mercredi 26 juillet 2017

Onco-Seq du 26 juillet 2017

Miscellanées
  • En France, les noms des deux premières plateformes du plan France Médecine Génomique 2025 ont été dévoilées : SeQOIA (Île-de-France) et AURAGEN (Auvergne-Rhône Alpes)
  • Au Royaume-Uni, le gouvernement est destinataire d'un rapport (pdf, 256 pages) appelant à "réaliser le rêve génomique" au sein du système national de santé, c'est-à-dire à "rendre les tests génomiques aussi communs que les tests sanguins et à faire entrer le NHS dans l'ère de la médecine de précision pour le traitement des cancers et des maladies rares", comme le résume The Guardian (voir aussi The LancetCancer Research UKPHG FoundationBBC NewsThe Telegraph).
  • Les conséquences de l'autorisation de mise sur le marché américain du test Oncomine Dx Target (Thermo Fisher) sont analysées par Wired et Genome Web.
  • Dans un communiqué, l'Institute of Cancer Research à Londres annonce l'installation dans ses locaux de la dernière génération des technologies de séquençage, le système NovaSeq 6000 d'Illumina
  • Selon Genome Web, la publication d'un important volume de données par la UK Biobank "change la donne" pour la communauté des généticiens qui "s'attendent à un déluge de nouvelles études".
  • "Les chercheurs voient un grand potentiel dans l'utilisation d'un séquençage génomique pour aider à prescrire une thérapie ciblée mais, dans leur pratique, les oncologues rencontrent des limites importantes", selon cet article sur le site de l'Université du Michigan; parallèlement, le site du Baylor College of Medicine explique que "pour les familles de patients pédiatriques atteints d'un cancer, les informations issues d'un séquençage génomique ont plus d'intérêt qu'on ne le pensait."
  • Le site de la PHG Foundation relaie la publication d'un rapport sur l'adoption de principes communs en matière de classification et d'interprétation des variants génomiques.
  • "Ajouter un séquençage du génome entier à l'analyse standard de l'histoire familiale révèle des résultats génétiques d'une valeur incertaine", explique ce communiqué de presse des Annals of Internal Medicine en résumant la publication des résultats de l'étude MedSeq (voir aussi l'édito associé et la diversité des reprises de cette étude par STATNPRWiredScienceReutersMIT Technology ReviewGenome Web ou encore ce billet du blog Genomics Health Impact sur le site des CDC).
  • BIO-IT World consacre un article à la nécessité, pour la médecine de précision, de disposer de données génomiques représentant une large diversité ethnique.
  • Dans un long article, Genome Web s'intéresse aux diverses sociétés qui, face à une explosion attendue de la demande en biopsies liquides, proposent des outils de validation et d'assurance qualité (voir aussi ce billet sur le blog de SeraCare).
  • Genome Web relaie un communiqué d'une société australienne, Genome.One, qui lance "un service combinant un séquençage du génome entier et une évaluation de l'état de santé" à destination de "toute personne curieuse de connaître son risque génétique vis-à-vis d'un ensemble de maladies".
  • Dans The Guardian, une journaliste tire les leçons de ses diverses expériences avec des tests génomiques en vente directe tandis que, sur son blog, 23andMe explique  comment ses clients peuvent visualiser "leurs contributions à la recherche".
  • "Une start-up appelée Helix parie sur le fait que non seulement les gens veulent en savoir plus sur leur ADN, mais qu'ils sont prêts à payer pour continuer à interagir avec lui", affirme MIT Technology Review à propos de l'offre d'une filiale d'Illumina présentant, pour 80$, une sorte d'App Store des génomes (voir aussi ForbesThe AtlanticWiredGenome Web et, sur Mendelspodun entretien avec l'un de ses fondateurs).
  • Le National Human Genome Research Institute a mis en ligne une courte vidéo déroulant la chronologie des travaux sur le génome humain, depuis Mendel en 1865 jusqu'à la publication de la première séquence complète en 2003.

Bioinformatique & Big Data
  • "Le système d'intelligence artificielle Watson d'IBM, une plaisanterie?", s'interroge Forbes (voir aussi MIT Technology Review, Wired et, pour une analyse du "business model" de l'intelligence artificielle en santé, voir cet article sur Xconomy). 
  • Selon Genome Web, l'université George Washington s'est alliée avec un laboratoire de la NASA pour définir, dans le cadre d'un projet financé par le National Cancer Institute, une terminologie de référence en génomique des cancers.
  • Genome Web a interrogé l'un des responsables informatiques du programme All of Us, anciennement connu sous le nom de Precision Medicine Initiative Cohort, à propos des défis techniques posés par la gestion d'un gros volume d'informations recueillies dans un grand nombre de sites sur le territoire américain (voir aussi cet autre article à propos d'un programme pilote appelé Sync for Science).
  • Dans un communiqué, Illumina annonce que Genomics England a adopté son logiciel BaseSpace Variant Interpreter pour caractériser les échantillons tumoraux dans son projet 100 000 Genomes (voir aussi Genome Web).
  • Genome Web a interrogé l'un des premiers utilisateurs du logiciel d'analyse génomique Oncomine™ Knowledgebase Reporter Software de Thermo Fisher: "un très bon produit" pour simplifier l'analyse de données NGS.
  • Le blog de Golden Helix publie trois billets sur divers usages de leur logiciel VarSeq: iciici et ici.
  • Dans un communiqué, Genome Oncology annonce que l'université de Californie à San Francisco utilise désormais son système GO Clinical Workbench (voir aussi Genome Web).
  • "Analyser les données de plusieurs milliers de cellules peut se révéler délicat, mais les progrès des logiciels rendent l'exercice plus facile", rapporte Nature.
  • Genome Web s'intéresse aux efforts de bioinformaticiens pour améliorer le contenu de Wikipedia dans leur domaine.
  • Une étude du marché de la bioinformatique pour le NGS est disponible sur Report Buyer pour 1 364 $.

Questions techniques
  • Suite à une journée de formation chez Oxford Nanopore, l'auteur du blog enseqlopedia livre ses premières impressions sur le kit cDNA-Seq; quant à l'auteur du blog Omics! Omics!, il analyse les offres de prix pour le système GridION X5.
  • Genome Web décrypte une étude, parue dans ACS Sensors, faisant état de l'utilisation d'un système à base de nanopores pour détecter une mutation V600E du gène BRAF dans un échantillon tumoral.
  • L'auteur du blog MassGenomics s'intéresse aux problèmes posés par les variants de signification inconnue en clinique.

Annonces

  • Dans un communiqué, Illumina annonce la mise sur le marché de son kit NGS Extended RAS Panel, autorisé par la FDA, pour accompagner la prescription du panitumumab chez les patients atteints d'un cancer colorectal (voir aussi Genome Web).
  • Genome Web a repéré le lancement, par les National Institutes of Health (NIH), d'appels à projets sur les implications éthiques, juridiques et sociales des programmes de recherches en génomique (ici, ici et ici).
  • Dans un communiqué, les NIH ont annoncé l'ouverture aux inclusions de la partie pédiatrique de l'essai MATCH (Molecular Analysis for Therapy Choice) qui fera appel à un test NGS de recherche de mutations dans 160 gènes associés au cancer.
  • Dans un communiqué, Pacific Biosciences salue la publication, par une équipe de Stanford, de la première application de leur système de séquençage du génome entier, à base de longs fragments d'ADN, pour identifier un variant structurel causal chez un patient présentant de multiples tumeurs (voir aussi Fierce Biotech
  • Genome Web relaie un communiqué publié par OncoDNA sur la signature d'un partenariat avec l'Institut Roi Albert II des cliniques universitaires Saint-Luc et l'EORTC pour contribuer à la stratification des patients dans un essai de phase II évaluant des traitements d'un carcinome épidermoïde de la tête et du cou de stade métastatique/récidivant.
  • Dans un communiqué, Agilent annonce le rachat du portefeuille de brevets détenus par Population Genetics pour "améliorer la précision et la sensibilité de la détection NGS" (voir aussi Genome Web, et cet autre communiqué sur le lancement d'une solution pour la préparation des échantillons: SureSelect).

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 363 patients atteints d'un carcinome hépatocellulaire, cette étude identifie un ensemble d'anomalies moléculaires (mutations, hyperméthylation...) et, notamment, suggère que la signalisation Sonic Hedgehog joue un rôle clé dans le développement d'une tumeur
Comprehensive and Integrative Genomic Characterization of Hepatocellular Carcinoma
Cell, Vol. 169 (7) , pp. 1327-1341.e23, 2017 (résumé)

A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 317 patients atteints d'un adénocarcinome de l'intestin grêle, sur 6 353 patients atteints d'un cancer colorectal et sur 889 patients atteints d'un carcinome de l'estomac, cette étude identifie un ensemble d'anomalies génomiques spécifiques des adénocarcinomes de l'intestin grêle
Genomic profiling of small-bowel adenocarcinoma
JAMA Oncology, sous presse, 2017 (résumé)

A partir de 256 échantillons de lésions pré-invasives et invasives prélevés sur 69 patients atteints d'un cancer de la cavité buccale, cette étude suggère que la majorité des modifications génomiques se produisent dans l'état précancéreux par une accumulation graduelle et ne résultent pas d'un seul événement
The genomic road to invasion—examining the similarities and differences in the genomes of associated oral pre-cancer and cancer samples
Genome Medicine, Vol. 9 (1) , pp. 53, 2017 (article en libre accès)

Menée à partir de l'analyse d'échantillons d'ADN tumoral issus de 240 patients atteints d'un carcinome colorectal métastatique (55 % d'hommes ; âge médian au diagnostic : 62 ans pour les femmes et 67 ans pour les hommes), cette étude met en évidence, à l'aide de tests moléculaires de très haute sensibilité, une hétérogénéité intratumorale ainsi qu'un faible taux de mutations artéfactuelles dans le gène KRAS
Extreme assay sensitivity in molecular diagnostics further unveils intratumour heterogeneity in metastatic colorectal cancer as well as artifactual low-frequency mutations in the KRAS gene
British Journal of Cancer, sous presse, 2017 (article en libre accès)

A partir d'échantillons de tumeurs primitives et de métastases prélevés sur 68 patients atteints d'un adénocarcinome canalaire du pancréas, cette étude identifie un ensemble d'anomalies génomiques
Clinical study of genomic drivers in pancreatic ductal adenocarcinoma
British Journal of Cancer, sous presse, 2017 (résumé)

A partir de 99 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un cancer colorectal, cette étude analyse les anomalies du nombre de copies de gènes et leurs effets sur l'expression des gènes impliqués dans des voies de signalisation associées à la cancérogenèse
Comprehensive analysis of copy number aberrations in microsatellite stable colon cancer in view of stromal component
British Journal of Cancer, sous presse, 2017 (résumé)

A partir de 491 échantillons tumoraux prélevés sur des patients pédiatriques atteints d'un médulloblastome, cette étude identifie notamment des anomalies génomiques en association avec 2 sous-types de la maladie
The whole-genome landscape of medulloblastoma subtypes
Nature, Vol. 547 (7663) , pp. 311-317, 2017 (article en libre accès)

Menée à partir d'échantillons sanguins prélevés sur 1 026 patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules de stade avancé, cette étude évalue la possibilité d'utiliser l'ADN circulant pour détecter des mutations du gène EGFR et identifier les patients pouvant bénéficier d'un traitement par inhibiteur de tyrosine kinase du récepteur EGFR
Large scale, prospective screening of EGFR mutations in the blood of advanced NSCLC patients to guide treatment decisions
Annals of Oncology, sous presse, 2017 (résumé)

Menée sur 348 patients atteints d'un cancer urothélial non invasif de la vessie traité par résection transurétrale et menée sur 167 témoins, cette étude française évalue l'intérêt, par rapport à une analyse cytologique ou une cystoscopie, de rechercher des mutations somatiques du promoteur TERT dans des échantillons urinaires pour prédire le risque de récidive
Non-invasive prediction of recurrence in bladder cancer by detecting somatic TERT promoter mutations in urine
British Journal of Cancer, sous presse, 2017 (résumé)

Lu ailleurs
AACR Project GENIE: Powering Precision Medicine through an International Consortium
Cancer Discovery, sous presse, 2017 (résumé)

Systematic comparison of two whole-genome amplification methods for targeted next-generation sequencing using frozen and FFPE normal and cancer tissues
Scientific Reports, 7:4055, 2017 (article en libre accès)

Next-generation sequencing of circulating tumor DNA to predict recurrence in triple-negative breast cancer patients with residual disease after neoadjuvant chemotherapy
npj Breast Cancer, 3:24, 2017 (article en libre accès)

Comparing sequencing assays and human-machine analyses in actionable genomics for glioblastoma
Neurology Genetics, sous presse, 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

ISOWN: accurate somatic mutation identification in the absence of normal tissue controls
Genome Medicine, 9:59, 2017 (article en libre accès)

Prevalence of germ-line mutations in cancer genes among pancreatic cancer patients with a positive family history
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Significant Improvement in Detecting BRAF, KRAS, and EGFR Mutations Using Next-Generation Sequencing as Compared with FDA-Cleared Kits
Molecular Diagnosis & Therapy, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Molecular Analysis of Circulating Free DNA from Lung Cancer Patients in Routine Laboratory Practice
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2017 (résumé)

A Method for Next-Generation Sequencing of Paired Diagnostic and Remission Samples to Detect Mitochondrial DNA Mutations Associated with Leukemia
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2017 (résumé)

Hi-C as a tool for precise detection and characterisation of chromosomal rearrangements and copy number variation in human tumours
Genome Biology, 18:125, 2017 (article en libre accès)

Development and validation of a variant detection workflow for BRCA1 and BRCA2 genes and its clinical application based on the Ion Torrent technology
Human Genomics, 11:14, 2017 (article en libre accès)

Sequencing and phasing cancer mutations in lung cancers using a long-read portable sequencer
DNA Research, sous presse, 2017 (article en libre accès) (voir ce billet du blog enseqlopedia)

A patient with germ-line gain-of-function PDGFRB p.N666H mutation and marked clinical response to imatinib
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Targeted sequencing of 36 known or putative colorectal cancer susceptibility genes
Molecular Genetics & Genomic Medicine, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Population-specific genetic variation in large sequencing data sets: why more data is still better
European Journal of Human Genetics, sous presse, 2017 (résumé)

Data sharing as a national quality improvement program: reporting on BRCA1 and BRCA2 variant-interpretation comparisons through the Canadian Open Genetics Repository (COGR)
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Duplex Proximity Sequencing (Pro-Seq): A method to improve DNA sequencing accuracy without the cost of molecular barcoding redundancy
bioRxiv, 14 juillet 2017 (article en libre accès) (voir Genome Web)

Characterization of background noise in capture-based targeted sequencing data
Genome Biology, 15:136, 2017 (article en libre accès)

Cloud-based Interactive Analytics for Terabytes of Genomic Variants Data
Bioinformatics, sous presse, 2017 (résumé)

myVCF: a desktop application for high-throughput mutations data management
Bioinformatics, sous presse, 2017 (résumé)

GIGGLE: a search engine for large-scale integrated genome analysis

bioRxiv, 29 juin 2017 (article en libre accès)

Quantification of tumour evolution and heterogeneity via Bayesian epiallele detection
BMC Bioinformatics, 18:354, 2017 (article en libre accès)

A Software Application for Mining and Presenting Relevant Cancer Clinical Trials per Cancer Mutation
Cancer Informatics, sous presse, 2017 (résumé)

Experimenting with reproducibility in bioinformatics
bioRxiv, 20 juin 2017 (article en libre accès)

Bioinformatics on a national scale: an example from Switzerland
Briefings in Bioinformatics, sous presse, 2017 (article en libre accès)

mercredi 21 juin 2017

Onco-Seq du 21 juin 2017

ASCO 2017
Parmi le flot d'informations issues du congrès annuel de l'ASCO:
  • Dans un premier communiqué, l'ASCO a détaillé les évolutions de son essai TAPUR (Targeted Agent and Profiling Utilization Registry), puis a fourni des informations sur deux nouveaux partenariats dans le cadre de cet essai, l'un avec Caris Life Sciences, l'autre avec Foundation Medicine (voir aussi Genome Web).
  • Dans un autre communiqué, l'ASCO a dévoilé sa contribution, avec Illumina, à la base de données en libre accès CIViC (Clinical Interpretation of Variants in Cancer).
  • En relayant la présentation des résultats de l'étude ProfiLER du Centre Léon Bérard, l'ASCO écrit que "les tests génomiques en routine sont faisables, mais qu'ils ne bénéficient qu'à un sous-groupe de patients" (voir aussi Genome Web).
  • Genome Web consacre un long article à la présentation de résultats d'une étude "démontrant l'utilité" de la base Clinico-Genomic Database mise en oeuvre par Foundation Medicine et Flatiron Health, puis s'intéresse également aux projets de la FDA visant à tirer profit de la base CancerLinQ de l'ASCO pour évaluer les usages dans le monde réel des thérapies ciblées, en commençant par le traitement des mélanomes.

Bioinformatique & Big Data
  • Bio-IT World a longuement interrogé un responsable de Seven Bridges sur les premières leçons à tirer de leur projet Cancer Genomics Cloud; voir aussi cet article résumant les principales annonces en matière de sécurité et partage de données lors de la 15ème conférence annuelle Bio-IT et, notamment, l'annonce par le Broad Institute du passage en open source de leur logiciel d'analyse des données génomiques GATK4 (voir aussi Genome Web).
  • Genome Web relaie l'annonce, par les National Institutes of Health, d'un appel à projets (pdf) doté de 21 millions $ sur 4 ans pour financer un réseau de groupes de recherches visant à bâtir une plateforme en ligne de partage de données biomédicales (lire aussi, dans le New England Journal of Medicine, cet article de commentaire sur "le besoin de solutions globales en matière de partage de données cliniques et génomiques dans les cancers").
  • Mendelspod a interviewé un responsable de DNAnexus sur les enjeux du partage de données et de la collaboration en bioinformatique (audio - 28 mn).
  • Selon Genome Web, la plateforme de partage de données développée par GenomeDx démontre son utilité pour la prise en charge des patients atteints d'un cancer de la prostate.
  • Genome Web a interrogé Sourav Bandyopadhyay (Université de Californie à San Francisco) sur ses méthodes de calcul visant à "donner du sens aux données -omiques, notamment en identifiant des voies de signalisation et des réseaux biologiques associés à la réponse thérapeutique".
  • La start-up Medley Genomics veut tirer profit de "son expertise dans l'analyse de l'hétérogénéité génomique des tumeurs pour améliorer le traitement des cancers", rapporte Genome Web.
  • Dans un communiqué, Philips dévoile un partenariat avec le Memorial Sloan Kettering Cancer Center pour développer des techniques d'analyse des données génomiques en oncologie de précision.

Questions techniques

  • L'auteur du blog Omics! Omics! a dressé une liste commentée des sujets d'intérêt abordés lors de la conférence Sequencing, Finishing and Analysis in the Future Meeting et, dans un autre billet, s'interroge sur les méthodes d'assemblage des génomes.
  • L'auteur du blog enseqlopedia, lui, a assisté à une réunion sur le séquençage à l'échelle d'une seule cellule et il en partage les principales présentations.
  • "Systèmes de séquençage PacBio ou Oxford Nanopore ?": Genohub publie un comparatif détaillé (voir aussi, sur opiniomics, cet article sur la décision d'un juge dans le procès opposant PacBio et Oxford Nanopore;  et lire, sur le blog Omics! Omics!, ce billet détaillant les nouveautés techniques annoncées par le fabricant britannique).
  • L'auteur du blog Omics! Omics! analyse les caractéristiques du système SeqStudio (séquençage Sanger) récemment lancé par Thermo Fisher.
  • Sur le blog de Golden Helix, un premier billet décrit les possibilités d'annotation avec gnomAD (123 136 exomes et 15 496 génomes) tandis qu'un deuxième billet présente un tutoriel : VarSeq Cancer Gene Panel Tutorial.

Annonces
  • "Grail parie 1 milliard $ pour le test parfait de détection d'un cancer", écrit MIT Technology Review en analysant les projets de la société qui, fondée par Illumina, a dévoilé son alliance avec une société basée à Hong Kong, Cirina, pour développer des biopsies liquides (voir aussi Xconomy et Genome Web).
  • De son côté, Sophia Genetics communique sur la mise en oeuvre d'un système d'intelligence artificielle dans ses biopsies liquides pour "accélérer la détection précoce d'un cancer et améliorer l'efficacité du suivi de la réponse thérapeutique" (voir aussi Genome Web).
  • Dans un communiqué, Qiagen a dévoilé un partenariat avec Bristol-Myers Squibb autour de technologies NGS en immuno-oncologie (voir aussi Genome Web).
  • Dans un communiqué, Integrated DNA Technologies annonce la signature d'un partenariat avec Illumina pour la préparation des bibliothèques NGS (voir aussi Genome Web).

Miscellanées
  • Le site de la PHG Foundation signale la parution d'un rapport sur l'évaluation médico-économique du séquençage de l'exome entier en clinique (voir aussi cette étude sur le marché européen des fournisseurs de services NGS).
  • Selon Genome Web, la première autorisation de mise sur le marché américain d'un médicament en fonction d'une anomalie moléculaire, et non d'une localisation cancéreuse (pembolizumab, lire l'analyse du NCI), signe une nouvelle phase pour la médecine de précision et devrait "bénéficier aux fournisseurs de panels NGS".
  • Dans un communiqué, les NIH ont annoncé l'inclusion des premiers participants dans l'étude de cohorte All of US (voir aussi Genome Web et, pour le lancement d'une autre cohorte à New York, The Human Project, voir cet article de STAT).
  • "Un séquençage du génome pour les personnes en bonne santé ?": l'auteur du blog Genomics and Health Impact (CDC) détaille les travaux à entreprendre avant de se lancer dans de telles initiatives à grande échelle.
  • Genome Web a repéré l'annonce, par le gouvernement danois, du lancement d'une Stratégie nationale en matière de médecine personnalisée, dotée de 14,2 millions $ sur 3 ans.
  • Genome Web rebondit sur une étude d'une société irlandaise, Diaceutics, selon laquelle "chaque année, plus de 156 000 patients atteints d'un cancer en Europe et aux Etats-Unis ne pourraient pas bénéficier de thérapies ciblées en raison de procédures de diagnostic sous-optimales" (voir aussi cet autre article de Genome Web à propos d'une enquête américaine sur des pratiques frauduleuses en matière de tests génétiques).
  • Selon un rapport signalé par Xconomy, l'industrie génomique dans la région de San Diego (Californie) rassemble quelque 115 sociétés employant plus de 10 000 personnes.
  • "Non, la séquence du génome humain n'est pas complète" et cela n'est pas sans conséquence, rappelle STAT.
  • "La réplication de l'ADN a été filmée pour la première fois, et ça ne correspond pas à ce qu'on attendait", explique Science Alert à partir d'une étude publiée dans Cell.
  • Genome Web s'intéresse à une start-up new-yorkaise, playDNA, qui développe des programmes d'initiation au séquençage génomique dans les lycées à l'aide du système MinION.
  • En Chine, le séquençage du génome d'un nouveau-né est commercialisé par une société américaine basée à Boston, Veritas Genetics, pour un prix de 1 500$, rapporte MIT Technology Review.

Lu dans Nota Bene Cancer
A partir de données portant sur des lignées cellulaires cancéreuses murines et humaines, cette étude analyse les différences entre les taux de mutations somatiques et constitutionnelles observés entre les deux espèces
Differences between germline and somatic mutation rates in humans and mice
Nature Communications, Vol. 8 , pp. 15183, 2017 (article en libre accès)

A partir de 308 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un adénocarcinome canalaire du pancréas, cette étude identifie un ensemble de mutations non codantes dans des régions du génome liées à la régulation de l'expression des gènes
Recurrent noncoding regulatory mutations in pancreatic ductal adenocarcinoma
Nature Genetics, sous presse, 2017 (résumé)

A partir de données du projet "The Cancer Genome Atlas", puis menée in vitro et in vivo, cette étude identifie, à l'aide d'une nouvelle méthode d'ingénierie génétique, plusieurs fusions de gènes en lien avec une fonction oncogénique, puis met en évidence les voies de signalisation activées par ces fusions
Engineering and Functional Characterization of Fusion Genes Identifies Novel Oncogenic Drivers of Cancer
Cancer Research, sous presse, 2017 (résumé)

Cet article passe en revue les travaux récents sur le rôle des éléments transposables dans le développement d'un cancer, notamment des séquences d'ADN LINE-1 dont l'activité induit des insertions somatiques dans les génomes tumoraux
Transposable elements in cancer
Nature Reviews Cancer, sous presse, 2017 (résumé)

A partir de données portant sur 11 219 échantillons tumoraux humains (32 types de cancer), cette étude analyse les anomalies moléculaires associées à une activation de la voie de signalisation PI3K/AKT/mTOR, puis montre que, pour une proportion non négligeable de cancers, une activité élevée de la voie mTOR n'est associée à aucune anomalie génétique ou génomique connue
A Pan-Cancer Proteogenomic Atlas of PI3K/AKT/mTOR Pathway Alterations
Cancer Cell, sous presse, 2017 (résumé)

A partir de 278 échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un cancer primitif du côlon, cette étude identifie un ensemble de fusions de gènes en lien avec une fonction oncogénique
A systematic analysis of oncogenic gene fusions in primary colon cancer
Cancer Research, sous presse, 2017 (résumé)

Menée à l'aide d'échantillons tumoraux prélevés sur 346 patients atteints d'un cancer colorectal métastatique, cette étude met en évidence une association entre la présence de réarrangements des gènes ALK, ROS1 et NTRK (27 patients) et un pronostic défavorable
ALK, ROS1, and NTRK Rearrangements in Metastatic Colorectal Cancer
JNCI: Journal of the National Cancer Institute, Vol. 109 (12) , 2017 (résumé)

Cet article passe en revue les travaux récents sur les mécanismes par lesquels la localisation d'une tumeur et son environnement contraignent les effets des mutations oncogéniques sur le métabolisme des cellules tumorales
Nature and Nurture: What Determines Tumor Metabolic Phenotypes?
Cancer Research, sous presse, 2017 (résumé)

Ce dossier présente un ensemble d'articles portant notamment sur l'intérêt des tests génomiques dans la prise en charge individualisée des cancers hématologiques, sur les différents aspects éthiques liés à l'utilisation de ces tests et sur le partage des données génomiques collectées
Introduction to a Review Series on Precision Hematology
Blood, sous presse, 2017 (éditorial)

Lu ailleurs

AACR Project GENIE: Powering Precision Medicine Through An International Consortium
Cancer Discovery, sous presse, 2017 (résumé)

Altered interactions between unicellular and multicellular genes drive hallmarks of transformation in a diverse range of solid tumors
PNAS, sous presse, 2017 (résumé) (voir cet article sur le site The Cancer Genome Atlas des NIH).

Reference standards for next-generation sequencing
Nature Reviews Genetics, sous presse, 2017 (résumé)

23andMe Paves the Way for Direct-to-Consumer Genetic Health Risk Tests of Limited Clinical Utility
Annals of Internal Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Cancer Precision Medicine: Why More Is More and DNA Is Not Enough
Public Health Genomics, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Sharing data under the 21st Century Cures Act
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Computing patient data in the cloud: practical and legal considerations for genetics and genomics research in Europe and internationally
Genome Medicine, 9:58, 2017 (article en libre accès)

Nanopore sequencing data analysis: state of the art, applications and challenges
Briefings in Bioinformatics, sous presse, 2017 (résumé)

Using high-resolution variant frequencies to empower clinical genome interpretation
Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Pan-cancer analysis reveals technical artifacts in TCGA germline variant calls
BMC Genomics, 18:458, 2017 (article en libre accès)

Sources of discordance among germ-line variant classifications in ClinVar

Genetics in Medicine, sous presse, 2017 (article en libre accès)

Linked read sequencing resolves complex genomic rearrangements in gastric cancer metastases
Genome Medicine, 9:57, 2017 (article en libre accès)

Genome annotation for clinical genomic diagnostics: strengths and weaknesses
Genome Medicine, 9:49, 2017 (article en libre accès)

Power and sample size calculations for high-throughput sequencing-based experiments
Bioinformatics, sous presse, 2017 (résumé)

Genomic Analysis of Plasma Cell-Free DNA in Patients With Cancer
JAMA Oncology, Vol. 3(6), pp. 740-741, 2017 (résumé)

Semi-automated cancer genome analysis using high-performance computing
Human Mutation, sous presse, 2017 (résumé)

GenomeVIP: a cloud platform for genomic variant discovery and interpretation
Genome Research, sous presse, 2017 (résumé)

Clinical exome sequencing reports: current informatics practice and future opportunities
Journal of the American Medical Informatics Association, sous presse, 2017 (résumé)

Clinical application of a cancer genomic profiling assay to guide precision medicine decisions
Personalized Medicine, sous presse, 2017 (résumé)

Single-cell genome sequencing at ultra-high-throughput with microfluidic droplet barcoding
Nature Biotechnology, sous presse, 2017 (résumé)

Mutational signatures and mutable motifs in cancer genomes
Briefings in Bioinformatics, sous presse, 2017 (résumé)

PheoSeq - A Targeted Next-Generation Sequencing Assay for Pheochromocytoma and Paraganglioma Diagnostics
The Journal of Molecular Diagnostics, sous presse, 2017 (résumé)

CancerSubtypes: an R/Bioconductor package for molecular cancer subtype identification, validation, and visualization
Bioinformatics, sous presse, 2017 (résumé)

Hierarchical probabilistic models for multiple gene/variant associations based on next-generation sequencing data 
Bioinformatics, sous presse, 2017 (article en libre accès)

lundi 15 mai 2017

Onco Actu du 15 mai 2017


4.1 Dép., diag. & prono. - Prostate

Myriad Genetics' Prolaris® Test Accurately Predicts the 10-Year Risk of Metastases in Men Treated for Prostate Cancer [Myriad]

Myriad touts 10-year data for prostate cancer screen [FierceBiotech]

4.2 Dép., diag. & prono. - Génome

New Gene Tests Pose a Threat to Insurers [NY Times]

5. Traitements

NCI ALMANAC: A New Tool for Research on Cancer Drug Combinations [NCI]

5.12 Immunothérapies

Competition between immune cells could explain why some immunotherapy drugs fail [Cancer Research UK]

Turmoil in Immuno-oncology [in the Pipeline]

5.12.5 Immunothérapies - Pharma

AstraZeneca gains major I-O ground with Imfinzi lung cancer maintenance stunner [FiercePharma]

AstraZeneca Shows That With Immune Cancer Drugs, No One Knows What's Next [Forbes]

AstraZeneca’s shares spike on a surprise coup in PhIII lung cancer data [EndPoints]

5.2 Pharma

IMBRUVICA® (ibrutinib) Pooled Outcomes Data from Three Phase 3 Studies Suggest Potential Clinical Efficacy in Patients with High-Risk Chronic Lymphocytic Leukemia/Small Lymphocytic Lymphoma (CLL/SLL) [AbbVie]

5.2.1 Pharma - Partenariats

Clinigen partners with Tesaro’s PARP med for European preapproval access [FiercePharma]

6.2 Implants mammaires

French court orders TÜV to pay damages for faulty breast implants [Reuters]

A Shocking Diagnosis: Breast Implants ‘Gave Me Cancer’ [NY Times]

What You Need to Know if You Have Breast Implants [NY Times]

6.3 Associations/Fondations

We ran a national cancer conference with two staff [The Guardian]

6.7 DMP, Big Data & applis

If You Still Use Windows XP, Prepare For the Worst [Wired]

The Ransomware Meltdown Experts Warned About Is Here [Wired]

Jeremy Hunt 'ignored warning signs' before cyber-attack hit NHS [The Guardian]