relaie l'annonce d'un partenariat entre une société de génomique personnelle, Lifenome, et une société spécialisée dans le cryptage homomorphe, Infoshield (à propos de ce type de cryptage, voir cet article dans le Journal du CNRS), puis s'intéresse aux applications développées par la société Genialis pour la visualisation de données génomiques (voir aussi cet article sur la nouvelle version du navigateur Genome Brower in the Cloud mise en ligne par une équipe de UC Santa Cruz).
  • L'auteur du blog enlightenbio, qui a assisté à la conférence PMWC 2017 (Precision Medicine World Conference) dans la Silicon Valley, livre un long résumé des présentations sur le partage de données et le respect de la vie privée.
  • Genome Web décrit en détails la collaboration entre la Global Alliance for Genomics and Health et l'initiative ELIXIR (European Life-Sciences Infrastructure for Biological Information) pour faciliter le partage de données génomiques.
  • Sur le site BioScienceTechnology, un responsable de Hewlett Packard Entreprise présente les résultats d'un exercice comparant plusieurs systèmes de calcul à haute performance dans un workflow de données NGS.
  • L'auteur du blog Getting Genetics Done a assisté à la première conférence réunissant les utilisateurs de R et RStudio.

Questions techniques
  • "Votre labo doit-il s'équiper d'un système NovaSeq ?": l'auteur du blog Enseqlopedia fournit les éléments de réponse en deux billets (ici et ici)
  • L'auteur du blog Omics! Omics! a eu une longue conversation avec deux responsables de 10X Genomics, admet qu'il n'arrive pas à se débarrasser d'une vieille habitude - programmer en Perl-, analyse les problèmes de variabilité liés au système MinION et, enfin, se demande pourquoi Illumina abandonne si rapidement la commercialisation de son instrument NeoPrep.
  • Le blog de GenoHub signale l'existence d'un logiciel en libre accès pour mesurer avec précision le taux d'erreurs lors d'un séquençage réalisé avec un système Illumina.
  • Le blog de Golden Helix fournit un tutoriel pour utiliser en clinique son logiciel VSReports et met en ligne un eBook sur la réalisation d'études GWAS.

Annonces
  • L'auteur du blog Omics! Omics s'intéresse à l'acquisition, par Bio-Rad, de la société de microfluidique RainDance (voir aussi Genome Web).
  • Dans un communiqué, OncoDNA annonce le lancement, grâce au soutien de la Région wallone, de deux projets, ARCHE et MONCODANEUM, pour un montant total de 16 millions € (voir aussi Genome Web).
  • "Le New York Genome Center a reçu une autorisation conditionnelle de l'Etat de New York pour son offre de tests à base de séquençage du génome entier", rapporte Bio-IT World.
  • Selon Genome Web, Pacific Biosciences a dévoilé une augmentation de son carnet de commandes pour ses systèmes Sequel (voir aussi Bio-IT World et ce billet du blog de PacBio).
  • Fondée par des chercheurs de Harvard, BiomaRx Therapeutics travaille sur le développement d'un test de biopsie liquide pour la détection précoce d'un cancer du pancréas, rapporte Genome Web.
  • Selon Genome Web, la société Helix devrait lancer au cours de l'été prochain un ensemble d'applis sur smartphone pour que "les consommateurs tirent profit de l'interprétation de leurs informations génomiques", tandis que The Atlantic voit dans ces tests une nouvelle forme d'horoscope...
  • Cancer Genetics se lance sur le marché des tests de susceptibilité aux cancers de l'ovaire et du sein, "un marché estimé à 2,5 milliards $".
  • Dans un communiqué, la société Genospace annonce son rachat par le Sarah Cannon Cancer Institute.

Miscellanées
  • "Il n'y a actuellement pas de preuves suffisantes pour attribuer un effet bénéfique ou nuisible à une stratégie, basée sur des biomarqueurs, visant à prescrire ou non une chimiothérapie adjuvante à des patientes atteintes d'un cancer du sein de stade précoce", selon un rapport d'un organisme allemand (IQWiG) dont les conclusions sont analysées par Genome Web.
  • Dans un communiqué, les National Institutes of Health dévoilent un financement, à hauteur de 31,5 millions $, pour enrichir les données du projet ENCODE.
  • Genome Web a assisté à une présentation des premiers résultats du projet MedSeq sur les coûts et l'intérêt clinique des techniques de séquençage du génome entier.
  • Mendelspod a interviewé Evan Eichler, professeur de génomique (University of Washington), sur les perspectives offertes par les technologies de séquençage à base de longs fragments d'ADN (audio - 28 mn) et Mark Akeson (UC Santa Cruz), spécialiste de séquençage à base de nanopores, "un truc qui ne marchera jamais", lui avait-on dit et répété il y a 20 ans (audio - 24 mn).
  • PHG Foundation se demande si 2017 sera l'année où la médecine génomique aura acquis un tel degré de normalité qu'elle disparaîtra des radars médiatiques...
  • L'auteur du blog Getting Genetics Done partage sa liste des comptes Twitter et des blogs qui lui permettent de se tenir informé des derniers développements en bioinformatique et génomique.

Formations

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 1 215 patients pédiatriques atteints d'un cancer (tumeurs solides et hématologiques), cette étude identifie notamment de nouvelles fusions de gènes associées à un neuroblastome, un astrocytome et un rhabdomyosarcome
Genomic Profiling of a Large Set of Diverse Pediatric Cancers Identifies Known and Novel Mutations across Tumor Spectra
Cancer Research, sous presse, 2017 (article en libre accès)

A partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas", cette étude identifie la présence fréquente de mutations somatiques dans des régions non codantes de l'ADN situées à proximité de gènes associés à des lignées cellulaires spécifiques d'un organe
Insertions and Deletions Target Lineage-Defining Genes in Human Cancers
Cell, sous presse, 2017 (résumé)

Menée sur des lignées cellulaires et à l'aide de xénogreffes, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels le gain d'un seul chromosome dans les cellules cancéreuses joue un rôle de suppresseur de tumeurs
Single-chromosome Gains Commonly Function as Tumor Suppressors
Cancer Cell, sous presse, 2017 (résumé)

Menée à l'aide d'une technique de séquençage à haut débit sur 240 cas de leucémie lymphoblastique aiguë pédiatrique, cette étude identifie un ensemble de gènes fréquemment mutés et, pour 28 patients, met en évidence l'évolution des mutations entre le diagnostic et la récidive
Mutational Landscape of Pediatric Acute Lymphoblastic Leukemia
Cancer Research, sous presse, 2017 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 156 patients atteints d'un lymphome T périphérique, puis menée in vivo, cette étude identifie la présence fréquente de mutations activatrices et de fusions du gène du facteur d'échange de nucléotides guanyliques VAV1
Activating mutations and translocations in the guanine exchange factor VAV1 in peripheral T-cell lymphomas
Proceedings of the National Academy of Sciences, sous presse, 2017 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 477 patients atteints d'une tumeur localisée non indolente de la prostate, cette étude identifie notamment un ensemble d'anomalies moléculaires associées au risque de récidive de la maladie
Genomic hallmarks of localized, non-indolent prostate cancer
Nature, sous presse, 2017 (résumé)

Lu ailleurs
Evolving health care through personal genomics
Nature Reviews Genetics, sous presse, 2017 (résumé)

Genome sequencing and carrier testing: decisions on categorization and whether to disclose results of carrier testing
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Recontacting participants for expanded uses of existing samples and data: a case study
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Revealing the causative variant in Mendelian patient genomes without revealing patient genomes
BioRxiv, 27 janvier 2017 (article en libre accès)

A taxonomy of medical uncertainties in clinical genome sequencing
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

CIViC is a community knowledgebase for expert crowdsourcing the clinical interpretation of variants in cancer
Nature Genetics, sous presse, 2017 (article en libre accès) (voir cet article sur le site de Washington University in St. Louis)

Analytical Validation of the Next-Generation Sequencing Assay for a Nationwide Signal-Finding Clinical Trial
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2017 (résumé)

Development of a gene panel for next-generation sequencing of clinically relevant mutations in cell-free DNA from cancer patients
British Journal of Cancer, sous presse, 2017 (résumé)

Clinical targeted exome-based sequencing in combination with genome-wide copy number profiling: precision medicine analysis of 203 pediatric brain tumors
Neuro-Oncology, sous presse, 2017 (résumé) (voir Genome Web)

Assigning clinical meaning to somatic and germ-line whole-exome sequencing data in a prospective cancer precision medicine study
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Human disease genomics: from variants to biology
Genome Biology, 18:20, 2017 (article en libre accès)

A variant by any name: quantifying annotation discordance across tools and clinical databases
Genome Medicine, 9:7, 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Utilizing somatic mutation data from numerous studies for cancer research: proof of concept and applications
Oncogene, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Precision oncology for acute myeloid leukemia using a knowledge bank approach
Nature Genetics, sous presse, 2017 (résumé)

Tissue-based next generation sequencing: application in a universal healthcare system
British Journal of Cancer, sous presse, 2017 (article en libre accès)

An RNA-based signature enables high specificity detection of circulating tumor cells in hepatocellular carcinoma
PNAS, sous presse, 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Controlling new knowledge: Genomic science, governance and the politics of bioinformatics
Social Studies of Science, sous presse, 2017 (résumé)

Expanding Access to Large-Scale Genomic Data While Promoting Privacy: A Game Theoretic Approach
American Journal of Human Genetics, sous presse, 2017 (résumé)

Sequencing thousands of single-cell genomes with combinatorial indexing
Nature Methods, sous presse, 2017 (résumé) (voir ce billet du blog blog Enseqlopedia)

Mutation effects predicted from sequence co-variation
Nature Biotechnology, sous presse, 2017 (résumé)

Scalable whole-genome single-cell library preparation without preamplification
Nature Methods, sous presse, 2017 (résumé)

ClinGen Pathogenicity Calculator: a configurable system for assessing pathogenicity of genetic variants
Genome Medicine, 9:3, 2017 (article en libre accès)

GenomeCAT: a versatile tool for the analysis and integrative visualization of DNA copy number variants
BMC Bioinformatics, 18:19, 2017 (article en libre accès)

Classification of Genes: Standardized Clinical Validity Assessment of Gene-Disease Associations Aids Diagnostic Exome Analysis and Reclassifications
Human Mutation, sous presse, 2017 (résumé)

Variational inference for rare variant detection in deep, heterogeneous next-generation sequencing data
BMC Bioinformatics, 18:45, 2017 (article en libre accès)

iGC—an integrated analysis package of gene expression and copy number alteration
BMC Bioinformatics, 18:, 2017 (article en libre accès)

MPD: multiplex primer design for next-generation targeted sequencing
BMC Bioinformatics, 18:14, 2017 (article en libre accès)

A comprehensive quality control workflow for paired tumor-normal NGS experiments
Bioinformatics, sous presse, 2017 (résumé)

An integrated, high-throughput, multi-omics platform enables data-driven construction of cellular responses and reveals global drug mechanisms of action
Journal of Proteome Research, sous presse, 2017 (résumé) (voir Genome Web)

Targeted DNA sequencing and in situ mutation analysis using mobile phone microscopy
Nature Communications, 13913, 2017 (article en libre accès) (Voir Genome Web, The Scientist)

Next-generation sequencing: big data meets high performance computing
Drug Discovery Today, sous presse, 2017 (résumé)

mercredi 11 janvier 2017

Onco-Seq du 11 janvier 2017

 Illumina
  • "Illumina dévoile le successeur de son système HiSeq", rapporte l'auteur du blog Omics! Omics! en analysant les spécifications du nouveau système appelé... NovaSeq. L'auteur du blog opiniomics, qui s'est livré à un exercice similaire, en tire une conclusion radicale: "si vous possédez un HiSeq et que vous n'êtes pas déjà engagé dans le processus de son remplacement par un NovaSeq, vous serez hors jeu d'ici 1 à 2 ans!" Quant à l'auteur de cet article dans Forbes, il rebondit sur une citation du communiqué de presse à propos d'un "génome à 100 $" et précise qu'il s'agit en réalité d'un objectif à 3 voire 10 ans... (lire aussi STATBio-IT World, Genome Web et Reuters).
  • En parallèle, Illumina a dévoilé la signature de deux partenariats, l'un avec IBM autour de son test TruSight Tumor 170 et du système d'intelligence artificielle Watson, l'autre avec Philips autour de la plateforme IntelliSpace Genomics. Forbes y voit le signe du mouvement actuel par lequel les sociétés de séquençage visent les médecins opérant en dehors des grands centres hospitaliers pour les convaincre d'analyser l'ADN de leurs patients (voir aussi Genome Web et FierceBiotech).
  • Auparavant, Illumina a publié un communiqué signalant une levée de fonds à hauteur de 1 milliard $ par la société GRAIL, fondée il y un an pour développer des tests de biopsies liquides à l'aide de ses systèmes de séquençage. Ces fonds serviront à mettre en oeuvre des essais cliniques (voir MIT Technology Review, Xconomy, Forbes, Genome Web) mais une journaliste de Forbes y voit davantage de risques que de bénéfices pour les patients qui s'y engageront.

Bioinformatique & Big Data
  • Dans le New York Times, un article d'opinion pointe le paradoxe actuel des données de santé: "la plupart d'entre nous n'y ont pas véritablement accès, tandis que ces informations hautement personnelles font de plus en plus l'objet de piratage par des cyber-criminels et des voleurs." Les auteurs prônent l'abandon des grandes bases centralisées et le développement de technologies (blockchain, etc.) redonnant aux consommateurs le pouvoir sur leurs données.
  • La société PatientsLikeMe qui, comme le rappelle Xconomy, "a passé les 13 dernières années à constituer un vaste réseau de patients atteints de maladies chroniques partageant leurs expériences et leurs données de santé", dispose désormais de 100 millions $ pour "faire avancer la médecine personnalisée" grâce à une société chinoise fondée par l'ancien responsable de BGIiCarbonX (voir aussi FierceBiotech).
  • Sur Tech Crunch, le patron de Color Genomics identifie trois axes de travail pour faire en sorte que "davantage de données soient mises à disposition de la recherche sur le cancer et des programmes d'intelligence artificielle"; cette lecture a énervé François-Henri Boissel, pdg de la société lyonnaise NovaDiscovery, qui appelle "les gens à arrêter de survendre les promesses des big data et logiciels de machine learning en santé".
  • Genome Web s'intéresse à l'évolution de Genohub qui propose désormais des espaces de stockage de données NGS en ligne (voir aussi Bio-IT World) et relaie le communiqué de Quiagen dévoilant l'acquisition de la société de bioinformatique OmicSoft.
  • Xconomy signale un partenariat entre Edico Genome et Dell pour combiner les outils analytiques de l'un avec les capacités de calcul et de stockage de l'autre.

Annonces

  • Avisan a publié sur son site l'appel à projets du ministère de la santé pour "la mise en œuvre et l’évaluation de projets pilotes de plateformes de séquençage très haut débit à visée sanitaire" (pdf - date limite de dépôt : 9 mars 2017).
  • Xconomy a repéré la nomination de Troy Cox, responsable de l'oncologie chez Genentech, à la tête de Foundation Medicine, ce qui "renforce les liens entre Roche et Foundation".
  • Genome Web relaie un communiqué de Guardant Health dévoilant des partenariats avec plusieurs laboratoires pharmaceutiques (AstraZeneca, Merck, Merck KGaA, Pfizer) sur le développement d'un test de biopsie liquide analysant plus de 500 gènes, s'intéresse à une start-up opérant dans le même domaine, Two Pore Guys, et décrypte un partenariat entre 10x Genomics et Perkin Elmer pour "proposer aux chercheurs des solutions NGS automatisées".
  • Sur son blog, PacBio dévoile le lancement de nouveaux produits permettant de travailler avec de plus longs fragments d'ADN et de réduire les coûts.
  • Sophia Genetics annonce que son test de détection des cancers héréditaires, basé sur l'analyse de 27 gènes, a obtenu un marquage CE (voir aussi, sur Tech Crunch, cet article suggérant que la société suisse pourrait la prochaine "licorne" nationale).
  • Cancer Genetics a annoncé une réduction de ses effectifs pour "retrouver le chemin de la profitabilité" puis, dans un second communiqué, dévoilé la signature de divers accords de collaboration pour développer des tests de biopsie liquide.

Miscellanées
  • Dans un communiqué, l'AACR signale la publication du premier lot de données (19 000 patients) assemblées par le consortium international GENIE (voir aussi cet entretien avec le président de son comité de pilotage et Genome Web).
  • A la charnière entre 2016 et 2017, l'auteur du blog Mass Genomics livre une rétrospective des principaux événements en génomique et NGS (voir aussi ce billet du blog DNA Science), tandis que l'auteur du blog Omics! Omics! se livre à un exercice de prospective sur les technologies de séquençage.
  • "La loterie du cancer": dans un long article, MIT Technology Review analyse les promesses et les limites de la médecine de précision en oncologie.
  • L'auteur du blog Omics! Omics! décrypte les enjeux d'une plainte en violation de propriété intellectuelle déposée par l'université de Californie contre la société Genia à propos de brevets sur une technologie de séquençage à base de nanopores (voir aussi ce billet du blog opiniomics et Genome Web).
  • Le Washington Post publie une longue enquête sur les investissements chinois en matière de tests génétiques et la menace qu'ils font peser sur l'industrie américaine.
  • Dans un communiqué, l'European Hematology Association se félicite du financement, à hauteur de 40 millions € par l'Union européenne, de la plateforme HARMONY pour le partage de données sur des patients atteints de cancers hématologiques (51 partenaires, 11 pays).
  • "En autorisant la mise sur le marché d'un test de diagnostic compagnon à base de NGS développé par Foundation Medicine, la FDA établit un précédent", signale Genome Web.
  • "Génétique ou génomique?": la question est passée au microscope terminologique du site Transforming Genetic Medicine Initiative.
  • A l'occasion d'un article signalant la publication d'une étude dans Cancer Cell, le site du Francis Crick Institute met en ligne une intéressante vidéo de vulgarisation sur "la façon dont les cellules cancéreuses s'accommodent du chaos génétique."

Lu dans Nota Bene Cancer

Menée en France à partir de 216 échantillons tumoraux et sanguins prélevés sur des patientes atteintes d'un cancer du sein métastatique, cette étude identifie un ensemble de gènes fréquemment mutés
Mutational Profile of Metastatic Breast Cancers: A Retrospective Analysis
PLoS Medicine, Vol. 13 (12) , pp. e1002201, 2016 (article en libre accès)

A partir d'échantillons de multiples métastases prélevés lors d'une autopsie peu après le décès de 4 patientes atteintes d'un cancer du sein, cette étude met en évidence une structure sous-clonale fortement hétérogène entre la tumeur primitive et les métastases, ainsi qu'entre les sites métastatiques eux-mêmes
The Subclonal Architecture of Metastatic Breast Cancer: Results from a Prospective Community-Based Rapid Autopsy Program “CASCADE”
PLoS Medicine, Vol. 13 (12) , pp. e1002204, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

A partir des données de deux essais randomisés évaluant l'efficacité d'un traitement préventif par tamoxifène chez des femmes à haut risque de développer un cancer du sein, cette étude évalue l'association entre 88 polymorphismes à simple nucléotide et le risque de cancer du sein (359 cas, 636 témoins)
Impact of a Panel of 88 Single Nucleotide Polymorphisms on the Risk of Breast Cancer in High-Risk Women: Results From Two Randomized Tamoxifen Prevention Trials
Journal of Clinical Oncology, sous presse, 2016 (résumé)

A partir des données de deux essais incluant au total 1 395 patients atteints d'un cancer du côlon de stade III ayant récidivé, cette étude évalue l'association entre le statut du système MMR (fonctionnel ou non), la présence de mutations somatiques au niveau des gènes BRAF ou KRAS et la survie des patients
Association of DNA mismatch repair and mutations in BRAF and KRAS with survival after recurrence in stage III colon cancers : A secondary analysis of 2 randomized clinical trials
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (résumé)
Molecular markers beyond microsatellite instability for assessing prognosis in early-stage colorectal cancer : What happens at relapse?
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (commentaire)

A partir de données portant sur 891 patients atteints d'un carcinome épidermoïde de la tête et du cou de stade avancé et inclus dans un essai de phase III évaluant l'efficacité de l'ajout du cétuximab à un traitement combinant cisplatine et radiothérapie, cette étude analyse l'association entre un variant du gène KRAS et la réponse au traitement
The KRAS-variant and cetuximab response in head and neck squamous cell cancer: A secondary analysis of a randomized clinical trial
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (résumé)
The KRAS variant as a predictive biomarker of cetuximab response in head and neck cancer
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (commentaire)

Menée sur 450 patients atteints d'un cancer colorectal diagnostiqué avant l'âge de 50 ans, cette étude évalue la proportion de patients présentant des mutations génétiques héréditaires prédisposant à certains cancers puis analyse le spectre et la fréquence de ces mutations
Prevalence and spectrum of germline cancer susceptibility gene mutations among patients with early-onset colorectal cancer
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (résumé)
Universal genetic testing for younger patients with colorectal cancer
JAMA Oncology, sous presse, 2016 (éditorial)


Lu ailleurs
Implementation of next generation sequencing into pediatric hematology-oncology practice: moving beyond actionable alterations
Genome Medicine, 8:133, 2016 (article en libre accès)

Laboratory and clinical genomic data sharing is crucial to improving genetic health care: a position statement of the American College of Medical Genetics and Genomics
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Defining categories of actionability for secondary findings in next-generation sequencing

Journal of Medical Ethics, sous presse, 2016 (résumé)

Psychological and behavioural impact of returning personal results from whole-genome sequencing: the HealthSeq project
European Journal of Human Genetics, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Clinical Genomic Profiling of a Diverse Array of Oncology Specimens at a Large Academic Cancer Center

The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Reconciling evidence-based medicine and precision medicine in the era of big data: challenges and opportunities

Genome Medicine, 8:134, 2016 (article en libre accès)

A Targeted High-Throughput Next-Generation Sequencing Panel for Clinical Screening of Mutations, Gene Amplifications, and Fusions in Solid Tumors

The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Base-Position Error Rate Analysis of Next-Generation Sequencing Applied to Circulating Tumor DNA in Non-Small Cell Lung Cancer: A Prospective Study

PLoS Medicine, 13(12): e1002199, 2016 (article en libre accès)

Pan-Cancer Analysis Reveals Technical Artifacts in The Cancer Genome Atlas (TCGA) Germline Variant Calls
BioRxiv, 8 décembre 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Genomic Analysis of Uterine Lavage Fluid Detects Early Endometrial Cancers and Reveals a Prevalent Landscape of Driver Mutations in Women without Histopathologic Evidence of Cancer: A Prospective Cross-Sectional Study

PLoS Medicine, 13(12): e1002206, 2016 (article en libre accès)

Distribution and clinical impact of functional variants in 50,726 whole-exome sequences from the DiscovEHR study

Science, Vol. 354(6319), 2016 (résumé) (voir PHG Foundation)

Targeted Next-Generation Sequencing in Molecular Subtyping of Lower-Grade Diffuse Gliomas

The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Next-Generation Assessment of ERBB2 (Human Epidermal Growth Factor Receptor 2) Amplification Status

The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

Clinical Next-Generation Sequencing Database: A Tool for the Unified Management of Clinical Information and Genetic Variants to Accelerate Variant Pathogenicity Classification

Human Mutation, sous presse, 2016 (article en libre accès)

iCAGES: integrated CAncer GEnome Score for comprehensively prioritizing driver genes in personal cancer genomes
Genome Medicine, 8:135, 2016 (article en libre accès)

TCGA2BED: extracting, extending, integrating, and querying The Cancer Genome Atlas

BMC Bioinformatics, 18:6, 2017 (article en libre accès)

myGenomeBrowser: Building and sharing your own genome browser

Bioinformatics, sous presse, 2016 (article en libre accès)

lundi 19 décembre 2016

Onco-Seq du 19 décembre 2016

Bioinformatique & Big Data
  • Dans un long article, Genome Web s'intéresse au développement, par un groupe de travail de l'initiative Clinical Genome Resource des National Institutes of Health, de référentiels pour "faciliter l'échanger de données portant sur des variants somatiques".
  • Suite à l'annonce d'un partenariat entre IBM et Pfizer impliquant le système Watson dans la recherche en immuno-oncologie, l'auteur du blog In the Pipeline a identifié les principaux obstacles à franchir pour que la découverte de nouveaux médicaments tire profit de l'intelligence artificielle (voir aussi Genome Web et Fierce Biotech).
  • Dans un communiquéSophia Genetics a dévoilé une nouvelle technologie de compression et stockage de données pour faciliter l'accès aux informations génétiques des patients de façon sécurisée respectant leur vie privée (voir aussi European Pharmaceutical Review).
  • Bio-IT World relaie un communiqué de DNAnexus dévoilant une nouvelle analyse de l'ensemble de la base de données produites par le projet The Cancer Genome Atlas.
  • Lancé par l'ASCO, le nouveau journal JCO Clinical Cancer Informatics invite les chercheurs à lui soumettre leur prochain article.

Questions techniques

  • L'auteur du blog Omics! Omics! a assisté à une réunion des utilisateurs des systèmes d'Oxford Nanopore, MinION et PromethION, et en a résumé les principaux aspects en deux billets (ici et ici). A cette occasion, la société a dévoilé une levée de fonds à hauteur de 100 millions £ et son directeur Clive Brown a mis en ligne les données de son propre génome séquencé à l'aide d'un MinION (voir Bio-IT World et Frontline Genomics), tandis que Genome Web s'intéresse aux travaux d'équipes britannique et néerlandaise sur le séquençage de génomes humains avec ces systèmes.
  • Selon l'auteur du blog opiniomics, la "guerre du séquençage à l'aide de longs fragments d'ADN" se termine par la victoire du système MinION sur le Sequel de Pacific Biosciences qui, par ailleurs, vient de voir Roche mettre un terme à un partenariat de commercialisation (lire Genome Web et Omics! Omics!).
  • Après un séminaire organisé par 10X Genomics, l'auteur du blog CoreGenomics rapporte diverses avancées en matière de séquençage à l'échelle des cellules uniques. 
  • Pour comparer la qualité des plateformes de séquençage, l 'auteur du blog Omics! Omics! recommande d'utiliser le taux d'erreurs plutôt que "la précision de consensus".

Annonces
  • En partenariat avec trois institutions californiennes, Illumina a lancé un programme philanthropique appelé iHope pour "identifier les causes génétiques de maladies rares non diagnostiquées chez des enfants" (voir aussi Genome Web et Times of San Diego).
  • Genome Web rebondit sur un communiqué de la société GRAIL, dont Illumina est l'un des principaux investisseurs, dévoilant le lancement d'un projet appelé Circulating Cell-free Genome Atlas dans le domaine des biopsies liquides.
  • Genome Web a interrogé les responsables d'un programme lancé en partenariat avec Illumina par Cancer Research UK visant à séquencer le génome et le transcriptome de 2 000 patientes atteintes d'un cancer du sein.
  • Dans un communiqué, Cancer Genetics annonce son référencement par Merck sur la liste des laboratoires réalisant le test de diagnostic compagnon pour la prescription du pembrolizumab (anti PD-L1) chez des patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules.

Miscellanées
  • "Un patient atteint d'un cancer, deux tests d'ADN, deux résultats différents": sous ce titre, The Atlantic décrypte une étude, parue dans JAMA Oncology, ayant mis en évidence des discordances entre les résultats d'un test du génome tumoral (Foundation One) et d'une biopsie liquide (Guardant360) chez 9 patients (voir aussi Genome Web).
  • Sur le blog Genomics and Health Impact (CDC), ce billet tire des leçons des premiers pas du projet britannique 100 000 Genomes pour les appliquer au projet américain dont l'objectif porte sur des millions de participants.
  • Wired s'intéresse à un nouvel entrant sur le marché du séquençage en vente directe, Genos, qui propose de rémunérer ses clients acceptant de partager leurs données.
  • L'auteur du blog Omics! Omics! publie une longue recension du livre à succès, The Gene - An Intimate History, publié par Siddhartha Mukherjee, tandis que, sur Forbes, le responsable médical de DNAnexus recommande un deuxième livre passé inaperçu, la biographie d'un acteur majeur de la génomique: Hood: Trailblazer of the Genomics Age.

Formations


Lu dans Nota Bene Cancer

A partir d'échantillons sanguins prélevés sur 231 patients pédiatriques atteints d'une leucémie lymphoblastique aiguë, puis menée in vitro, cette étude identifie un sous-groupe de patients caractérisés par la présence de translocations impliquant les gènes EP300 et CREBBP
Whole transcriptome sequencing identified a distinct subtype of acute lymphoblastic leukemia with predominant genomic abnormalities of EP300 and CREBBP
Genome Research, sous presse, 2016 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 50 patients atteints d'une tumeur germinale, cette étude identifie un ensemble d'anomalies génomiques caractéristiques de la tumeur primitive, puis d'autres anomalies associées à l'apparition d'une résistance à la chimiothérapie
Genomic evolution and chemoresistance in germ-cell tumours
Nature, Vol. 540 (7631) , pp. 114-118, 2016 (résumé)

Menée à l'aide d'une technique de séquençage du génome entier sur des échantillons de tumeur primitive et de plusieurs métastases prélevés sur deux patientes atteintes d'un cancer du sein "basal-like" triplement négatif, cette étude met en évidence l'évolution des mutations et du nombre de copies de gènes entre l'ADN de la tumeur primitive et l'ADN des métastases
Tumor Evolution in Two Patients with Basal-like Breast Cancer: A Retrospective Genomics Study of Multiple Metastases
PLoS Medicine, Vol. 13 (12) , pp. e1002174, 2016 (article en libre accès)

Cet article passe en revue les travaux récents sur le rôle du mosaïcisme dans le développement des pathologies et, en particulier, analyse les conséquences de ces travaux sur les performances des tests génétiques en médecine
Mosaicism in health and disease - clones picking up speed
Nature Reviews Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

Menée en France à partir de données portant sur 529 patients atteints d'un cancer de stade avancé (âge moyen : 54 ans) et inclus dans l'essai clinique MOSCATO, cette étude prospective analyse les coûts associés aux technologies de diagnostic moléculaire et aux thérapies ciblées
The cost of molecular-guided therapy in oncology: a prospective cost study alongside the MOSCATO trial
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé)

Lu ailleurs
The Precision Medicine Initiative’s All of Us Research Program: an agenda for research on its ethical, legal, and social issues
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (résumé)

Personal Genomic Testing for Cancer Risk: Results From the Impact of Personal Genomics Study

Journal of Clinical Oncology, sous presse, 2016 (résumé) (voir Reuters et Genome Web)
Tracing the origin of disseminated tumor cells in breast cancer using single-cell sequencing
Genome Biology, 17:250, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

A Study of TP53 RNA Splicing Illustrates Pitfalls of RNA-seq Methodology
Cancer Research, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Alternate-locus aware variant calling in whole genome sequencing
Genome Medicine, 8:130, 2016 (article en libre accès)

HapCUT2: robust and accurate haplotype assembly for diverse sequencing technologies
Genome Research, sous presse, 2016 (article en libre accès)

cPAS-based sequencing on the BGISEQ-500 to explore small non-coding RNAs
Clinical Epigenetics, 8:123, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

MeFiT: merging and filtering tool for illumina paired-end reads for 16S rRNA amplicon sequencing
BMC Bioinformatics, 17:491, 2016 (article en libre accès)

BMC Bioinformatics, 17:490, 2016 (article en libre accès)

jeudi 1 décembre 2016

Onco-Seq du 1er décembre 2016

Bioinformatique & Big Data
  • Dans un communiqué, le Broad Institute dévoile un partenariat avec Intel pour "intégrer des données génomiques de diverses sources et améliorer les capacités d'analyse de ces données" (voir aussi Genome Web et, sur le site de l'Ecole de santé publique à Harvard, cet article relatant "le séquençage d'un génome toutes les 12 minutes" par le Broad, ou encore, dans la Harvard Gazette, cet article sur l'infrastructure informatique de l'université).
  • Tandis que Computer World relaie une simplification de son offre de stockage et des baisses de prix par Amazon Web Services (AWS), Edico Genome annonce le déploiement de son système DRAGEN sur AWS (voir aussi Genome Web), et Core Informatics installe sa Platform for Science sur AWS (voir aussi Genome Web).
  • "DeepMind de Google a signé un accord avec le National Health Service britannique pour accéder aux données des patients et développer une application appelée Streams", rapporte le New Scientist.
  • Sur son blog, 23andMe décrit les outils mis à disposition de ses clients pour "partager et protéger leurs données génétiques".
  • Le site du projet 1 000 Genomes propose à ses usagers un questionnaire pour "améliorer l'accès" à ses données.
  • Le blog de Golden Helix décrit la procédure pour exporter dans Excel des données de VarSeq, tandis que l'auteur du blog opiniomics explique comment lire des données Google Sheets avec le logiciel R.

Questions techniques
  • L'auteur du blog Omics! Omics! se demande si "les robots de manipulation des liquides et pipettes sont prêts à entrer dans le 21ème siècle".
  • L'auteur du blog CureFFI décrit en détails une procédure pour constituer une bibliothèque encodée par l'ADN (DNA-encoded library).
  • Dans un long article, Genome Web tente de faire la synthèse de nombreuses discussions ayant animé le congrès annuel de l'Association for Molecular Pathology à propos des "défis posés par l'implémentation des recommandations sur la classification des variants".

Annonces
  • Dans un communiqué, Sophia Genetics dévoile un partenariat avec Horizon Discovery sur des référentiels NGS pour des applications en oncologie (voir aussi Genome Web).
  • Genome Web relaie l'annonce, par le Department of Veterans Affairs, d'un partenariat doté de 50 millions $ avec la Prostate Cancer Foundation pour développer "une oncologie de précision" (voir aussi ce communiqué de Flow Health sur son apport au projet en matière d'intelligence artificielle).
  • Genome Web a longuement interrogé des responsables de Molecular Health à propos de leur décision d'abandonner leur service de séquençage pour se concentrer sur leurs offres de logiciels destinés à la décision clinique.
  • Selon Genome Web, la société de médecine personnalisée Perthera a noué un partenariat avec la Lung Cancer Alliance pour "faciliter les tests moléculaires chez les patients".

Miscellanées
  • Dans une longue enquête, STAT s'intéresse aux pratiques agressives de Myriad Genetics, le "pionnier des tests BRCA" qui, sous la menace de la concurrence, voit son chiffre d'affaires baisser...
  • Dans Harvard Business Review, deux auteurs américains analysent ce qu'ils estiment être un obstacle aussi difficile à franchir que la compréhension de la biologie des tumeurs : le partage des données relatives aux patients.
  • L'auteur du blog Omics! Omics! conclut sa série de billets sur une "histoire alternative" de la génétique si le projet Genome Humain n'avait pas existé (voir Onco-Seq du 17 novembre - rubrique Miscellanées); dans un autre billet, il se demande si "Oxford Nanopore ne fait pas une erreur stratégique avec son système PromethION" (voir aussi ce billet de CoreGenomics sur la longueur des fragments d'ADN séquencés par le système MinION).
  • "Une communauté de 5 000 bêta-testeurs fournit des informations sur les meilleurs moyens d'inclure le million de participants prévus dans le cadre de la cohorte Precision Medicine Initiative", rapporte Genome Web qui, dans un autre article, a interrogé le directeur de ce projet, Eric Dishman, sur son financement après l'élection présidentielle (voir aussi, sur le site Transforming Genetic Medicine Initiative, cet article sur "le pouvoir des patients").
  • Avec l'élection de Donald Trump, le projet "Objectif Lune en oncologie" (Cancer Moonshot) lancé par le vice-président Biden est-il en danger? : STAT et Genome Web s'interrogent tandis que, dans un édito, Nature appelle à ne pas oublier les aspects liés à la prévention dans ce projet (voir aussi, sur Xconomy, cet article sur une initiative "Precision Medicine" menée à l'échelle de la Californie); parallèlement, STAT rapporte que, dans l'attente d'un nouveau Congrès et d'une nouvelle administration, la FDA a suspendu son projet d'encadrement réglementaire des tests de diagnostic développés en laboratoire (voir aussi Genome Web et, sur le blog DNA Exchange, ce billet analysant les conséquences prévisibles de l'élection présidentielle sur les pratiques de conseil génétique).
  • "Les membres de votre famille ont-ils un droit d'accès à votre code génétique?", s'interroge MIT Technology Review à partir d'un cas concret impliquant deux sœurs jumelles (voir aussi, sur FastCompany, cet article à propos des projets ambitieux de la société de génomique personnelle Helix, une spin-off d'Illumina).
  • Genomics England relaie l'inauguration, par Theresa May, d'un nouveau centre de séquençage pour le projet 100 000 Genomes (voir aussi Genome Web).
  • Le site Diagnostics World News consacre un article à la société de services génomiques Novogene qui, basée à Pékin, emploie désormais plus d'un millier de personnes (voir aussi cet article de Genome Web rapportant une levée de fonds à hauteur de 75 millions $ par Novogene).

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 18 patients atteints d'un carcinome mucoépidermoïde des glandes salivaires, cette étude identifie un ensemble d'anomalies somatiques, notamment la présence fréquente de la translocation MECT1-MAML2 et de mutations des gènes TP53 et POU6F2
Whole-Exome Sequencing of Salivary Gland Mucoepidermoid Carcinoma
Clinical Cancer Research, sous presse, 2016 (résumé)

Cet article présente une méthode permettant de comparer les outils d'analyse bioinformatique visant à identifier, dans des données obtenues par séquençage de l'ADN, les gènes impliqués dans la cancérogenèse
Evaluating the evaluation of cancer driver genes
Proceedings of the National Academy of Sciences, sous presse, 2016 (article en libre accès)

A partir de l'analyse des résultats du projet européen de médecine de précision BIO-RAIDs concernant la détermination du profil moléculaire des cancers du col de l’utérus, cet article identifie les défis posés par la conduite d'études internationales associées à une biobanque, puis présente des recommandations pour faciliter et standardiser les procédures
Precision medicine in cancer : challenges and recommendations from an EU-funded cervical cancer biobanking study
British Journal of Cancer, sous presse, 2016 (résumé)

Lu ailleurs
The Oxford Nanopore MinION: delivery of nanopore sequencing to the genomics community
Genome Biology, 17:239, 2016 (article en libre accès)

Are Data Sharing and Privacy Protection Mutually Exclusive?
Cell, Vol. 167(5), pp. 1150-1154, 2016 (article en libre accès)

Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics
Genetics in Medicine, sous presse, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

The Rise and Rise of Exome Sequencing
Public Health Genomics, sous presse, 2016 (article en libre accès)

A framework for the detection of de novo mutations in family-based sequencing data
European Journal of Human Genetics, sous presse, 2016 (article en libre accès)

Next-generation sequencing in thyroid cancer
Journal of Translational Medicine, 14:322, 2016 (article en libre accès)

Chromosomal Instability Estimation Based on Next Generation Sequencing and Single Cell Genome Wide Copy Number Variation Analysis
PLoS ONE, 11(11): e0165089, 2016 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Application of Single-Molecule Amplification and Resequencing Technology for Broad Surveillance of Plasma Mutations in Patients with Advanced Lung Adenocarcinoma
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

A Comparison of Cell-Free DNA Isolation Kits
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2016 (résumé)

The importance of dynamic re-analysis in diagnostic whole exome sequencing
Journal of Medical Genetics, sous presse, 2016 (résumé)

novoBreak: local assembly for breakpoint detection in cancer genomes
Nature Methods, sous presse, 2016 (résumé)

Discovery and genotyping of structural variation from long-read haploid genome sequence data
Genome Research, sous presse, 2016 (résumé)

Insights from the International Human Epigenome Consortium
Cell Press, 24 articles en libre accès, 2016 (voir Genome Web ici et ici)